More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2624 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
453 aa  900    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.98 
 
 
491 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.4 
 
 
492 aa  256  7e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  38.72 
 
 
454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  36.73 
 
 
448 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.76 
 
 
448 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.73 
 
 
456 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 
446 aa  156  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.75 
 
 
409 aa  137  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.75 
 
 
417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.75 
 
 
345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.8 
 
 
430 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41.74 
 
 
371 aa  126  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.79 
 
 
412 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.22 
 
 
368 aa  124  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.42 
 
 
346 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  41.79 
 
 
412 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.6 
 
 
346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  45.88 
 
 
358 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.13 
 
 
345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  27.11 
 
 
433 aa  114  3e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.8 
 
 
443 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.33 
 
 
434 aa  113  8.000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.83 
 
 
412 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.42 
 
 
377 aa  110  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.27 
 
 
400 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.78 
 
 
347 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.56 
 
 
342 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.08 
 
 
346 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.32 
 
 
390 aa  103  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.19 
 
 
450 aa  103  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.31 
 
 
342 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.79 
 
 
347 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.5 
 
 
422 aa  100  6e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.87 
 
 
326 aa  98.6  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  26.97 
 
 
431 aa  97.1  6e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.83 
 
 
524 aa  97.1  6e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  31.71 
 
 
460 aa  95.1  2e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.01 
 
 
344 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.67 
 
 
433 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.18 
 
 
390 aa  94  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0167  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.49 
 
 
660 aa  93.2  9e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
436 aa  90.5  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.65 
 
 
454 aa  90.1  7e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
339 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
321 aa  87.8  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.34 
 
 
460 aa  86.7  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.34 
 
 
451 aa  86.7  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.34 
 
 
460 aa  86.7  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0148  MesJ/Ycf62 family protein  29.95 
 
 
432 aa  86.3  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.65 
 
 
423 aa  85.9  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.3 
 
 
521 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  32.31 
 
 
441 aa  85.5  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  25.98 
 
 
431 aa  84.7  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  25.98 
 
 
431 aa  84.7  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.77 
 
 
284 aa  84.7  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  35.18 
 
 
458 aa  83.2  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4424  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
455 aa  83.2  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.5 
 
 
338 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.56 
 
 
440 aa  82.8  0.00000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28 
 
 
509 aa  82.4  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1136  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.95 
 
 
444 aa  82  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.807965  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  31.39 
 
 
357 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  30.43 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.03 
 
 
464 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.03 
 
 
464 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  35.48 
 
 
462 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.39 
 
 
451 aa  80.5  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.62 
 
 
481 aa  80.1  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.65 
 
 
455 aa  80.1  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.64 
 
 
440 aa  79.7  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  34.52 
 
 
484 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  28.5 
 
 
427 aa  79.7  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.41 
 
 
432 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.41 
 
 
432 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  29.41 
 
 
432 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.12 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  31.98 
 
 
471 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.8 
 
 
430 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.29 
 
 
358 aa  78.2  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.47 
 
 
449 aa  78.2  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.48 
 
 
487 aa  78.2  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.84 
 
 
349 aa  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.8 
 
 
430 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.67 
 
 
464 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.05 
 
 
464 aa  77.8  0.0000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  26.47 
 
 
449 aa  77.4  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.27 
 
 
457 aa  77.4  0.0000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.35 
 
 
476 aa  77  0.0000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.36 
 
 
414 aa  77  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.92 
 
 
442 aa  77  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 
486 aa  76.6  0.0000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.63 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl673  lysidine synthetase  24.75 
 
 
398 aa  76.6  0.0000000000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  32.12 
 
 
445 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  31.79 
 
 
425 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.41 
 
 
432 aa  75.9  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.76 
 
 
432 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.58 
 
 
470 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  27.35 
 
 
476 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>