More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2614 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
301 aa  610  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  87 
 
 
302 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  87 
 
 
302 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  84.95 
 
 
300 aa  529  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  82.59 
 
 
308 aa  510  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  80.07 
 
 
303 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  79.4 
 
 
303 aa  487  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  79.07 
 
 
303 aa  485  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  73.13 
 
 
303 aa  462  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  76.55 
 
 
296 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  76.9 
 
 
296 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  72.33 
 
 
299 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  75.35 
 
 
300 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  72.33 
 
 
299 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  73.33 
 
 
299 aa  441  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  72.33 
 
 
299 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  74.04 
 
 
299 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  70.9 
 
 
299 aa  438  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  76.33 
 
 
297 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  73.87 
 
 
299 aa  438  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  73.45 
 
 
303 aa  433  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  74.56 
 
 
297 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  74.56 
 
 
297 aa  428  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  75.18 
 
 
299 aa  430  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  74.56 
 
 
297 aa  430  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.09 
 
 
340 aa  418  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  67.7 
 
 
295 aa  401  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  70.07 
 
 
295 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  67.58 
 
 
295 aa  396  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  67.71 
 
 
299 aa  395  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  67.25 
 
 
296 aa  395  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  65.99 
 
 
301 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
298 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  68.23 
 
 
298 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  70.14 
 
 
299 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
298 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  66.9 
 
 
298 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  64.97 
 
 
300 aa  384  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
298 aa  377  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  65.74 
 
 
301 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  62.98 
 
 
299 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  64.36 
 
 
306 aa  364  1e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  47.5 
 
 
329 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.25 
 
 
326 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  46.1 
 
 
297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  46.04 
 
 
300 aa  252  5.000000000000001e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  44.96 
 
 
297 aa  247  2e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  45.65 
 
 
279 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  47.29 
 
 
284 aa  241  9e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  45.8 
 
 
286 aa  240  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.23 
 
 
290 aa  237  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.38 
 
 
285 aa  232  4.0000000000000004e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 
287 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  46.18 
 
 
287 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.84 
 
 
282 aa  230  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  42.81 
 
 
311 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.33 
 
 
280 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.26 
 
 
305 aa  226  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.64 
 
 
292 aa  226  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  42.81 
 
 
311 aa  226  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.81 
 
 
298 aa  225  6e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  48.67 
 
 
293 aa  225  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  46.49 
 
 
288 aa  225  7e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  48.67 
 
 
293 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.24 
 
 
280 aa  224  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.57 
 
 
307 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.57 
 
 
307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  42.46 
 
 
311 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.23 
 
 
307 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  42.57 
 
 
307 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  46.79 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.93 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  45.42 
 
 
288 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.57 
 
 
285 aa  217  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.4 
 
 
291 aa  217  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.81 
 
 
313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  44.21 
 
 
286 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  44.8 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  41.43 
 
 
283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  41.44 
 
 
284 aa  212  7e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  46.33 
 
 
291 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  41.4 
 
 
285 aa  209  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.83 
 
 
313 aa  208  9e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  43.62 
 
 
283 aa  207  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  42.14 
 
 
299 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  41.49 
 
 
341 aa  207  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  40.56 
 
 
285 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  41.49 
 
 
287 aa  207  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.5 
 
 
300 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.17 
 
 
300 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.5 
 
 
300 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  39.05 
 
 
285 aa  206  4e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  41.73 
 
 
285 aa  205  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  41.49 
 
 
282 aa  205  6e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.93 
 
 
313 aa  205  7e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  41.49 
 
 
281 aa  205  7e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.34 
 
 
350 aa  204  1e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.2 
 
 
322 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  43.75 
 
 
281 aa  203  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
311 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>