More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2599 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 343 aa  701    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 285 aa  362  4e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 332 aa  354  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  53.37 
 
 		 344 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 326 aa  338  5.9999999999999996e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  52.23 
 
 		 327 aa  330  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 341 aa  305  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  45.26 
 
 		 331 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 330 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 330 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 338 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  40.57 
 
 		 314 aa  216  5.9999999999999996e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  31.55 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  35.82 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36.3 
 
 		 325 aa  186  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.01 
 
 		 329 aa  182  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  32.05 
 
 		 321 aa  179  5.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 324 aa  179  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.4 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2398  cyclic nucleotide-binding protein  35.28 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 306 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.71 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  37.4 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 		 326 aa  172  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 334 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 340 aa  172  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  37.45 
 
 		 361 aa  172  6.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 335 aa  172  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.7 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  28.76 
 
 		 324 aa  169  8e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.2 
 
 		 326 aa  169  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  35.36 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 336 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  37.99 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  33.63 
 
 		 324 aa  164  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  33.74 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.28 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 319 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 349 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1218  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.11 
 
 		 324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.49 
 
 		 327 aa  156  6e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  36.28 
 
 		 374 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  36.28 
 
 		 369 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 		 369 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  31.84 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  34.98 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  33.19 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  29.94 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  34.36 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 331 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  34.29 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  34.13 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 339 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  39.38 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 314 aa  150  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 320 aa  150  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 338 aa  149  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  34.63 
 
 		 338 aa  149  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  35.13 
 
 		 328 aa  149  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0835  transcriptional activator FtrA  38.38 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0872  transcriptional activator FtrA  38.38 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.637455  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.42 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1565  transcriptional activator FtrA  38.38 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0715182  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0055  transcriptional activator FtrA  38.38 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00213604  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2214  transcriptional activator FtrA  38.38 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00591748  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  37.6 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0964  transcriptional activator FtrA  38.38 
 
 		 318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  33.84 
 
 		 326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5373  transcriptional activator FtrA  37.83 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.379602  normal  0.0775766 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  38.22 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4763  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 315 aa  146  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  37.36 
 
 		 324 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 315 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>