53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2545 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2545  hypothetical protein  100 
 
 		 232 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3867  protein of unknown function DUF218  59.53 
 
 		 238 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.420451  normal  0.0728404 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3574  protein of unknown function DUF218  62.56 
 
 		 238 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0583825 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4029  hypothetical protein  54.63 
 
 		 246 aa  248  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0986  hypothetical protein  48.21 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1995  hypothetical protein  44.28 
 
 		 212 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.368022  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1921  hypothetical protein  44.17 
 
 		 300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3089  hypothetical protein  46.04 
 
 		 218 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.99224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1593  hypothetical protein  43.98 
 
 		 208 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0020  hypothetical protein  39.81 
 
 		 300 aa  161  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.580582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0578  hypothetical protein  43.5 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5216  protein of unknown function DUF218  42.47 
 
 		 241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2982  hypothetical protein  45.51 
 
 		 258 aa  150  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.216517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1152  protein of unknown function DUF218  43.39 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.104953  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0669  hypothetical protein  41.24 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126167  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3091  protein of unknown function DUF218  43.24 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.322539  normal  0.57374 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2193  hypothetical protein  47.02 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123189  normal  0.691165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0945  hypothetical protein  43.27 
 
 		 241 aa  148  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.238786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1178  hypothetical protein  40 
 
 		 221 aa  148  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.665154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2865  hypothetical protein  44.91 
 
 		 283 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0836  hypothetical protein  46.26 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.891978  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4865  hypothetical protein  39.25 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.765936  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3219  hypothetical protein  40.78 
 
 		 207 aa  142  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.175029  normal  0.346292 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0098  hypothetical protein  39.57 
 
 		 202 aa  141  7e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2985  protein of unknown function DUF218  45.57 
 
 		 234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.208738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2376  hypothetical protein  40.82 
 
 		 195 aa  137  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0665662 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3256  hypothetical protein  35.98 
 
 		 226 aa  119  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.143218  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3082  hypothetical protein  37.28 
 
 		 218 aa  101  9e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000038787  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3070  protein of unknown function DUF218  37.23 
 
 		 213 aa  99.8  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00556969  normal  0.0219592 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3011  hypothetical protein  40.77 
 
 		 177 aa  97.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2890  hypothetical protein  37.14 
 
 		 176 aa  92.4  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.743347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0699  hypothetical protein  36 
 
 		 182 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.514208  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2396  hypothetical protein  34.01 
 
 		 198 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000041288  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3208  protein of unknown function DUF218  29.51 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000349402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1055  protein of unknown function DUF218  29.53 
 
 		 195 aa  72  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000273108 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2322  hypothetical protein  28.21 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000278714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2281  protein of unknown function DUF218  28.92 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00040439  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3157  hypothetical protein  28.04 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000253328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2233  hypothetical protein  27.53 
 
 		 199 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0295734  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3378  hypothetical protein  29.14 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.620452  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0369  Bme2 protein  28.09 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16316  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0426  Bme2 protein  27.53 
 
 		 205 aa  50.8  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0911545  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2653  protein of unknown function DUF218  29.91 
 
 		 199 aa  49.3  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.344395 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2339  protein of unknown function DUF218  28.5 
 
 		 190 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.196018 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1020  protein of unknown function DUF218  29.92 
 
 		 242 aa  46.2  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0467  hypothetical protein  24.12 
 
 		 264 aa  45.4  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2846  hypothetical protein  26.37 
 
 		 280 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3453  hypothetical protein  27.27 
 
 		 262 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2729  protein of unknown function DUF218  28.75 
 
 		 192 aa  43.5  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00326918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2014  hypothetical protein  27.23 
 
 		 235 aa  42.7  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4373  protein of unknown function DUF218  27.1 
 
 		 262 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.845031  normal  0.225585 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0763  hypothetical protein  29.14 
 
 		 182 aa  42  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0353997 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0692  hypothetical protein  30.4 
 
 		 229 aa  42  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0213382  normal  0.759811 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>