81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2507 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2507  hypothetical protein  100 
 
 		 142 aa  293  8e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00622099  normal  0.253692 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3967  hypothetical protein  66.2 
 
 		 142 aa  204  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3529  protein of unknown function DUF1178  61.97 
 
 		 142 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.753668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3820  protein of unknown function DUF1178  59.86 
 
 		 142 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3003  hypothetical protein  54.23 
 
 		 141 aa  166  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1874  hypothetical protein  49.3 
 
 		 152 aa  160  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1031  hypothetical protein  50 
 
 		 141 aa  159  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.107167  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1805  hypothetical protein  49.3 
 
 		 152 aa  159  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0646662  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0023  hypothetical protein  46.34 
 
 		 164 aa  150  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0517  hypothetical protein  45.06 
 
 		 162 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.217482 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7597  hypothetical protein  46.58 
 
 		 160 aa  145  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0046  hypothetical protein  48.67 
 
 		 150 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.564208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0382  hypothetical protein  46.98 
 
 		 147 aa  144  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.122904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0477  hypothetical protein  47.62 
 
 		 147 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1739  hypothetical protein  49.65 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0604  protein of unknown function DUF1178  44.58 
 
 		 164 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0104  hypothetical protein  43.11 
 
 		 167 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.426528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5955  protein of unknown function DUF1178  45.45 
 
 		 154 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249221  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5214  hypothetical protein  43.04 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3477  protein of unknown function DUF1178  47.1 
 
 		 157 aa  131  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.469566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3603  protein of unknown function DUF1178  47.47 
 
 		 158 aa  130  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3279  hypothetical protein  46.84 
 
 		 158 aa  130  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1051  hypothetical protein  49.65 
 
 		 144 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.588494  normal  0.494297 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1885  hypothetical protein  46.15 
 
 		 145 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2387  hypothetical protein  48.2 
 
 		 144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.389064  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0942  hypothetical protein  43.51 
 
 		 144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2570  hypothetical protein  46.32 
 
 		 139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0177669  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3087  hypothetical protein  41.32 
 
 		 165 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2033  protein of unknown function DUF1178  41.33 
 
 		 152 aa  116  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2261  hypothetical protein  46.67 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00456771  normal  0.596265 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1361  protein of unknown function DUF1178  43.51 
 
 		 141 aa  115  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.114069  hitchhiker  0.00762425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2271  hypothetical protein  42.22 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2257  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2233  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1621  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1419  hypothetical protein  46.27 
 
 		 146 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154622 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2040  hypothetical protein  42.18 
 
 		 152 aa  112  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.486976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3193  hypothetical protein  43.51 
 
 		 141 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5561  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1044  hypothetical protein  42.22 
 
 		 140 aa  111  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.315056  normal  0.288187 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2011  hypothetical protein  43.59 
 
 		 159 aa  111  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0128  protein of unknown function DUF1178  37.58 
 
 		 168 aa  111  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330985  normal  0.0171645 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1077  hypothetical protein  43.7 
 
 		 140 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3494  protein of unknown function DUF1178  41.96 
 
 		 157 aa  111  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.418231  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1440  hypothetical protein  37.5 
 
 		 175 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2150  hypothetical protein  40.74 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0219334  normal  0.395291 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0429  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1315  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.696592  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0556  hypothetical protein  42.38 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.09335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0721  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1452  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0977  hypothetical protein  42.55 
 
 		 152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843122  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1813  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135309  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1146  hypothetical protein  42.96 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0969021  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3309  hypothetical protein  40.12 
 
 		 172 aa  107  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258972  normal  0.358508 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1306  hypothetical protein  42.22 
 
 		 140 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790633  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5165  hypothetical protein  37.65 
 
 		 169 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3240  hypothetical protein  36.2 
 
 		 175 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0209036  normal  0.632043 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1993  hypothetical protein  41.35 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0208822  normal  0.339647 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0740  hypothetical protein  38.32 
 
 		 177 aa  103  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0684748  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3689  protein of unknown function DUF1178  34.34 
 
 		 166 aa  103  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0647415 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1497  hypothetical protein  41.5 
 
 		 151 aa  103  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1508  hypothetical protein  42.96 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617584  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2316  hypothetical protein  37.35 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1875  protein of unknown function DUF1178  42.25 
 
 		 153 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163568  normal  0.464761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4072  hypothetical protein  38.17 
 
 		 144 aa  99.4  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.548265 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2057  conserved hypothetical protein DUF1178  38.31 
 
 		 158 aa  99.4  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.321468 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0943  hypothetical protein  40.28 
 
 		 155 aa  99  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2198  protein of unknown function DUF1178  40.14 
 
 		 153 aa  99  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.381917 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0972  hypothetical protein  38.93 
 
 		 155 aa  96.7  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.766766  normal  0.625326 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1278  hypothetical protein  36.67 
 
 		 164 aa  96.3  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175666  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0887  protein of unknown function DUF1178  38.93 
 
 		 155 aa  96.7  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3271  hypothetical protein  35.86 
 
 		 148 aa  95.5  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.765913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1516  hypothetical protein  36.73 
 
 		 160 aa  93.2  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0816575 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2046  hypothetical protein  41.55 
 
 		 153 aa  90.9  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.707585  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1036  hypothetical protein  32.92 
 
 		 163 aa  87.8  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1789  hypothetical protein  34.39 
 
 		 159 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0266683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0383  hypothetical protein  50 
 
 		 81 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.149602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0478  hypothetical protein  48.39 
 
 		 80 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3556  hypothetical protein  41.07 
 
 		 83 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333182  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0836  protein of unknown function DUF1178  33.93 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>