More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2484 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  100 
 
 
238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  64.1 
 
 
235 aa  306  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  37.93 
 
 
238 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6745  GntR domain-containing protein  39.17 
 
 
243 aa  134  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
245 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
247 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  37.17 
 
 
234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  37.61 
 
 
234 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
234 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
233 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5125  GntR domain-containing protein  38.5 
 
 
234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  35.32 
 
 
248 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  34.19 
 
 
233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0479  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558677  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  34.18 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  36.79 
 
 
273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  35.93 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  34.84 
 
 
229 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  37.73 
 
 
250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.09 
 
 
255 aa  112  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  35.53 
 
 
238 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
253 aa  111  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  33.03 
 
 
229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  38.03 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  37.16 
 
 
232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0578  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
234 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1919  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
234 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  34.22 
 
 
237 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0437  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
234 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2012  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
234 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.888081  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1856  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
234 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
248 aa  109  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0889  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
234 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4422  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99346  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  36.4 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0978  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  36.4 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  36.4 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  35.78 
 
 
249 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3213  GntR-like  38.5 
 
 
234 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5154  GntR domain-containing protein  38.5 
 
 
234 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
268 aa  108  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5072  GntR domain-containing protein  38.05 
 
 
234 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  31.6 
 
 
241 aa  108  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  34.22 
 
 
237 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
240 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1260  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
235 aa  105  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  36.45 
 
 
225 aa  105  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  34.02 
 
 
264 aa  105  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4549  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 
234 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  33.48 
 
 
249 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  37.09 
 
 
253 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 
249 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  37.09 
 
 
253 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  33.77 
 
 
247 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
270 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
247 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1789  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
232 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.612124  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  34.58 
 
 
246 aa  102  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
274 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  34.15 
 
 
258 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
225 aa  102  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  37.44 
 
 
229 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  34.11 
 
 
248 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1596  GntR domain-containing protein  31.2 
 
 
236 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387143  hitchhiker  0.00000232868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  36.6 
 
 
262 aa  101  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
251 aa  101  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
337 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
240 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  35.48 
 
 
225 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  40.13 
 
 
234 aa  100  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  35.19 
 
 
231 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  35.68 
 
 
251 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  38.07 
 
 
233 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  34.35 
 
 
252 aa  99.8  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  34.93 
 
 
249 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1308  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
240 aa  99.4  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
254 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  35.11 
 
 
233 aa  99  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  32.44 
 
 
273 aa  99  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
259 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
272 aa  99  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  32.8 
 
 
264 aa  98.6  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  33.48 
 
 
236 aa  98.6  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  34.56 
 
 
244 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  35.11 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  35.09 
 
 
299 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 
266 aa  97.8  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  34.27 
 
 
252 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>