More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2462 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 254 aa  505  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  60.74 
 
 		 249 aa  296  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  53.6 
 
 		 252 aa  258  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2043  short chain dehydrogenase  52.99 
 
 		 254 aa  252  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2568  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 		 251 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  48.79 
 
 		 256 aa  241  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  48.79 
 
 		 256 aa  241  7e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  48.79 
 
 		 256 aa  241  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  49.21 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1794  short chain dehydrogenase  49.21 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  49.21 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2073  short chain dehydrogenase  49.21 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.844507  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  49.21 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  49.21 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0458  short chain dehydrogenase  48.82 
 
 		 256 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1400  short chain dehydrogenase  49.02 
 
 		 256 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0683679  normal  0.781218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 		 254 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1573  short chain dehydrogenase  48.62 
 
 		 257 aa  225  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1629  short chain dehydrogenase  48.22 
 
 		 257 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.974158  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2818  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 		 256 aa  221  7e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2791  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 		 256 aa  221  7e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298424  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2835  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 		 256 aa  221  7e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  47.04 
 
 		 257 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 		 255 aa  216  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000170009  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 		 255 aa  215  5.9999999999999996e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.3 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0594638 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 247 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 		 248 aa  185  5e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 		 267 aa  181  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 267 aa  171  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.65 
 
 		 249 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0505  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 		 246 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00369572 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 		 256 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 		 245 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3788  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 		 248 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798977 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.89 
 
 		 246 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 248 aa  163  3e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4719  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 249 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2468  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  37.25 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000411328  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.44 
 
 		 246 aa  158  7e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 		 259 aa  158  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4196  short chain dehydrogenase  42 
 
 		 252 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  39.59 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.11 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 		 286 aa  156  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000174886  normal  0.399546 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 		 250 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  39.27 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5468  short chain dehydrogenase  41.98 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.107727 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  43.15 
 
 		 516 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3552  short chain dehydrogenase  41.98 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4815  short chain dehydrogenase  41.98 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.49 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 260 aa  153  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 		 259 aa  153  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 		 243 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 254 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1857  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.83 
 
 		 248 aa  152  2.9999999999999998e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 		 258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 		 269 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 256 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  39.02 
 
 		 250 aa  152  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 		 249 aa  152  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00209875  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.62 
 
 		 261 aa  151  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 		 252 aa  152  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  37.59 
 
 		 269 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 		 267 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 251 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 		 269 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 258 aa  151  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 241 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.4 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.25 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.62 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  37.74 
 
 		 265 aa  150  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 249 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>