254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2456 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 451 aa  932    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 497 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 487 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 497 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  31.04 
 
 		 467 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 		 497 aa  203  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3006  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 467 aa  203  6e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  30.38 
 
 		 467 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3333  transporter, putative  32.04 
 
 		 481 aa  195  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2670  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 		 482 aa  196  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00030492  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 		 478 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  30.48 
 
 		 479 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 478 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  28.63 
 
 		 436 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  26.62 
 
 		 536 aa  109  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 428 aa  104  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 433 aa  104  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  23.65 
 
 		 441 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 424 aa  103  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 435 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 		 477 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 428 aa  99.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 		 477 aa  97.8  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 		 447 aa  92.8  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 439 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 439 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 412 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.16 
 
 		 419 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 		 496 aa  91.3  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 513 aa  90.9  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 446 aa  90.1  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  27.09 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.4 
 
 		 486 aa  86.7  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 412 aa  86.7  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  24.65 
 
 		 484 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 		 449 aa  84  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  23.85 
 
 		 484 aa  83.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 		 436 aa  80.5  0.00000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 439 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 443 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 408 aa  76.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 		 443 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.88 
 
 		 422 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  23.56 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.88 
 
 		 422 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 422 aa  74.3  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 441 aa  74.3  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  25.18 
 
 		 437 aa  73.9  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 		 419 aa  73.6  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  26.62 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  36.17 
 
 		 326 aa  72  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  21.77 
 
 		 477 aa  72.4  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  24.64 
 
 		 437 aa  71.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  23.31 
 
 		 484 aa  71.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  22.37 
 
 		 443 aa  70.9  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2624  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 444 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 		 435 aa  68.6  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  23.69 
 
 		 487 aa  68.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.77 
 
 		 418 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 440 aa  68.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 		 431 aa  66.6  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 498 aa  65.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 435 aa  64.7  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  23.45 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  23.49 
 
 		 430 aa  63.9  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  22.66 
 
 		 447 aa  63.5  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  23.86 
 
 		 447 aa  62.8  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  42.47 
 
 		 574 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 439 aa  62.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 436 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 450 aa  62.4  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  24.07 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 580 aa  61.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 574 aa  60.8  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 441 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 441 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 441 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 440 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 		 438 aa  60.1  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 577 aa  60.5  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.35 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 579 aa  60.1  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 		 580 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  22.55 
 
 		 579 aa  59.7  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  39.44 
 
 		 572 aa  59.7  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>