More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2400 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2400  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  514  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0375093 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  68.75 
 
 		 250 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.523077  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  68.33 
 
 		 250 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5989  transcriptional regulator CRP family  57.08 
 
 		 257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2705  cyclic nucleotide-binding protein  49.2 
 
 		 249 aa  236  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1787  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  49.3 
 
 		 263 aa  230  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2934  cyclic nucleotide-binding protein  48.33 
 
 		 249 aa  221  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1275  Crp/Fnr family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 249 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3844  cyclic nucleotide-binding protein  44.12 
 
 		 242 aa  218  7e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2201  transcriptional regulator  50.73 
 
 		 262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.586423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0532  cyclic nucleotide-binding protein  49.27 
 
 		 276 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.053126  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3568  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.17 
 
 		 242 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1734  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.79675  hitchhiker  0.000773544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0997  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.05 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4040  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0490  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 256 aa  179  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6209  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 247 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0102902  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4564  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00106309 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3758  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.9 
 
 		 247 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4497  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.36 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0140276  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 		 384 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3616  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.86 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2886  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.16 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3486  putative signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7477  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.79 
 
 		 246 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7493  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.04 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.8 
 
 		 384 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.09 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582037  normal  0.123136 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2763  cyclic nucleotide-binding  34.21 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.746131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2990  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.21 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1991  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.56 
 
 		 249 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4270  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 225 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0893417 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1953  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0604  cyclic nucleotide-binding protein  29.05 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0189  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 235 aa  108  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338052  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0073  cyclic nucleotide-binding  29.66 
 
 		 255 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0783  cyclic nucleotide-binding  35.71 
 
 		 376 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0359827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1854  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.191124  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0196  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 253 aa  105  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0367027  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2024  cyclic nucleotide-binding  29.3 
 
 		 259 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.996332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.21 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.3 
 
 		 259 aa  104  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.161686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1986  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0772  cyclic nucleotide-binding  32.14 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3480  cyclic nucleotide-binding  31.58 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2950  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4786  cyclic nucleotide-binding protein  29.22 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3788  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.371562 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0266  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6403  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1441  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 259 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010652 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2433  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 247 aa  102  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168738  normal  0.817452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1427  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.37 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2447  cyclic nucleotide-binding protein  32.99 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.47 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1439  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0133  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.21 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564261  normal  0.0379159 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1359  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 236 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342582  normal  0.0135439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3389  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 		 248 aa  99  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3367  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 252 aa  98.6  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184948  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2575  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2367  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.41 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0615204  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.66 
 
 		 230 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4036  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 315 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1485  cyclic nucleotide-binding protein  29.15 
 
 		 244 aa  95.9  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5361  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.46 
 
 		 299 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4876  cyclic nucleotide-binding  30.46 
 
 		 317 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.2 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1835  cyclic nucleotide-binding protein  31.44 
 
 		 281 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0983  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 245 aa  93.6  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2609  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 293 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  29.47 
 
 		 231 aa  92.4  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 238 aa  92  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 238 aa  92  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6249  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 281 aa  92  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.999867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3832  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.2 
 
 		 245 aa  92  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0414  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.766284  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0357  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 237 aa  90.5  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 248 aa  89.7  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0859  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 234 aa  89.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.37 
 
 		 246 aa  89  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0738845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1230  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 263 aa  88.6  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  25.43 
 
 		 248 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 248 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  27.24 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.61 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2686  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.038663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 248 aa  86.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 262 aa  86.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 310 aa  86.3  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 227 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 222 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4822  cyclic nucleotide-binding protein  29.08 
 
 		 243 aa  85.1  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>