More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2392 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
372 aa  754    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  81.94 
 
 
371 aa  637    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  78.86 
 
 
373 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  77.69 
 
 
374 aa  589  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  71.89 
 
 
371 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.89 
 
 
371 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  72.7 
 
 
371 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1782  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  65.95 
 
 
371 aa  514  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1118  extracellular ligand-binding receptor  65.41 
 
 
371 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000205251  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  62.77 
 
 
372 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  62.1 
 
 
375 aa  487  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  61.5 
 
 
388 aa  458  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  58.86 
 
 
377 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  57.03 
 
 
372 aa  444  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  58.33 
 
 
373 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  55.53 
 
 
368 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  54.87 
 
 
371 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  53.48 
 
 
373 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  54.6 
 
 
372 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
370 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  52.37 
 
 
371 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  52.65 
 
 
371 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  53.93 
 
 
413 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  52.15 
 
 
366 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  52.54 
 
 
368 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  53.66 
 
 
374 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  52.3 
 
 
371 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  52.53 
 
 
378 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  53.04 
 
 
370 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  52.57 
 
 
378 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  50.28 
 
 
368 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  52.57 
 
 
378 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  52.53 
 
 
378 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  49.32 
 
 
368 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  49.86 
 
 
368 aa  366  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  49.32 
 
 
368 aa  363  3e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
372 aa  362  8e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
373 aa  361  1e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  50.43 
 
 
417 aa  353  2.9999999999999997e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  51.63 
 
 
377 aa  352  8e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  50.42 
 
 
364 aa  350  2e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.52 
 
 
380 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  46.96 
 
 
366 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  50.93 
 
 
378 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  50.44 
 
 
368 aa  342  7e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  47.43 
 
 
364 aa  339  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  46.49 
 
 
374 aa  332  5e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 
367 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  46.78 
 
 
373 aa  322  8e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  47.73 
 
 
367 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  46.22 
 
 
373 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  46.96 
 
 
370 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  46.35 
 
 
375 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  46.26 
 
 
374 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  48.07 
 
 
373 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  44.75 
 
 
371 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  44.69 
 
 
370 aa  298  7e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  44.48 
 
 
371 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.98 
 
 
374 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  45.7 
 
 
373 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  43.75 
 
 
375 aa  295  7e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  43.65 
 
 
371 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  43.13 
 
 
371 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1935  Extracellular ligand-binding receptor  39.89 
 
 
375 aa  290  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.08 
 
 
399 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  44.08 
 
 
372 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  44.08 
 
 
372 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  44.08 
 
 
372 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  43.09 
 
 
371 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  43.49 
 
 
372 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
372 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
372 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2534  extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 
374 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2757  Extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 
374 aa  276  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  41.72 
 
 
371 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  42.45 
 
 
358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  41.12 
 
 
371 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  41.12 
 
 
371 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  41.12 
 
 
371 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  42.03 
 
 
366 aa  273  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0326  extracellular ligand-binding receptor  40.06 
 
 
362 aa  271  9e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169936  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1054  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 
370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  42.27 
 
 
373 aa  269  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3766  extracellular ligand-binding receptor  39.78 
 
 
378 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.760049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1184  Extracellular ligand-binding receptor  36.93 
 
 
370 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333329  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0988  Extracellular ligand-binding receptor  38.44 
 
 
371 aa  265  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0919893  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  39.72 
 
 
369 aa  264  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  39.72 
 
 
369 aa  264  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  39.72 
 
 
369 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  39.72 
 
 
369 aa  264  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  39.72 
 
 
369 aa  264  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  39.72 
 
 
369 aa  264  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03307  leucine transporter subunit  39.44 
 
 
369 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  39.44 
 
 
369 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  39.44 
 
 
369 aa  262  8.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2462  Extracellular ligand-binding receptor  40.41 
 
 
373 aa  261  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.109923 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  40.75 
 
 
367 aa  260  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  40.75 
 
 
367 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  39.39 
 
 
370 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  40.75 
 
 
367 aa  259  7e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>