More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2186 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  90.07 
 
 		 302 aa  554  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  90.07 
 
 		 302 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  88.74 
 
 		 302 aa  548  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 304 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  51.03 
 
 		 312 aa  303  3.0000000000000004e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 312 aa  301  7.000000000000001e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 311 aa  253  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 301 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  41.95 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 308 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  41.84 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.41 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  32.07 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  29.39 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.05 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.74 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  126  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  28.48 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  28.15 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  31.79 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  29.04 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  29.04 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  29.04 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  29.04 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  29.04 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>