More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2170 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
272 aa  525  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00609739  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.64 
 
 
269 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682654  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.27 
 
 
267 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.548577  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3038  ABC permidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  58.27 
 
 
267 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.05 
 
 
267 aa  299  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
272 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  42.8 
 
 
258 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.75 
 
 
278 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
257 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.36 
 
 
281 aa  176  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
260 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.36 
 
 
281 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.36 
 
 
281 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
268 aa  174  9e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  38.72 
 
 
273 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  39.13 
 
 
273 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.84 
 
 
266 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.84 
 
 
266 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.48 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.48 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  35.48 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  35.48 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.48 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  37.97 
 
 
273 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.48 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.38 
 
 
281 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.38 
 
 
281 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.38 
 
 
281 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  35.48 
 
 
266 aa  169  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.26 
 
 
273 aa  169  5e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.38 
 
 
281 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  38.95 
 
 
273 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  39.16 
 
 
271 aa  169  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  36.82 
 
 
286 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  41.94 
 
 
272 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  37.16 
 
 
293 aa  168  7e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  35.13 
 
 
266 aa  168  8e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  40 
 
 
270 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
281 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.28 
 
 
281 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.87 
 
 
281 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
272 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  40.59 
 
 
256 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.53 
 
 
281 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  36.82 
 
 
285 aa  165  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.2 
 
 
281 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  37.69 
 
 
274 aa  165  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
271 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
271 aa  165  8e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.39 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.42 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  40.17 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  39.02 
 
 
271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  39.02 
 
 
271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  39.02 
 
 
271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  39.02 
 
 
271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  36.36 
 
 
266 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.48 
 
 
266 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.64 
 
 
262 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  37.23 
 
 
271 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  37.13 
 
 
272 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.75 
 
 
281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  38.6 
 
 
287 aa  162  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
272 aa  162  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
271 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.71 
 
 
256 aa  162  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
259 aa  162  8.000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.19 
 
 
257 aa  161  9e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  38.46 
 
 
271 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.97 
 
 
267 aa  161  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
265 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0165031  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
272 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
261 aa  160  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2004  Ornithine carbamoyltransferase  36.57 
 
 
269 aa  159  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
275 aa  159  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.59 
 
 
264 aa  159  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
284 aa  159  6e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  41.89 
 
 
281 aa  158  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.89 
 
 
281 aa  159  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0929  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.89 
 
 
281 aa  159  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.89 
 
 
281 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.51 
 
 
281 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
261 aa  157  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
292 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  41.89 
 
 
281 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  37.4 
 
 
275 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  40.45 
 
 
280 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  37.05 
 
 
276 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  37.79 
 
 
272 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  37.88 
 
 
274 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  36.64 
 
 
275 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  36.36 
 
 
269 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  39.62 
 
 
259 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  40.41 
 
 
289 aa  156  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  39.62 
 
 
259 aa  156  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>