More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2116 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2116  methyltransferase type 11  100 
 
 		 340 aa  673    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.126777 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2619  transcriptional regulator, ArsR family  69.35 
 
 		 341 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2879  transcriptional regulator, ArsR family  69.35 
 
 		 341 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2926  transcriptional regulator ArsR family  68.44 
 
 		 341 aa  417  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1722  methyltransferase type 11  61.01 
 
 		 341 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1407  ArsR family transcriptional regulator  60.06 
 
 		 341 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.440659  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1451  ArsR family transcriptional regulator  59.43 
 
 		 341 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2029  ArsR family transcriptional regulator  56.83 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308683  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1599  methyltransferase type 11  50.96 
 
 		 349 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.318356  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1640  transcriptional regulator, ArsR family  51.78 
 
 		 342 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1880  transcriptional regulator, ArsR family  50.97 
 
 		 354 aa  311  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.265795 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4920  transcriptional regulator, ArsR family  51.46 
 
 		 328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2830  methyltransferase type 11  52.16 
 
 		 349 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.157878 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4364  ArsR family transcriptional regulator  50.47 
 
 		 327 aa  306  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0368446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2125  ArsR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.458145 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2101  ArsR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 317 aa  301  9e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2400  methyltransferase type 11  50.32 
 
 		 330 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00744372 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1121  ArsR family transcriptional regulator  49.54 
 
 		 340 aa  284  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3543  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 335 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1529  ArsR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 337 aa  261  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3410  ArsR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 329 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0187563  normal  0.0416707 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0808  transcriptional regulator, ArsR family  44.19 
 
 		 324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.203378 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3209  ArsR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0034  ArsR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 328 aa  220  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2402  ArsR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 323 aa  206  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2302  transcriptional regulator, ArsR family  35.47 
 
 		 309 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3006  methyltransferase type 11  34.77 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0039  ArsR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0357  transcriptional regulator, ArsR family  33.33 
 
 		 310 aa  159  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366158  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1925  SAM-dependent methyltransferase  34.95 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000216904  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2939  transcriptional regulator, ArsR family  33 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1345  transcriptional regulator, ArsR family  32.67 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.773476  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0040  transcriptional regulator, ArsR family  33.83 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.516661  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2579  transcriptional regulator, ArsR family  32.99 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3135  ArsR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2348  methyltransferase type 11  30.99 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0100199  normal  0.0140968 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0356  ArsR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.208931  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4035  ArsR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2610  transcriptional regulator, ArsR family  33.68 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.184924 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01234  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250381  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3041  methyltransferase type 11  25.91 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2305  transcriptional regulator, ArsR family  31.54 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1067  transcriptional regulator, ArsR family  29.76 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.420275 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0173  transcriptional regulator, ArsR family  32.35 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0155  ArsR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602788  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0162  transcriptional regulator, ArsR family  32.03 
 
 		 326 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0471  ArsR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 335 aa  96.7  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.421006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0160  methyltransferase type 11  32.67 
 
 		 322 aa  96.3  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0747842 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1232  ArsR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 309 aa  95.9  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1265  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 309 aa  95.9  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0164  UbiE/COQ5 family methlytransferase  32.97 
 
 		 207 aa  92.8  7e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1198  SAM-dependent methyltransferase  30.73 
 
 		 206 aa  90.9  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0168  UbiE/COQ5 family methlytransferase  32.42 
 
 		 207 aa  89.4  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5268  ArsR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 331 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.149036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0650  putative transcriptional regulator  26.49 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0455  ArsR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 334 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5015  ArsR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 330 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1667 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07110  ArsR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 333 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0384  transcriptional regulator, ArsR family  27.87 
 
 		 331 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1224  methyltransferase type 11  30.1 
 
 		 206 aa  84.7  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4793  regulatory protein, ArsR  27.54 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0119403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4966  ArsR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4839  ArsR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05540  ArsR family regulatory protein  26.94 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0500  ArsR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5386  transcriptional regulator, ArsR family  28.01 
 
 		 355 aa  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.25 
 
 		 420 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3347  transcriptional regulator, ArsR family  46.05 
 
 		 120 aa  75.9  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1773  UbiE/COQ5 methyltransferase  32.9 
 
 		 265 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.582013 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0754  transcriptional regulator, ArsR family  42.65 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.68435  normal  0.0266624 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1761  DNA topoisomerase II  34.71 
 
 		 658 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.271812 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3239  ArsR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 136 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.366453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0563  ArsR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 132 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1228  arsenite S-adenosylmethyltransferase  34.48 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6418  transcriptional regulator, ArsR family  45.33 
 
 		 124 aa  71.2  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0103  transcriptional regulator, ArsR family  49.32 
 
 		 124 aa  70.9  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1458  methyltransferase type 11  37.25 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0501  regulatory protein ArsR  48.65 
 
 		 127 aa  70.5  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0567681  normal  0.0228507 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0131  ArsR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 125 aa  70.5  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000212185 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2577  Methyltransferase type 11  36.03 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.602615  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10980  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  36.84 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1420  arsenite S-adenosylmethyltransferase  37.82 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0126  regulatory protein, ArsR  47.22 
 
 		 125 aa  69.7  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4723  transcriptional regulator, ArsR family  49.25 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.383157  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0995  methyltransferase type 11  31.58 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.304036  normal  0.338682 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2139  Methyltransferase type 11  33.56 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0101077 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14690  transcriptional regulator, ArsR family  47.56 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3423  transcriptional regulator, ArsR family  45.21 
 
 		 119 aa  68.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1859  methyltransferase type 11  36.62 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.48002  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0364  methyltransferase type 11  31.48 
 
 		 211 aa  68.9  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.617778  normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1202  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  37.5 
 
 		 277 aa  69.3  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1906  methyltransferase type 11  36.62 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1840  methyltransferase type 11  36.62 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7094  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  26.29 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000661752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0463  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  37.62 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1408  membrane-associated protein  37.14 
 
 		 213 aa  68.2  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4613  ArsR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 120 aa  68.6  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.296682 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2090  methyltransferase type 11  35.92 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3217  regulatory protein, ArsR  41.89 
 
 		 95 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4269  methyltransferase type 11  35.92 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589079  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>