More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2107 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2107  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
210 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314049 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  62.32 
 
 
208 aa  250  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  64.93 
 
 
211 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2870  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  63.51 
 
 
211 aa  245  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.75176  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  60.19 
 
 
206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  60 
 
 
204 aa  209  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3206  lysine exporter protein LysE/YggA  50.72 
 
 
208 aa  190  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.84476  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1394  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  50.72 
 
 
207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2456  lysine exporter protein LysE/YggA  49.02 
 
 
205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010294  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2358  putative lysine exporter protein  53.11 
 
 
215 aa  172  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5434  lysine exporter protein LysE/YggA  51.12 
 
 
240 aa  170  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.780644 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1618  lysine exporter protein LysE/YggA  45.24 
 
 
209 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.360682  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  38.65 
 
 
204 aa  158  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1345  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  52 
 
 
208 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123136  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3201  LysE family protein  53.85 
 
 
207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0104  LysE family protein  53.25 
 
 
207 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.063661  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3965  LysE family translocator protein  53.85 
 
 
207 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3462  LysE family translocator protein  53.25 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.531352  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2886  LysE family protein  53.25 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3088  LysE family translocator protein  53.25 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.706703  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1657  LysE family protein  53.25 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1754  lysine exporter protein LysE/YggA  40.19 
 
 
211 aa  145  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.335434  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0080  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  44.86 
 
 
215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0088  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  45.28 
 
 
215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462277  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0202  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  46.3 
 
 
159 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0231  putative (homoserine/homoserine lactone) efflux transmembrane protein  45.45 
 
 
211 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.61981 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  38.39 
 
 
212 aa  131  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  39.62 
 
 
209 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3883  LysE family translocator protein  52.66 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  35.07 
 
 
211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  39.9 
 
 
208 aa  124  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.81 
 
 
208 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.27 
 
 
211 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  35.27 
 
 
211 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  39.6 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2291  lysine exporter protein LysE/YggA  36.02 
 
 
213 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.888062 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  35.24 
 
 
213 aa  119  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.5 
 
 
205 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2220  lysine exporter protein LysE/YggA  35.85 
 
 
213 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000181241  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2136  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.94 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2512  LysE family efflux protein  36.71 
 
 
209 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77155  normal  0.629376 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  34.81 
 
 
203 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  34.58 
 
 
218 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1344  putative threonine efflux protein  31.63 
 
 
205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.115554  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  34.78 
 
 
211 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  34.62 
 
 
212 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  35.78 
 
 
222 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  35.78 
 
 
222 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  33.82 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  35.75 
 
 
211 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  35.75 
 
 
211 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  34.11 
 
 
218 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0582  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.9 
 
 
211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0426675 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.45 
 
 
207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69310  LysE family efflux protein  34.78 
 
 
209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  35.32 
 
 
222 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.21 
 
 
213 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5994  hypothetical protein  34.78 
 
 
209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2082  lysine exporter protein LysE/YggA  36.55 
 
 
205 aa  112  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.295879  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  36.5 
 
 
205 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.29 
 
 
205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  35.12 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  34.76 
 
 
212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  34.93 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.78 
 
 
207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.74 
 
 
213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1739  lysine exporter protein LysE/YggA  37.5 
 
 
208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0365796  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6011  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.38 
 
 
206 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.513568 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5030  lysine exporter protein LysE/YggA  38.97 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778866  normal  0.678911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3625  amino acid transporter LysE  36.49 
 
 
213 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.277347  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4701  lysine exporter protein LysE/YggA  37.21 
 
 
207 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0229835 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.33 
 
 
206 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.99 
 
 
206 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.33 
 
 
206 aa  108  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  35.5 
 
 
205 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2108  lysine exporter protein LysE/YggA  35.71 
 
 
213 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.451447 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.01 
 
 
204 aa  107  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.33 
 
 
206 aa  107  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.33 
 
 
206 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.82 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.45 
 
 
206 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  37.13 
 
 
211 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  38.97 
 
 
208 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0893485  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2162  lysine exporter protein LysE/YggA  30 
 
 
209 aa  106  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0727412  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4659  lysine exporter protein LysE/YggA  38.97 
 
 
208 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.80151  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  30.88 
 
 
209 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3704  lysine exporter protein LysE/YggA  38.97 
 
 
208 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.326067  normal  0.173855 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.63 
 
 
206 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2131  homoserine/threonine efflux protein  30.5 
 
 
210 aa  105  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000187844  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0557  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.63 
 
 
206 aa  105  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0403  lysine exporter protein LysE/YggA  40.8 
 
 
211 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1277  lysine exporter protein LysE/YggA  39.02 
 
 
212 aa  105  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3996  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.63 
 
 
206 aa  105  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>