More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2064 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
449 aa  915    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
412 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.61 
 
 
496 aa  130  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 
446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  28.85 
 
 
419 aa  126  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 
412 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 
433 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.41 
 
 
431 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 
484 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 
449 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.76 
 
 
422 aa  97.1  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  27.76 
 
 
422 aa  96.3  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 
449 aa  95.9  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1711  extracellular solute-binding protein family 1  27.17 
 
 
450 aa  95.5  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.827618 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
422 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.25 
 
 
426 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.25 
 
 
426 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  28.25 
 
 
426 aa  90.9  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.25 
 
 
426 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.25 
 
 
426 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.51 
 
 
421 aa  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  27.15 
 
 
437 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3793  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
437 aa  89.4  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.8374  normal  0.742912 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.97 
 
 
426 aa  89.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  28.4 
 
 
423 aa  89  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4399  extracellular solute-binding protein family 1  22.8 
 
 
455 aa  89  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0609802  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.22 
 
 
399 aa  86.7  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
444 aa  86.7  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5365  extracellular solute-binding protein family 1  26.38 
 
 
418 aa  86.7  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.559287 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1047  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 
433 aa  86.7  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 
444 aa  86.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 
447 aa  85.9  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 
428 aa  85.5  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
421 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
421 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 
423 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
421 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0303  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 
478 aa  82.8  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2463  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
437 aa  82.8  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  28.21 
 
 
439 aa  81.6  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 
434 aa  80.9  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 
435 aa  80.1  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
498 aa  79.7  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 
452 aa  78.6  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  28.15 
 
 
466 aa  79  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 
435 aa  78.6  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  27.02 
 
 
458 aa  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  24.95 
 
 
443 aa  78.2  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2358  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
441 aa  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.15 
 
 
443 aa  77.8  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  25.41 
 
 
440 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0138  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
434 aa  77.4  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4758  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 
417 aa  76.6  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1088  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 
414 aa  77  0.0000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00683834  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 
441 aa  76.6  0.0000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  25.49 
 
 
439 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
440 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 
436 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
439 aa  75.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  25.23 
 
 
441 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 
439 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
443 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
436 aa  75.1  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
443 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3171  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
443 aa  75.5  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
443 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 
477 aa  75.1  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  23.82 
 
 
440 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
435 aa  75.1  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
441 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
441 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
441 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 
436 aa  75.1  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
441 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
441 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 
436 aa  74.3  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 
424 aa  74.3  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.48 
 
 
440 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3777  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
436 aa  74.3  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27400  periplasmic mannitol-binding protein of mannitol ABC transporter  25.85 
 
 
438 aa  73.9  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5309  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 
447 aa  73.9  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574903  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 
454 aa  73.6  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.55 
 
 
441 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
436 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
440 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  24.46 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0091  ABC sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein  25.09 
 
 
436 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126585  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
414 aa  72  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.46 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.46 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.46 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1727  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
436 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.46 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  24.46 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
455 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
455 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 
411 aa  71.2  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>