More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2034 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2034  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 403 aa  790    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.25 
 
 		 403 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.74 
 
 		 403 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2795  RND family efflux transporter MFP subunit  46.39 
 
 		 388 aa  333  5e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  45.9 
 
 		 375 aa  299  7e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  48.17 
 
 		 383 aa  291  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  47.84 
 
 		 383 aa  288  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  40.21 
 
 		 388 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  39.68 
 
 		 388 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 		 390 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0305  RND family efflux transporter MFP subunit  39.48 
 
 		 378 aa  216  5e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  34.5 
 
 		 328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  35.58 
 
 		 374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.33 
 
 		 371 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  35.27 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 372 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 366 aa  142  9e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.44 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  28.52 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 417 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  30.56 
 
 		 369 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  30.66 
 
 		 373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 		 370 aa  135  9e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.68 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.96 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  31.82 
 
 		 361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 		 360 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  27.41 
 
 		 350 aa  133  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 370 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 381 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.84 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  30.84 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  32.27 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.69 
 
 		 361 aa  131  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 		 360 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 		 360 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  30.35 
 
 		 392 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  31.7 
 
 		 360 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  26.64 
 
 		 359 aa  130  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  31.55 
 
 		 376 aa  130  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  29.76 
 
 		 419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.86 
 
 		 375 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  30.97 
 
 		 381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  29.97 
 
 		 444 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  29.97 
 
 		 427 aa  127  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  29.97 
 
 		 444 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  28.87 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  28.04 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.04 
 
 		 351 aa  125  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  30.39 
 
 		 361 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 360 aa  123  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  26.05 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.48 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 		 375 aa  122  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 365 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  29.55 
 
 		 376 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  29.7 
 
 		 361 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  27.97 
 
 		 382 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 372 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.16 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  31.56 
 
 		 467 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 371 aa  116  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 385 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.14 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 364 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  31.61 
 
 		 318 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  27.55 
 
 		 397 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.79 
 
 		 397 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1389  HlyD family secretion protein  29.95 
 
 		 435 aa  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379904  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.06 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  28.03 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  28.3 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  28.3 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  28.3 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 		 415 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  27.8 
 
 		 403 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  28.3 
 
 		 415 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  29.2 
 
 		 411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  28.3 
 
 		 415 aa  110  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  28.3 
 
 		 455 aa  110  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  28.3 
 
 		 415 aa  110  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  26.25 
 
 		 397 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.73 
 
 		 388 aa  109  9.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  27.59 
 
 		 415 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 365 aa  109  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>