More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2012 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2012  phosphoserine phosphatase SerB  100 
 
 
295 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2797  phosphoserine phosphatase SerB  78.57 
 
 
296 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2538  phosphoserine phosphatase SerB  77.89 
 
 
296 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84987  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2809  phosphoserine phosphatase  77.89 
 
 
296 aa  450  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1348  phosphoserine phosphatase SerB  70.41 
 
 
299 aa  412  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.561677  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1391  phosphoserine phosphatase  69.73 
 
 
299 aa  408  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.115011  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1800  phosphoserine phosphatase SerB  68.03 
 
 
299 aa  398  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.695243  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1744  phosphoserine phosphatase  63.48 
 
 
295 aa  361  7.0000000000000005e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.121425  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6089  phosphoserine phosphatase  57.63 
 
 
296 aa  322  6e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.562071  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3019  phosphoserine phosphatase  58.62 
 
 
291 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.426286 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3347  phosphoserine phosphatase SerB  57.29 
 
 
297 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0178674 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3257  phosphoserine phosphatase SerB  58.98 
 
 
297 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.230695 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2345  phosphoserine phosphatase SerB  57.97 
 
 
297 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.419363  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6707  phosphoserine phosphatase SerB  58.92 
 
 
298 aa  306  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.572271  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2462  phosphoserine phosphatase SerB  56.61 
 
 
296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.228127 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2240  phosphoserine phosphatase SerB  58.45 
 
 
297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110047  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1660  phosphoserine phosphatase SerB  60.14 
 
 
299 aa  301  6.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  0.466601 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0252  phosphoserine phosphatase  64.1 
 
 
291 aa  300  1e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0812  phosphoserine phosphatase SerB  55.71 
 
 
291 aa  298  7e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2882  phosphoserine phosphatase SerB  56.71 
 
 
298 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2655  phosphoserine phosphatase SerB  56.71 
 
 
298 aa  295  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.607459 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0008  phosphoserine phosphatase SerB  55.67 
 
 
291 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197314 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0018  phosphoserine phosphatase SerB  55.59 
 
 
291 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.395606  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3316  phosphoserine phosphatase  55.1 
 
 
292 aa  286  4e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.979977  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2777  phosphoserine phosphatase SerB  54.73 
 
 
298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.64316  normal  0.211606 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2096  phosphoserine phosphatase SerB  64.29 
 
 
226 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6188  phosphoserine phosphatase SerB  56.71 
 
 
298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2724  phosphoserine phosphatase SerB  62.71 
 
 
241 aa  280  1e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1756  phosphoserine phosphatase SerB  53.16 
 
 
309 aa  276  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1350  phosphoserine phosphatase  53.85 
 
 
291 aa  275  5e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4531  phosphoserine phosphatase SerB  56.95 
 
 
297 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.545382 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3139  phosphoserine phosphatase SerB  52.03 
 
 
325 aa  259  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.598874  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3347  phosphoserine phosphatase SerB  53.72 
 
 
289 aa  252  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0465  phosphoserine phosphatase  53.08 
 
 
299 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.67766  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0607  phosphoserine phosphatase  49.16 
 
 
292 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122548  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2835  phosphoserine phosphatase SerB  50.19 
 
 
332 aa  229  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.978803  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1468  phosphoserine phosphatase SerB  44.44 
 
 
294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1777  phosphoserine phosphatase SerB  44.56 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2786  phosphoserine phosphatase SerB  48.02 
 
 
410 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2283  3-phosphoserine phosphatase  46.44 
 
 
398 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000752134  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1890  phosphoserine phosphatase  47.73 
 
 
302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2041  phosphoserine phosphatase  48.9 
 
 
404 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.143406  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2504  phosphoserine phosphatase SerB  42.73 
 
 
278 aa  183  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000000707909  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0978  phosphoserine phosphatase SerB  47.3 
 
 
279 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.485159  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1350  phosphoserine phosphatase SerB  44.35 
 
 
419 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2542  phosphoserine phosphatase  46.22 
 
 
411 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1857  phosphoserine phosphatase  40.07 
 
 
400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.982407 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0409  phosphoserine phosphatase SerB  47.58 
 
 
438 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2803  phosphoserine phosphatase SerB  47.77 
 
 
398 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.749544  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1682  phosphoserine phosphatase SerB  44.87 
 
 
400 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1598  phosphoserine phosphatase SerB  48.46 
 
 
408 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2146  phosphoserine phosphatase SerB  40.07 
 
 
400 aa  179  4e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0136  phosphoserine phosphatase  45.45 
 
 
432 aa  179  7e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.357065  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07410  Phosphoserine phosphatase  48.84 
 
 
404 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.403165  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1620  phosphoserine phosphatase SerB  46.8 
 
 
275 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2240  phosphoserine phosphatase SerB  46.35 
 
 
281 aa  176  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00113806  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65560  phosphoserine phosphatase  46.88 
 
 
429 aa  175  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1492  phosphoserine phosphatase SerB  47.75 
 
 
281 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.806128  normal  0.053472 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2184  phosphoserine phosphatase SerB  44.7 
 
 
435 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0738013  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0264  phosphoserine phosphatase SerB  45.23 
 
 
404 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2331  phosphoserine phosphatase  48.42 
 
 
279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.124383  normal  0.106642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4785  phosphoserine phosphatase SerB  46.05 
 
 
404 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2577  phosphoserine phosphatase SerB  49 
 
 
237 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5689  phosphoserine phosphatase SerB  45.98 
 
 
404 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4909  phosphoserine phosphatase SerB  46.05 
 
 
415 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45946  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4957  ACT domain protein/phosphoserine phosphatase SerB  45.09 
 
 
418 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4962  phosphoserine phosphatase SerB  46.05 
 
 
404 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4701  phosphoserine phosphatase SerB  45.81 
 
 
404 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.995062 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1640  putative phosphoserine phosphatase protein  48.54 
 
 
285 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  0.179226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0557  phosphoserine phosphatase SerB  45.09 
 
 
418 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2310  phosphoserine phosphatase SerB  46.47 
 
 
429 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.54597 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0618  phosphoserine phosphatase  45.09 
 
 
429 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2007  phosphoserine phosphatase SerB  48.1 
 
 
235 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00211698 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0225  phosphoserine phosphatase SerB  41.05 
 
 
406 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1712  phosphoserine phosphatase SerB  45.09 
 
 
410 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3292  phosphoserine phosphatase SerB  46.73 
 
 
297 aa  170  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117576  normal  0.403499 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2259  phosphoserine phosphatase  48.13 
 
 
294 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.148184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0506  phosphoserine phosphatase  44.93 
 
 
404 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138167  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1577  phosphoserine phosphatase SerB  47.57 
 
 
285 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0191931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1576  phosphoserine phosphatase  48.56 
 
 
237 aa  169  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.665461  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0314  phosphoserine phosphatase SerB  43.67 
 
 
410 aa  169  6e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0906615 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1357  phosphoserine phosphatase  46.85 
 
 
307 aa  169  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1855  phosphoserine phosphatase SerB  46.03 
 
 
279 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.247202 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1368  phosphoserine phosphatase  46.6 
 
 
284 aa  168  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0127039  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2720  phosphoserine phosphatase  45.22 
 
 
236 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377645  normal  0.210354 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4820  phosphoserine phosphatase SerB  44.35 
 
 
403 aa  168  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5336  phosphoserine phosphatase SerB  38.54 
 
 
419 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.414905  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2554  phosphoserine phosphatase SerB  44.78 
 
 
236 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.497931  normal  0.0396142 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5077  phosphoserine phosphatase  47.3 
 
 
281 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1906  phosphoserine phosphatase SerB  47.57 
 
 
310 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0401863  normal  0.165029 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0538  phosphoserine phosphatase SerB  46.72 
 
 
372 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000117789  unclonable  0.0000000000304475 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1568  phosphoserine phosphatase  47.29 
 
 
241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0185537  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0368  phosphoserine phosphatase  46.72 
 
 
327 aa  166  4e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00427946  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0341  phosphoserine phosphatase SerB  46.43 
 
 
412 aa  166  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6301  phosphoserine phosphatase SerB  47.78 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463475  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0666  phosphoserine phosphatase  43.2 
 
 
325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1803  phosphoserine phosphatase SerB  47.78 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0615896  normal  0.554721 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1778  phosphoserine phosphatase SerB  47.78 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685999  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2264  phosphoserine phosphatase  46.85 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.738321  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1718  phosphoserine phosphatase SerB  48.28 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>