More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1948 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 326 aa  648    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  74.84 
 
 		 325 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2481  extracellular solute-binding protein family 1  74.18 
 
 		 330 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.37214  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  61.76 
 
 		 322 aa  404  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  57.72 
 
 		 340 aa  351  7e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  54.64 
 
 		 325 aa  350  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  51.57 
 
 		 326 aa  318  6e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  46.41 
 
 		 338 aa  288  8e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  46.18 
 
 		 322 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  32.32 
 
 		 333 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  34.04 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  34.86 
 
 		 320 aa  155  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  33.97 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  33.99 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  33.99 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.97 
 
 		 351 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  33.99 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  33.66 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.55 
 
 		 351 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  33.66 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 		 340 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  33.33 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  33.33 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  33.33 
 
 		 341 aa  139  7e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  31.68 
 
 		 347 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  33.01 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  33.83 
 
 		 326 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  31.25 
 
 		 341 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  31.25 
 
 		 341 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  30.28 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1554  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 354 aa  125  1e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.202841  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  30.59 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.12 
 
 		 341 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 		 341 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.31 
 
 		 358 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4658  extracellular solute-binding protein  33.55 
 
 		 440 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.31 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  29.34 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  30.31 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  30.31 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  30.31 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.31 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  30.31 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.03 
 
 		 358 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.07 
 
 		 347 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  31.13 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.55 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  30.39 
 
 		 336 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.82 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  30.13 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 344 aa  110  5e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  33.22 
 
 		 344 aa  106  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 		 351 aa  106  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  32.09 
 
 		 346 aa  105  7e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  27.93 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  31.16 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  32.16 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  27.61 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4801  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 442 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.433474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  26.85 
 
 		 339 aa  102  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 350 aa  102  9e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 333 aa  102  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  31.16 
 
 		 343 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1485  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 470 aa  100  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0472403  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.9 
 
 		 335 aa  99.8  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.59 
 
 		 343 aa  98.6  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  30.43 
 
 		 362 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21350  ABC-type Fe3+ transport system, substrate binding component  26.18 
 
 		 349 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4456  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00193533  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.37 
 
 		 349 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0923  extracellular solute-binding protein family 1  29.12 
 
 		 347 aa  94.7  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 		 361 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 342 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 361 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  28.34 
 
 		 334 aa  92.8  6e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  30.2 
 
 		 336 aa  92.8  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  29.17 
 
 		 343 aa  92.8  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1273  putative periplasmic solute-binding protein  28.9 
 
 		 333 aa  92.4  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.384428  normal  0.646198 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.45 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.45 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.45 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.72 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.45 
 
 		 353 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.45 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.45 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1663  extracellular solute-binding protein family 1  28.62 
 
 		 335 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>