More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1800 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  43.89 
 
 		 867 aa  686    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  54.24 
 
 		 844 aa  826    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  48.46 
 
 		 825 aa  732    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  51.86 
 
 		 843 aa  812    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 859 aa  1708    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  34.87 
 
 		 825 aa  356  1e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  30.88 
 
 		 874 aa  337  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  31.23 
 
 		 832 aa  337  5e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  31.32 
 
 		 845 aa  322  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  29.51 
 
 		 866 aa  317  6e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 		 860 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  31.65 
 
 		 853 aa  302  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 		 883 aa  295  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  30.76 
 
 		 910 aa  280  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  29.86 
 
 		 879 aa  274  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 840 aa  273  7e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  30.34 
 
 		 868 aa  272  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 947 aa  261  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 		 909 aa  260  7e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  30.09 
 
 		 909 aa  260  9e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  30.61 
 
 		 815 aa  257  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 830 aa  251  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  29.26 
 
 		 803 aa  251  4e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  30.06 
 
 		 807 aa  242  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  30.36 
 
 		 806 aa  240  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  42.25 
 
 		 849 aa  239  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  41.55 
 
 		 847 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  42.91 
 
 		 796 aa  235  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  42.59 
 
 		 847 aa  233  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  29.16 
 
 		 835 aa  232  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 840 aa  228  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  29.33 
 
 		 803 aa  227  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  28.29 
 
 		 840 aa  225  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  28.36 
 
 		 832 aa  220  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  28.09 
 
 		 809 aa  219  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  29.9 
 
 		 820 aa  219  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  28.8 
 
 		 803 aa  219  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  28.48 
 
 		 814 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 		 855 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 815 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  35 
 
 		 806 aa  216  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 816 aa  207  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  27.83 
 
 		 814 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 820 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 820 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  25.03 
 
 		 815 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 817 aa  199  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  28.84 
 
 		 799 aa  197  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 832 aa  193  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  36.18 
 
 		 752 aa  192  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  31.04 
 
 		 794 aa  190  8e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  32.8 
 
 		 891 aa  190  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  32.8 
 
 		 785 aa  190  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  28.21 
 
 		 804 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  28.11 
 
 		 803 aa  188  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 		 813 aa  188  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  38.61 
 
 		 299 aa  184  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  26.03 
 
 		 814 aa  184  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  39 
 
 		 298 aa  183  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  37.63 
 
 		 842 aa  181  5.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  28.94 
 
 		 817 aa  179  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  32.58 
 
 		 753 aa  178  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  39.38 
 
 		 291 aa  178  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  39.92 
 
 		 864 aa  177  7e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  28.79 
 
 		 808 aa  173  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  32.89 
 
 		 732 aa  173  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  29.21 
 
 		 809 aa  173  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.21 
 
 		 809 aa  173  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  29.09 
 
 		 809 aa  172  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  32.08 
 
 		 773 aa  170  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  38.4 
 
 		 1127 aa  169  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  36.26 
 
 		 981 aa  169  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  37.77 
 
 		 877 aa  168  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 843 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  41.12 
 
 		 807 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  38.4 
 
 		 1144 aa  162  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  33.83 
 
 		 795 aa  162  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  35.96 
 
 		 472 aa  161  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  39.19 
 
 		 816 aa  161  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 1105 aa  159  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  35.66 
 
 		 322 aa  157  9e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1903  MscS Mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 303 aa  157  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  36.55 
 
 		 636 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  40.86 
 
 		 636 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  32.69 
 
 		 1235 aa  155  2.9999999999999998e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  36.63 
 
 		 784 aa  154  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  33.94 
 
 		 637 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  34 
 
 		 685 aa  154  8e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  32.58 
 
 		 1111 aa  152  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  32.71 
 
 		 1120 aa  151  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  32.71 
 
 		 1120 aa  151  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  32.71 
 
 		 1120 aa  151  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  38.13 
 
 		 428 aa  147  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  30.31 
 
 		 1080 aa  146  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  33.58 
 
 		 1117 aa  146  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  34.24 
 
 		 1115 aa  145  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0765  MscS Mechanosensitive ion channel  36.06 
 
 		 484 aa  145  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0736  MscS Mechanosensitive ion channel  36.06 
 
 		 484 aa  145  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  34.56 
 
 		 450 aa  145  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  34.32 
 
 		 435 aa  144  5e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>