More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1600 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1600  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
511 aa  1040    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2079  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.77 
 
 
511 aa  691    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.964001  normal  0.759382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2316  histidine kinase  64.97 
 
 
511 aa  696    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.243806  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2051  two component sensor kinase  60.08 
 
 
511 aa  631  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1553  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50.3 
 
 
505 aa  464  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1212  Signal transduction histidine kinase  47.44 
 
 
536 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.39876  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1469  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.77 
 
 
536 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997673  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2046  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.54 
 
 
530 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.227598  normal  0.375408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2185  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.44 
 
 
531 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3460  putative sensor histidine kinase, putative membrane protein  47.35 
 
 
532 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.305573 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3395  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.35 
 
 
530 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109713  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2574  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.06 
 
 
512 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4820  histidine kinase  45.77 
 
 
513 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.780698  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2064  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.6 
 
 
533 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0167055  normal  0.0634721 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1749  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.03 
 
 
511 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0873  histidine kinase  45.93 
 
 
513 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.428917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0912  ATPase domain-containing protein  45.93 
 
 
513 aa  396  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0848  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.14 
 
 
513 aa  391  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.88824  normal  0.551331 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1335  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.34 
 
 
518 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.84 
 
 
594 aa  358  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1062  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.77 
 
 
509 aa  295  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.12 
 
 
798 aa  238  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0658643 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1935  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.41 
 
 
523 aa  233  7.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.345754 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.52 
 
 
617 aa  220  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.422617  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.31 
 
 
717 aa  216  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0327  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  48.62 
 
 
620 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.75 
 
 
784 aa  213  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.501852  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0616  sensory box histidine kinase  43.28 
 
 
783 aa  210  4e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.260748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0615  sensory box histidine kinase  43.28 
 
 
783 aa  210  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3474  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.68 
 
 
836 aa  209  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0318  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.32 
 
 
1138 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.619733  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1884  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  44.4 
 
 
389 aa  206  9e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.329348  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0956  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.53 
 
 
600 aa  206  9e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.48 
 
 
769 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0641  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44 
 
 
772 aa  204  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1119  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.02 
 
 
502 aa  204  4e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.092302  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1373  two component sensor kinase  42.54 
 
 
790 aa  203  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0680  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.64 
 
 
728 aa  202  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.391065 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0929  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.81 
 
 
769 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0582666 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.81 
 
 
769 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459877  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3152  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 
468 aa  201  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.229393  normal  0.25439 
 
 
-
 
NC_004310  BR1606  sensory box histidine kinase  40.96 
 
 
1035 aa  199  7.999999999999999e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23328  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0066  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  42.29 
 
 
773 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.712477  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0171  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.98 
 
 
1192 aa  199  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.15 
 
 
969 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.299525  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0413  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.83 
 
 
1276 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0153135  hitchhiker  0.00020462 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3481  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.93 
 
 
704 aa  197  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.112139 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1549  sensory box histidine kinase  40.56 
 
 
1035 aa  196  7e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0381  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.43 
 
 
1296 aa  196  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00957634 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.89 
 
 
484 aa  196  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.197112  normal  0.954465 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0950  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.19 
 
 
911 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.666627 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3923  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.56 
 
 
1055 aa  195  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3322  histidine kinase  45.96 
 
 
278 aa  194  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.856819  normal  0.770446 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0827  two component sensor kinase  40.98 
 
 
1410 aa  193  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3431  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.34 
 
 
844 aa  191  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.737925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.08 
 
 
1000 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.420098  normal  0.0858273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2018  ATP-binding region, ATPase-like  42.05 
 
 
771 aa  190  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88254  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0215  sensor histidine kinase  41.13 
 
 
470 aa  189  8e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00343195  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0438  putative non-motile and phage-resistance protein  42.8 
 
 
773 aa  188  2e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3436  histidine kinase  43.27 
 
 
771 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.416045  normal  0.0284383 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  42.44 
 
 
778 aa  187  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0885  sensor histidine kinase  40.32 
 
 
470 aa  187  3e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.982785  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1626  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.51 
 
 
770 aa  187  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.255804  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2221  Signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 
605 aa  187  6e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.763849  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3094  two-component sensor histidine kinase  42.45 
 
 
774 aa  186  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.83 
 
 
377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.360727  normal  0.404582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0905  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41 
 
 
774 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.226148  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1010  histidine kinase  40.74 
 
 
503 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1847  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.68 
 
 
775 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0491237  normal  0.422245 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1670  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 
494 aa  182  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.422523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5476  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.46 
 
 
782 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1834  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
569 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0884  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.92 
 
 
513 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683034  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1639  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 
583 aa  181  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.19247  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.35 
 
 
764 aa  181  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0862951 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0899  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.22 
 
 
562 aa  181  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000736499  normal  0.0870171 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1200  Signal transduction histidine kinase  39.54 
 
 
779 aa  180  4.999999999999999e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0514  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.19 
 
 
786 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1778  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
606 aa  179  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415214  decreased coverage  0.0072817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0543  PAS sensor protein  39.16 
 
 
786 aa  178  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0831512  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0477  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.54 
 
 
786 aa  177  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2623  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.23 
 
 
614 aa  177  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0648  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.35 
 
 
661 aa  176  9e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.173169  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.64 
 
 
713 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1449  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 
775 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00109411  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0617  histidine kinase  40.35 
 
 
525 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862925  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.85 
 
 
605 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0997338  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2393  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
676 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00822967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.91 
 
 
700 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.434534  normal  0.941332 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1358  histidine kinase  39.75 
 
 
288 aa  174  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.688927  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4428  PAS sensor protein  38.91 
 
 
693 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.426756 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1305  two component sensor kinase  39.83 
 
 
599 aa  173  6.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.282696  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4938  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.22 
 
 
686 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_002978  WD1284  sensor histidine kinase  36.8 
 
 
475 aa  172  1e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.42 
 
 
643 aa  172  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3045  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 
587 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  41.1 
 
 
508 aa  172  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2369  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.69 
 
 
793 aa  171  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0711  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.42 
 
 
646 aa  171  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.386988 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3308  sensor histidine kinase  42.26 
 
 
845 aa  169  9e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0563163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>