179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1556 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1556  major facilitator transporter  100 
 
 
407 aa  805    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.897116  normal  0.129024 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2197  major facilitator superfamily MFS_1  52.33 
 
 
406 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0740426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1986  major facilitator superfamily MFS_1  52.7 
 
 
405 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337503  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  29.44 
 
 
397 aa  172  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1657  major facilitator transporter  30.49 
 
 
395 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0618282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5559  major facilitator superfamily permease  30.54 
 
 
386 aa  154  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4487  major facilitator superfamily MFS_1  28.94 
 
 
402 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4111  major facilitator transporter  31.25 
 
 
387 aa  150  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778149  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1625  major facilitator transporter  27.64 
 
 
400 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  0.606399 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1450  major facilitator transporter  29.09 
 
 
404 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106251  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1634  major facilitator transporter  27.37 
 
 
402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.273991  normal  0.517668 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2929  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.18 
 
 
379 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2816  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.91 
 
 
379 aa  136  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2795  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.91 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2709  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.91 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2754  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.91 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3034  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.77 
 
 
379 aa  130  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.308801  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002202  probable 3-phenylpropionic acid transporter  28.65 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2910  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.13 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0356658  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2830  putative 3-phenylpropionic acid transporter  26.97 
 
 
393 aa  126  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  28.45 
 
 
395 aa  122  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2694  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.65 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1132  phenyl proprionate permease family protein  28.41 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2820  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.41 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0314248  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1094  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.53 
 
 
397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1141  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.41 
 
 
379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1951  major facilitator transporter  27.7 
 
 
391 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577429  normal  0.771296 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3767  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.41 
 
 
379 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1748  major facilitator transporter  28.14 
 
 
397 aa  121  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236817  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02428  predicted 3-phenylpropionic transporter  27.86 
 
 
379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  27.59 
 
 
385 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02392  hypothetical protein  27.86 
 
 
379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  27.86 
 
 
379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117825  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0017  chloramphenicol O-acetyltransferase  26.52 
 
 
388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000020169 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1284  putative 3-phenylpropionic acid transporter  29.64 
 
 
399 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00166  putative 3-phenylpropionic acid transporter  31.86 
 
 
342 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1232  putative 3-phenylpropionic acid transporter  26.5 
 
 
386 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  28.13 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3043  putative 3-phenylpropionic acid transporter  26.36 
 
 
386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0906108  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4960  major facilitator superfamily MFS_1  29.85 
 
 
406 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.877021  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0840  major facilitator transporter  28.29 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0402328  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  28.8 
 
 
378 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1922  major facilitator transporter  28.37 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1315  major facilitator superfamily MFS_1  31.63 
 
 
374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.457809  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1409  major facilitator transporter  29.53 
 
 
384 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387878  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2005  major facilitator transporter  29.41 
 
 
390 aa  113  6e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1971  transporter, putative  29.62 
 
 
387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1639  major facilitator superfamily MFS_1  29.62 
 
 
387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000052995 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1258  MFS family nucleoside/H(+) symporter  28.49 
 
 
422 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404287  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1162  putative 3-phenylpropionic acid transporter  24.29 
 
 
385 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.92917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1269  putative 3-phenylpropionic acid transporter  24.29 
 
 
385 aa  108  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000298411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0442  putative 3-phenylpropionic acid transporter  24.01 
 
 
385 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000923694  hitchhiker  0.00000109334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0816  major facilitator superfamily MFS_1  29.64 
 
 
410 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0515849  normal  0.140631 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2761  putative 3-phenylpropionic acid transporter  27.1 
 
 
380 aa  106  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2666  major facilitator transporter  28.23 
 
 
390 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1567  major facilitator superfamily transporter  27.51 
 
 
365 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3634  putative 3-phenylpropionic acid transporter  25.78 
 
 
383 aa  105  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0890  major facilitator transporter  30.13 
 
 
401 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.142109 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1009  major facilitator transporter  30.81 
 
 
389 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2089  major facilitator transporter  25.07 
 
 
386 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30932  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2676  major facilitator transporter  25.98 
 
 
387 aa  103  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0703  transporter, putative  26 
 
 
382 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405472  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0757  major facilitator superfamily MFS_1  30.79 
 
 
389 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0850  major facilitator superfamily MFS_1  29.92 
 
 
401 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0104948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4932  major facilitator transporter  32.81 
 
 
426 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2044  transporter, putative  28.06 
 
 
389 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0012947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02754  major facilitator superfamily MFS_1  24.37 
 
 
405 aa  99  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.874347  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3879  major facilitator transporter  26.7 
 
 
384 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0849528  normal  0.271256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  25.56 
 
 
389 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1739  major facilitator superfamily MFS_1  26.06 
 
 
385 aa  97.4  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.422247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1831  major facilitator superfamily MFS_1  27.65 
 
 
384 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.641775  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2158  major facilitator transporter  27.19 
 
 
389 aa  97.1  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2751  major facilitator transporter  28.18 
 
 
391 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.22938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1439  major facilitator transporter  27.35 
 
 
384 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0292117 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1608  major facilitator superfamily MFS_1  28.25 
 
 
391 aa  96.7  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111571  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2845  major facilitator transporter  28.25 
 
 
391 aa  96.7  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000827001 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42750  putative MFS metabolite transporter  25.45 
 
 
383 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2768  major facilitator transporter  28.25 
 
 
391 aa  96.3  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0162365  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1854  major facilitator transporter  27.6 
 
 
387 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0482615  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  26.8 
 
 
385 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  25.8 
 
 
386 aa  94.4  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1537  major facilitator transporter  27.44 
 
 
385 aa  94  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37760  putative MFS transporter  26.18 
 
 
387 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0112264  normal  0.117862 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1321  major facilitator superfamily MFS_1  31.25 
 
 
388 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.211606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1883  major facilitator transporter  23.62 
 
 
390 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523287  normal  0.651381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  25.07 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0949  major facilitator superfamily MFS_1  27.3 
 
 
406 aa  90.5  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000750812 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10750  major facilitator superfamily MFS_1  21.11 
 
 
378 aa  90.5  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000151203  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1813  major facilitator transporter  27.99 
 
 
389 aa  90.5  5e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.652379  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3228  MFS family transporter  25.52 
 
 
386 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0436901  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2587  major facilitator transporter  25.88 
 
 
387 aa  90.1  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2450  major facilitator transporter  25.29 
 
 
391 aa  90.1  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.144004  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3149  hypothetical protein  21.97 
 
 
384 aa  90.1  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2090  transporter, putative  27.52 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1723  major facilitator transporter  26.06 
 
 
381 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1417  major facilitator transporter  24.63 
 
 
389 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132451  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1482  major facilitator transporter  24.63 
 
 
389 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51867  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1139  major facilitator transporter  26.24 
 
 
365 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.173981  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1470  major facilitator transporter  24.63 
 
 
389 aa  87.4  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2136  major facilitator transporter  24.52 
 
 
383 aa  86.3  9e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0149508  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>