More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1466 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  100 
 
 
425 aa  858  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  68.94 
 
 
424 aa  593  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  68.24 
 
 
424 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2438  transport system  63.68 
 
 
424 aa  521  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.629208  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2253  FeS assembly protein SufD  52.8 
 
 
425 aa  444  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0927  FeS assembly protein SufD  53.12 
 
 
425 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.859558  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0933  hypothetical protein  53.12 
 
 
425 aa  443  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478935  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1779  FeS assembly protein SufD  54.25 
 
 
422 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.377637  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  40.24 
 
 
421 aa  347  3e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  37.12 
 
 
446 aa  242  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  36.77 
 
 
441 aa  241  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  36.24 
 
 
440 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  35.29 
 
 
441 aa  227  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  36.71 
 
 
444 aa  223  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  36.08 
 
 
437 aa  222  8e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  36.64 
 
 
459 aa  222  1e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  35.22 
 
 
440 aa  213  7e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  35.12 
 
 
446 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  35.61 
 
 
437 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  35.81 
 
 
430 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  33.56 
 
 
437 aa  201  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  35.04 
 
 
448 aa  194  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  35.7 
 
 
399 aa  195  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  35.56 
 
 
437 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  33.49 
 
 
439 aa  193  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  32.43 
 
 
428 aa  193  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  35.71 
 
 
439 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  34.62 
 
 
419 aa  190  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  1.91252e-09 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  35.45 
 
 
437 aa  190  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  32.11 
 
 
445 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  34.72 
 
 
440 aa  188  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  30.61 
 
 
439 aa  187  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  39.03 
 
 
437 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  33.68 
 
 
426 aa  184  3e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  35.05 
 
 
440 aa  182  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  34.98 
 
 
440 aa  182  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  35.11 
 
 
447 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  30.9 
 
 
454 aa  179  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  32.89 
 
 
439 aa  173  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  29.23 
 
 
438 aa  172  8e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  32.31 
 
 
418 aa  171  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  33.01 
 
 
437 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  27.34 
 
 
441 aa  170  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  9.08978e-08 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  30.16 
 
 
428 aa  169  8e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5107  FeS assembly protein SufD  32.33 
 
 
439 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0193182 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  33.73 
 
 
434 aa  167  3e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  26.28 
 
 
437 aa  167  4e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  30.08 
 
 
428 aa  167  5e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  37.77 
 
 
446 aa  166  6e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  32.6 
 
 
440 aa  165  1e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  34.66 
 
 
445 aa  164  2e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  29.71 
 
 
433 aa  164  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  31.79 
 
 
442 aa  163  4e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  29.35 
 
 
454 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  30.37 
 
 
447 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  30.37 
 
 
442 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  29.59 
 
 
444 aa  160  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  30.07 
 
 
439 aa  158  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  30.41 
 
 
451 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  7.88125e-08 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.97 
 
 
448 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.22 
 
 
448 aa  156  8e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  29.14 
 
 
441 aa  155  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  26.44 
 
 
439 aa  154  3e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  30.89 
 
 
423 aa  153  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  32.73 
 
 
430 aa  154  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  28.14 
 
 
436 aa  153  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  29.33 
 
 
440 aa  153  6e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  28.27 
 
 
426 aa  153  7e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.08 
 
 
423 aa  152  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.63 
 
 
423 aa  151  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  29.37 
 
 
448 aa  151  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  28.68 
 
 
426 aa  152  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1318  SufBD protein  35.66 
 
 
342 aa  151  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0362341  normal  0.436939 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  30.08 
 
 
423 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  30.08 
 
 
423 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.23 
 
 
423 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  4.29728e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.08 
 
 
423 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  2.20398e-06 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.08 
 
 
423 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.66 
 
 
441 aa  150  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  28.19 
 
 
434 aa  150  6e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.63 
 
 
423 aa  149  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  30.81 
 
 
430 aa  149  9e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.53 
 
 
423 aa  149  1e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  3.15224e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.22 
 
 
423 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.22 
 
 
423 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.06713e-09 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  31.22 
 
 
422 aa  147  3e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.22 
 
 
423 aa  147  4e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  3.49756e-08 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.95 
 
 
423 aa  147  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.4 
 
 
441 aa  146  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  32.17 
 
 
420 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  30.95 
 
 
420 aa  145  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.79 
 
 
423 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  8.06248e-08 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1744  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.65 
 
 
441 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000189062  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  30.32 
 
 
422 aa  144  3e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  31.18 
 
 
427 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1005  FeS assembly protein SufD  31.03 
 
 
435 aa  143  6e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.868893 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  25.38 
 
 
453 aa  142  1e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  36.44 
 
 
467 aa  142  2e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2592  SufBD protein  37.67 
 
 
343 aa  141  2e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.956009  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  24.67 
 
 
475 aa  140  4e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>