More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1452 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  72.45 
 
 		 600 aa  875    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.03 
 
 		 594 aa  700    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 		 600 aa  1196    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  61.19 
 
 		 594 aa  696    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  62.02 
 
 		 575 aa  675    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  61.69 
 
 		 594 aa  710    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  74.12 
 
 		 600 aa  843    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  74.46 
 
 		 600 aa  887    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.89 
 
 		 594 aa  620  1e-176  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.99 
 
 		 626 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.92 
 
 		 610 aa  590  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.01 
 
 		 603 aa  575  1.0000000000000001e-163  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  52.8 
 
 		 613 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.1 
 
 		 613 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.95 
 
 		 613 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.36 
 
 		 603 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.52 
 
 		 613 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.68 
 
 		 633 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  53.39 
 
 		 613 aa  561  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  52.2 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.36 
 
 		 605 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  54.5 
 
 		 597 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  55.42 
 
 		 597 aa  537  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  52.25 
 
 		 611 aa  529  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.83 
 
 		 611 aa  523  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.24 
 
 		 611 aa  519  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.93 
 
 		 603 aa  486  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.95 
 
 		 594 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.73 
 
 		 603 aa  463  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  45.93 
 
 		 606 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.56 
 
 		 582 aa  461  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
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NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  46.28 
 
 		 583 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  45.53 
 
 		 585 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.28 
 
 		 583 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.28 
 
 		 583 aa  445  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.58 
 
 		 580 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.52 
 
 		 573 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.24 
 
 		 605 aa  428  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  43.49 
 
 		 619 aa  422  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.24 
 
 		 579 aa  421  1e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.46 
 
 		 588 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.25 
 
 		 589 aa  417  9.999999999999999e-116  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  39.45 
 
 		 584 aa  410  1e-113  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.58 
 
 		 588 aa  404  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.13 
 
 		 577 aa  386  1e-106  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  37.23 
 
 		 592 aa  350  3e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.85 
 
 		 574 aa  334  3e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  41.77 
 
 		 599 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.2 
 
 		 811 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.28 
 
 		 907 aa  306  6e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
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NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.39 
 
 		 788 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.09 
 
 		 568 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.69 
 
 		 814 aa  302  1e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
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NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.37 
 
 		 885 aa  301  3e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.48 
 
 		 827 aa  300  7e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.79 
 
 		 586 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_2512  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.82 
 
 		 785 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000579618  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.86 
 
 		 569 aa  289  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0490686 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.43 
 
 		 564 aa  288  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  37.3 
 
 		 577 aa  286  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3210  ssDNA exonuclease RecJ  37.3 
 
 		 577 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.398907 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3463  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.36 
 
 		 573 aa  285  1.0000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0980529  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3276  ssDNA exonuclease RecJ  37.3 
 
 		 577 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3273  ssDNA exonuclease RecJ  37.3 
 
 		 577 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3378  ssDNA exonuclease RecJ  37.3 
 
 		 577 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.73 
 
 		 573 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.07 
 
 		 573 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  34.28 
 
 		 932 aa  283  6.000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1154  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.97 
 
 		 565 aa  282  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1313  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.07 
 
 		 573 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.09 
 
 		 578 aa  281  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0051  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.25 
 
 		 579 aa  281  3e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.458674  normal  0.205446 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.67 
 
 		 577 aa  280  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000133644  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0817  ssDNA exonuclease RecJ  36.67 
 
 		 577 aa  280  4e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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CP001509  ECD_02724  ssDNA exonuclease, 5' -> 3'-specific  37.03 
 
 		 577 aa  280  5e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0329903  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_3218  ssDNA exonuclease RecJ  37.03 
 
 		 577 aa  280  5e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  37.03 
 
 		 577 aa  280  5e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_4183  ssDNA exonuclease RecJ  37.03 
 
 		 577 aa  280  6e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009800  EcHS_A3051  ssDNA exonuclease RecJ  37.03 
 
 		 577 aa  280  7e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E3312  ssDNA exonuclease RecJ  37.03 
 
 		 577 aa  280  7e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009674  Bcer98_3125  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.82 
 
 		 779 aa  279  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.388004  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_3025  ssDNA exonuclease RecJ  36.83 
 
 		 577 aa  279  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013440  Hoch_2398  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.48 
 
 		 577 aa  279  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.924128  normal  0.955687 
 
 
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NC_009436  Ent638_3310  ssDNA exonuclease RecJ  38.12 
 
 		 577 aa  276  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.24828  normal  1 
 
 
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NC_006348  BMA1698  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.03 
 
 		 564 aa  276  9e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A3113  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.03 
 
 		 564 aa  276  9e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_2721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.03 
 
 		 564 aa  276  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A2205  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.03 
 
 		 564 aa  276  9e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_2642  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.03 
 
 		 564 aa  276  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_1478  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.03 
 
 		 564 aa  276  9e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_4833  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.59 
 
 		 573 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00133424  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_2588  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.85 
 
 		 564 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007651  BTH_I1885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.49 
 
 		 564 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214774  n/a   
 
 
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NC_012791  Vapar_1208  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.79 
 
 		 573 aa  273  8.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5422  RecJ exonuclease  37.04 
 
 		 565 aa  272  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_2026  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.04 
 
 		 565 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.698536 
 
 
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NC_005945  BAS4304  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.5 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_4639  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.5 
 
 		 779 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008390  Bamb_2153  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.04 
 
 		 565 aa  272  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000147893  n/a   
 
 
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NC_007404  Tbd_1771  exonuclease RecJ  36.94 
 
 		 565 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.495895  normal  0.722264 
 
 
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