More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1438 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 549 aa  1134    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  69.39 
 
 		 542 aa  783    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  66.04 
 
 		 556 aa  727    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  62.78 
 
 		 533 aa  681    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  66.23 
 
 		 545 aa  743    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  65.6 
 
 		 545 aa  710    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  63.98 
 
 		 533 aa  709    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  60.34 
 
 		 536 aa  640    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  59.2 
 
 		 536 aa  634  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  58.76 
 
 		 532 aa  620  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  59.77 
 
 		 531 aa  620  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  59.08 
 
 		 529 aa  603  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 508 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 508 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 504 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 508 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  38.06 
 
 		 489 aa  299  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 508 aa  293  5e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 551 aa  291  3e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 537 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 494 aa  286  8e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 494 aa  286  8e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 		 525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 517 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 515 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  34.82 
 
 		 502 aa  283  8.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 515 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  35.2 
 
 		 503 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 499 aa  281  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 510 aa  279  9e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 516 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 505 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 524 aa  274  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 532 aa  273  6e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 526 aa  271  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  32.05 
 
 		 504 aa  269  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 501 aa  269  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 515 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 493 aa  268  2e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  32.44 
 
 		 514 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.93 
 
 		 503 aa  267  2.9999999999999995e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  32.02 
 
 		 565 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 		 519 aa  267  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 520 aa  266  8.999999999999999e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 532 aa  265  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 505 aa  266  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 505 aa  265  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 525 aa  264  3e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 511 aa  264  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  31.64 
 
 		 528 aa  262  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 524 aa  262  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 515 aa  261  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.03 
 
 		 508 aa  260  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  34.37 
 
 		 518 aa  259  7e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 490 aa  259  7e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 		 509 aa  259  8e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 520 aa  258  1e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 		 579 aa  259  1e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 508 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 516 aa  257  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 517 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 517 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.58 
 
 		 529 aa  257  4e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 517 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4325  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.08 
 
 		 534 aa  255  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641194 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 511 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.01 
 
 		 530 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  33.66 
 
 		 513 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.95 
 
 		 518 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 517 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 		 526 aa  253  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 521 aa  253  7e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 518 aa  253  9.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 534 aa  252  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 520 aa  252  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.45 
 
 		 519 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 556 aa  251  3e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 556 aa  251  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 556 aa  251  3e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.99 
 
 		 527 aa  250  5e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 517 aa  249  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4612  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 511 aa  249  7e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.64 
 
 		 534 aa  249  9e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 508 aa  249  9e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.77 
 
 		 518 aa  248  1e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.83 
 
 		 570 aa  249  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.27 
 
 		 518 aa  248  2e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 		 521 aa  248  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.91 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 519 aa  248  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  32.69 
 
 		 518 aa  247  4e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 518 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.77 
 
 		 518 aa  247  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 518 aa  246  6.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 512 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 519 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  29.38 
 
 		 509 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  32.89 
 
 		 537 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  32.89 
 
 		 537 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>