More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1414 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1414  GntR domain-containing protein  100 
 
 
250 aa  504  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal  0.0932364 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4912  GntR domain-containing protein  71.56 
 
 
244 aa  311  9e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  56.8 
 
 
261 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0885  GntR family transcriptional regulator  55.65 
 
 
239 aa  257  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1414  GntR domain-containing protein  56.07 
 
 
241 aa  257  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  55.56 
 
 
261 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3082  GntR domain-containing protein  44.68 
 
 
241 aa  172  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0951451 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2131  GntR family transcriptional regulator  44.49 
 
 
247 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2718  GntR domain-containing protein  39.27 
 
 
252 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2590  GntR domain-containing protein  41.33 
 
 
234 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5052  transcriptional regulator  38.59 
 
 
242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.259786  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  37.67 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  37.13 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0434  GntR domain-containing protein  40.89 
 
 
287 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0144479  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  38.3 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  35.65 
 
 
229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0011  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000398907  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0123  regulatory protein GntR HTH  38.14 
 
 
261 aa  132  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
247 aa  131  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  34.65 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  41.08 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3667  GntR domain-containing protein  33.02 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0203377  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0894  GntR-like  30.74 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 
238 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  31.56 
 
 
238 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  36.87 
 
 
251 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2694  GntR domain-containing protein  42.56 
 
 
192 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3422  GntR domain protein  37.93 
 
 
244 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156381  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2054  GntR-like  42.56 
 
 
192 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
238 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000358345  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
238 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000185576  unclonable  0.0000207183 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2665  GntR domain-containing protein  42.56 
 
 
192 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
238 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000911573  hitchhiker  0.00000303995 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0632  GntR domain-containing protein  43.18 
 
 
222 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1092  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
238 aa  121  9e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.191594 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3302  GntR domain protein  42.22 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.826091 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1707  transcriptional regulator GntR  37.85 
 
 
237 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0401914  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3773  transcriptional regulator, GntR family  37.38 
 
 
237 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3228  GntR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
239 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.542599  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4271  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
230 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000161964  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  35.81 
 
 
244 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3974  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
230 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03641  predicted transcriptional regulator  34.63 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03586  hypothetical protein  34.63 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000443765  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4212  GntR domain protein  34.63 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974871  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4123  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000860554  normal  0.0423809 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5191  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000012685  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4239  GntR domain-containing protein  34.63 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  decreased coverage  0.00261992 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0657  GntR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
261 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.483285 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1682  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 
238 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.119908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4164  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 
230 aa  115  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1451  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 
238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1472  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 
238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3614  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.661468  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1667  GntR domain-containing protein  32.47 
 
 
248 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0248117 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5704  GntR domain protein  35.59 
 
 
254 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0046  GntR domain-containing protein  33.47 
 
 
235 aa  112  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49240  GntR family regulatory protein  35.81 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  35.43 
 
 
234 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
234 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  35.43 
 
 
234 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1760  GntR domain protein  35.78 
 
 
277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3616  GntR domain-containing protein  37.32 
 
 
252 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.760095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1327  GntR domain-containing protein  34.5 
 
 
246 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190888  normal  0.291118 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4692  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
238 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.468803  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4214  GntR domain-containing protein  34.42 
 
 
266 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.827392 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1070  GntR-like  33.64 
 
 
238 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1550  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 
238 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1526  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 
238 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.72314 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 
240 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3766  GntR domain protein  36.5 
 
 
251 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1284  GntR domain-containing protein  34.82 
 
 
274 aa  105  9e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0100582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1821  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746086  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1259  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.268862  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1974  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5993  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
192 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127437 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3478  GntR domain protein  36.5 
 
 
251 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.554366 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1016  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.181354  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2198  GntR domain protein  31.82 
 
 
241 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000682007 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3460  GntR domain-containing protein  35.35 
 
 
248 aa  104  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.612558  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1742  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0150  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
237 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0405244  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1725  GntR domain protein  33.18 
 
 
241 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2982  transcriptional regulator  32.7 
 
 
228 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5012  GntR domain protein  34.35 
 
 
239 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.474023  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1867  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
245 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  31.58 
 
 
229 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  31.58 
 
 
229 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2512  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
239 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.289571  normal  0.109373 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  31.58 
 
 
229 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4144  GntR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
238 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.278058  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2976  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
255 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3101  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
255 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.161645  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1325  GntR family regulatory protein  34.45 
 
 
379 aa  99.8  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.941808  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>