More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1388 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1388  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 		 112 aa  219  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258506  normal  0.939142 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1737  nitrogen regulatory protein P-II  98.21 
 
 		 112 aa  215  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0595912  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1921  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 		 112 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2376  nitrogen regulatory protein PII  96.43 
 
 		 112 aa  214  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0285666  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1545  nitrogen regulatory protein P-II  91.96 
 
 		 112 aa  202  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1005  nitrogen regulatory protein P-II  89.29 
 
 		 112 aa  201  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0971  nitrogen regulatory protein P-II  89.29 
 
 		 112 aa  201  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.650891  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2088  nitrogen regulatory protein P-II  89.29 
 
 		 112 aa  201  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3314  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2900  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0642579  normal  0.0916709 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4580  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  194  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.495708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3586  nitrogen regulatory protein P-II  84.82 
 
 		 112 aa  195  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0323305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2559  nitrogen regulatory protein P-II  84.82 
 
 		 112 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.32282  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2387  nitrogen regulatory protein P-II  83.93 
 
 		 112 aa  193  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.344208 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3243  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  193  7e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.669306  normal  0.422234 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5130  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  193  8.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.179689  normal  0.884639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2651  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  193  8.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.614169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2374  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  193  8.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.353669 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1903  nitrogen regulatory protein P-II  84.82 
 
 		 112 aa  192  9e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.88445  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2330  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 		 112 aa  192  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678822  normal  0.202545 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2233  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  83.93 
 
 		 112 aa  192  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0532084  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7409  nitrogen regulatory protein P-II  84.82 
 
 		 112 aa  191  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6587  nitrogen regulatory protein P-II  83.93 
 
 		 112 aa  190  6e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.490351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0428  nitrogen regulatory protein P-II  83.93 
 
 		 112 aa  189  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3058  nitrogen regulatory protein P-II  84.82 
 
 		 112 aa  184  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1331  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 		 112 aa  184  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.311288  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1217  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  182  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.967639 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2085  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  83.04 
 
 		 112 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1516  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  181  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0146  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220304  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1779  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 		 112 aa  180  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.903734 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2852  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 		 112 aa  180  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.287324  normal  0.0455746 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1345  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 		 112 aa  179  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.934318 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0969  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  177  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.916041  hitchhiker  0.000334887 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4832  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 		 112 aa  176  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0429  nitrogen regulatory protein P-II 1  77.68 
 
 		 112 aa  176  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.398049  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0591  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  176  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.307832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3314  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  175  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.258343  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4461  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  174  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3656  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0808  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0899844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0148  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0110  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  174  4e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0179377 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1680  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  174  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000892392  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1879  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  173  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000257329  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1836  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0259  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47790  Nitrogen regulatory protein P-II GlnK  74.11 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2346  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  75 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.235899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6030  nitrogen regulatory protein P-II 2  74.11 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1183  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000414961 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3078  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000004264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69810  nitrogen regulatory protein P-II 2  74.11 
 
 		 112 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.241854 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2137  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  171  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.573897  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2043  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.242523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0715  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  171  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630678  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1351  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  171  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000771293  hitchhiker  0.0000000000923382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0181  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.153981  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1760  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  171  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.654192  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0163  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.814781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0233  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0173  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  171  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000293377  normal  0.353092 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1481  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 		 112 aa  171  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.19711 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368327 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  170  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5234  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5143  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0238  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0928138  normal  0.898368 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0217  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531374  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0190  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5506  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.851812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1074  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3163  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.105283  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2237  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.694402  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5295  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4248  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 		 112 aa  170  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.415508  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0472  nitrogen regulatory protein P-II  75 
 
 		 112 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0232  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  170  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312248  normal  0.530475 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0234  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  170  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000834653  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  74.11 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1118  nitrogen regulatory protein P-II  78.3 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4397  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.467345 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2513  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  169  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00284343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1089  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.101953  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1291  nitrogen regulatory protein P-II  75.7 
 
 		 112 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.230659 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03567  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 114 aa  169  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.918332  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2357  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3942  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0218  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.601689  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0171  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  168  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.138781  normal  0.605066 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1123  nitrogen regulatory protein P-II  71.43 
 
 		 112 aa  168  3e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.727128  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1838  putative nitrogen regulation protein PII  79.46 
 
 		 112 aa  168  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  73.21 
 
 		 112 aa  168  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1885  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  74.77 
 
 		 112 aa  168  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.614675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3395  nitrogen regulatory protein P-II  78.3 
 
 		 112 aa  167  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4381  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 117 aa  168  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.647425  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4404  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 		 117 aa  168  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.795902  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0472  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 		 112 aa  167  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0782781  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2168  nitrogen regulatory protein P-II  77.36 
 
 		 112 aa  167  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000216085  hitchhiker  0.000000791345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>