140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1336 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  100 
 
 		 417 aa  868    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  45.05 
 
 		 409 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  43.34 
 
 		 408 aa  331  1e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  33.94 
 
 		 413 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  34.2 
 
 		 413 aa  227  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  33.94 
 
 		 413 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  33.11 
 
 		 444 aa  207  3e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  34.83 
 
 		 420 aa  206  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  35.64 
 
 		 440 aa  204  2e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  32.37 
 
 		 424 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  32.04 
 
 		 421 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  34.7 
 
 		 416 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  35.47 
 
 		 414 aa  194  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  35.47 
 
 		 414 aa  193  6e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  33.5 
 
 		 434 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  31.82 
 
 		 524 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  30.14 
 
 		 416 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  29.97 
 
 		 434 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  29.9 
 
 		 416 aa  180  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  33.61 
 
 		 434 aa  178  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  30.39 
 
 		 384 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  32.07 
 
 		 407 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  30.87 
 
 		 431 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  31.7 
 
 		 412 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  30.87 
 
 		 444 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  31.05 
 
 		 423 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  30.67 
 
 		 408 aa  162  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  33.5 
 
 		 420 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  31.02 
 
 		 414 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  29.74 
 
 		 426 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  29.82 
 
 		 407 aa  159  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  30.3 
 
 		 401 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  29.92 
 
 		 411 aa  157  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  30.93 
 
 		 425 aa  156  8e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  30.93 
 
 		 425 aa  156  8e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  30.93 
 
 		 425 aa  156  8e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  31.19 
 
 		 398 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  29 
 
 		 432 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  30.38 
 
 		 408 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  29.19 
 
 		 445 aa  150  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  26.23 
 
 		 390 aa  148  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  29 
 
 		 434 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  28.8 
 
 		 445 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  29.1 
 
 		 429 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  28.06 
 
 		 389 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  28.8 
 
 		 445 aa  147  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  29.6 
 
 		 473 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  30.03 
 
 		 417 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  27.44 
 
 		 411 aa  144  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  30.42 
 
 		 416 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  27.62 
 
 		 404 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  27.99 
 
 		 544 aa  139  6e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  26.98 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  27.75 
 
 		 436 aa  138  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  29.52 
 
 		 428 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  28.75 
 
 		 395 aa  131  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  28.32 
 
 		 408 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  27.42 
 
 		 412 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  26.54 
 
 		 409 aa  127  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  26.72 
 
 		 404 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  24.93 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  29.41 
 
 		 428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  28.33 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  24.33 
 
 		 460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  28.14 
 
 		 392 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  33.79 
 
 		 225 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  27.37 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  23.85 
 
 		 429 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  27.48 
 
 		 455 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  26.23 
 
 		 407 aa  110  6e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  24.46 
 
 		 406 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  25.33 
 
 		 406 aa  107  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  27.59 
 
 		 397 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  24.55 
 
 		 436 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  24.55 
 
 		 436 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  26.05 
 
 		 417 aa  102  9e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  25.82 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  27.12 
 
 		 859 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  27.12 
 
 		 833 aa  99  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4093  hypothetical protein  28.06 
 
 		 389 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  27.55 
 
 		 833 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  26.58 
 
 		 447 aa  98.2  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3805  hypothetical protein  28.06 
 
 		 404 aa  98.2  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2688  phage portal protein, HK97 family  26.33 
 
 		 464 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.912505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  25.33 
 
 		 454 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  25.33 
 
 		 454 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  26.74 
 
 		 542 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1648  hypothetical protein  25.72 
 
 		 422 aa  94.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117092  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  22.52 
 
 		 413 aa  92.4  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  26.55 
 
 		 441 aa  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  25.27 
 
 		 455 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1772  HK97 family phage portal protein  25.9 
 
 		 451 aa  89.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  25.27 
 
 		 457 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1968  hypothetical protein  25.32 
 
 		 435 aa  88.2  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2959  phage portal protein, HK97 family  24.23 
 
 		 415 aa  86.7  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  27.06 
 
 		 392 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  26.1 
 
 		 437 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3916  HK97 family phage portal protein  25.6 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0348958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3150  HK97 family phage portal protein  24.21 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273725  normal  0.0302627 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  27.06 
 
 		 399 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.334021 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>