More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1242 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1242  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
328 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.270703  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1642  Lytic transglycosylase catalytic  56.68 
 
 
318 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.517952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  61.31 
 
 
318 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0809  lytic transglycosylase, catalytic  47.13 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1423  lytic transglycosylase, catalytic  43.89 
 
 
380 aa  192  7e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.371346  normal  0.777047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2453  lytic transglycosylase, catalytic  43.75 
 
 
313 aa  191  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  44.06 
 
 
343 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2399  lytic transglycosylase, catalytic  44.15 
 
 
330 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.537476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  41.44 
 
 
321 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3051  lytic transglycosylase, catalytic  40.85 
 
 
347 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3321  lytic transglycosylase, catalytic  43.51 
 
 
341 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4762  hypothetical protein  42.86 
 
 
359 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1822  Lytic transglycosylase catalytic  38.41 
 
 
307 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1931  lytic transglycosylase catalytic  37.89 
 
 
328 aa  176  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.338077  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2207  Lytic transglycosylase catalytic  37.72 
 
 
328 aa  176  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1512  lytic transglycosylase, catalytic  42.64 
 
 
286 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219216  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5136  Lytic transglycosylase catalytic  39.39 
 
 
291 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4519  lytic transglycosylase catalytic  39.62 
 
 
291 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.821488 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0812  lytic transglycosylase catalytic  37.54 
 
 
318 aa  159  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1651  lytic transglycosylase catalytic  41.2 
 
 
299 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0165  lytic transglycosylase catalytic  35.94 
 
 
363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0083  lytic transglycosylase catalytic  54.69 
 
 
363 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928607  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1908  lytic transglycosylase catalytic  45.45 
 
 
340 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5561  lytic transglycosylase catalytic  49.26 
 
 
340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8692  Lytic transglycosylase catalytic  47.73 
 
 
340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570522  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2102  Lytic transglycosylase catalytic  50.78 
 
 
239 aa  116  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.67123  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2733  lytic transglycosylase, catalytic  44.67 
 
 
246 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.187494  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3004  lytic transglycosylase catalytic  49.21 
 
 
278 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1463  transglycosylase  41.87 
 
 
262 aa  108  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0029  Lytic transglycosylase catalytic  48.41 
 
 
276 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240678  normal  0.132165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1277  Lytic transglycosylase catalytic  50.4 
 
 
264 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  36.69 
 
 
271 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  39.02 
 
 
206 aa  76.6  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  41.07 
 
 
241 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  31.32 
 
 
208 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  36.96 
 
 
1160 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  38.89 
 
 
218 aa  74.7  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  38.89 
 
 
218 aa  74.3  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  37.93 
 
 
278 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  41.41 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  37.19 
 
 
204 aa  71.6  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 
207 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  40.4 
 
 
198 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  36.36 
 
 
362 aa  70.1  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  43.62 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  36.75 
 
 
251 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  36.75 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  40.37 
 
 
325 aa  69.7  0.00000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  33.9 
 
 
280 aa  69.7  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  35 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  41.49 
 
 
297 aa  68.9  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  35.25 
 
 
196 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  41.49 
 
 
297 aa  68.9  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  39.39 
 
 
211 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  35.25 
 
 
442 aa  68.6  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  31.9 
 
 
204 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  37.07 
 
 
217 aa  68.2  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  33.73 
 
 
258 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  37.74 
 
 
208 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  35.71 
 
 
438 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  30 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  40.37 
 
 
215 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  38.38 
 
 
196 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4537  peptidase M15B and M15C DD-carboxypeptidase VanY/endolysin  52.24 
 
 
448 aa  67.4  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  33.88 
 
 
242 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  41.24 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0512  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
154 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.318275 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  40.57 
 
 
199 aa  67  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  36.75 
 
 
203 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  32.28 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  41.49 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  33.04 
 
 
291 aa  66.6  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  35.34 
 
 
261 aa  66.2  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  30.54 
 
 
204 aa  66.2  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  34.29 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  35.29 
 
 
247 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  38.74 
 
 
245 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  37 
 
 
273 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  30.54 
 
 
204 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  38 
 
 
318 aa  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  36.5 
 
 
223 aa  65.5  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  37 
 
 
305 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  34.78 
 
 
191 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  27.75 
 
 
329 aa  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  33.78 
 
 
174 aa  65.5  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  35 
 
 
158 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  37.19 
 
 
244 aa  65.1  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 
189 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  37.96 
 
 
368 aa  64.7  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  36.94 
 
 
218 aa  65.1  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  36.99 
 
 
242 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  37.16 
 
 
265 aa  64.3  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  34.71 
 
 
362 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  34.48 
 
 
155 aa  63.9  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.08 
 
 
217 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  39.02 
 
 
268 aa  63.5  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.62 
 
 
226 aa  63.2  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  34.44 
 
 
310 aa  63.2  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  39.67 
 
 
233 aa  62.8  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>