More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1174 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.47 
 
 		 846 aa  734    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  52.1 
 
 		 856 aa  837    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.06 
 
 		 846 aa  749    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.92 
 
 		 856 aa  762    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  100 
 
 		 858 aa  1682    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.12 
 
 		 839 aa  547  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.48 
 
 		 853 aa  543  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.98 
 
 		 849 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.1 
 
 		 845 aa  538  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.02 
 
 		 844 aa  537  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39 
 
 		 844 aa  528  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.74 
 
 		 848 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.54 
 
 		 844 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.58 
 
 		 834 aa  498  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.22 
 
 		 785 aa  488  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.22 
 
 		 785 aa  488  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.25 
 
 		 759 aa  488  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  34.24 
 
 		 843 aa  444  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  43.1 
 
 		 535 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  44.61 
 
 		 535 aa  424  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  43.66 
 
 		 533 aa  422  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  43.28 
 
 		 533 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  41.23 
 
 		 532 aa  409  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  41.23 
 
 		 533 aa  409  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  41.53 
 
 		 534 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  41.98 
 
 		 533 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  41.98 
 
 		 533 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  41.28 
 
 		 534 aa  363  8e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  39.71 
 
 		 532 aa  362  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  41.47 
 
 		 534 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  40.99 
 
 		 531 aa  357  7.999999999999999e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  40.84 
 
 		 533 aa  353  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  39.56 
 
 		 534 aa  351  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  40.18 
 
 		 532 aa  348  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  40.18 
 
 		 532 aa  347  4e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  38.85 
 
 		 556 aa  341  2.9999999999999998e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  38.26 
 
 		 535 aa  337  3.9999999999999995e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  37.79 
 
 		 554 aa  332  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  37.19 
 
 		 554 aa  332  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  36.54 
 
 		 554 aa  323  7e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  36.93 
 
 		 554 aa  323  8e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  36.93 
 
 		 554 aa  323  8e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  36.23 
 
 		 531 aa  318  3e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  36.58 
 
 		 554 aa  314  4.999999999999999e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  36.64 
 
 		 1001 aa  310  5.9999999999999995e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.16 
 
 		 995 aa  307  5.0000000000000004e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.59 
 
 		 762 aa  306  1.0000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  33.24 
 
 		 759 aa  305  2.0000000000000002e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  35.93 
 
 		 537 aa  305  3.0000000000000004e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  35.81 
 
 		 532 aa  303  6.000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.91 
 
 		 995 aa  301  4e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  31.14 
 
 		 849 aa  298  2e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  33.95 
 
 		 1029 aa  296  1e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.06 
 
 		 991 aa  295  2e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  33.14 
 
 		 740 aa  291  3e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  35.16 
 
 		 632 aa  288  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  35.16 
 
 		 632 aa  289  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  33.46 
 
 		 525 aa  285  3.0000000000000004e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.87 
 
 		 996 aa  283  7.000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  30.9 
 
 		 735 aa  283  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  32.91 
 
 		 989 aa  276  1.0000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.1 
 
 		 1055 aa  276  2.0000000000000002e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  34.56 
 
 		 632 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4405  preprotein translocase subunit SecF  48.52 
 
 		 335 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0338927  normal  0.256135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3171  preprotein translocase subunit SecF  49.34 
 
 		 372 aa  274  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  32.64 
 
 		 530 aa  274  6e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  31.73 
 
 		 532 aa  272  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  42.9 
 
 		 319 aa  271  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2775  preprotein translocase subunit SecF  48.67 
 
 		 334 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.33037 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  31.9 
 
 		 532 aa  270  8.999999999999999e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  31.96 
 
 		 761 aa  268  2e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1768  preprotein translocase subunit SecF  47.56 
 
 		 352 aa  267  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148605  normal  0.0118701 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.33 
 
 		 990 aa  266  1e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  44.23 
 
 		 357 aa  265  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  45.48 
 
 		 318 aa  263  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  35.95 
 
 		 636 aa  263  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2776  preprotein translocase subunit SecF  47.23 
 
 		 369 aa  262  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.686561  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2731  preprotein translocase subunit SecF  47.4 
 
 		 367 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.447806  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  33.39 
 
 		 524 aa  261  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  34.24 
 
 		 640 aa  260  6e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  33.46 
 
 		 533 aa  261  6e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  33.93 
 
 		 625 aa  260  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.1 
 
 		 756 aa  257  8e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  48.04 
 
 		 316 aa  257  8e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  33.33 
 
 		 551 aa  256  9e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  31.3 
 
 		 533 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  30.25 
 
 		 748 aa  254  3e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  33.64 
 
 		 793 aa  255  3e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  32.47 
 
 		 531 aa  254  5.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  35.15 
 
 		 621 aa  254  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.64 
 
 		 981 aa  253  9.000000000000001e-66  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  33.83 
 
 		 530 aa  252  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0733  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.3 
 
 		 1400 aa  250  9e-65  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27 
 
 		 750 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  31.6 
 
 		 991 aa  249  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  32.89 
 
 		 532 aa  248  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  30.6 
 
 		 534 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  32.41 
 
 		 621 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  30.54 
 
 		 530 aa  245  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1800  preprotein translocase subunit SecF  46.41 
 
 		 340 aa  244  5e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0690803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>