More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1151 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04124  valyl-tRNA synthetase  48.56 
 
 
951 aa  895    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3739  valyl-tRNA synthetase  48.46 
 
 
951 aa  896    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0430  valyl-tRNA synthetase  42.51 
 
 
880 aa  727    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.029099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2045  valyl-tRNA synthetase  50.26 
 
 
887 aa  853    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0977  valyl-tRNA synthetase  48.35 
 
 
948 aa  892    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1364  valyl-tRNA synthetase  42.8 
 
 
909 aa  720    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1228  valyl-tRNA synthetase  41.85 
 
 
876 aa  723    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0887446  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2097  valyl-tRNA synthetase  47.44 
 
 
921 aa  871    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.694852  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2236  valyl-tRNA synthetase  43.74 
 
 
968 aa  759    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4549  valyl-tRNA synthetase  44.69 
 
 
881 aa  780    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0738  valyl-tRNA synthetase  46.15 
 
 
973 aa  880    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0445  valyl-tRNA synthetase  42.15 
 
 
883 aa  738    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.262089  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0948  valyl-tRNA synthetase  68.95 
 
 
910 aa  1260    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3424  valyl-tRNA synthetase  47.2 
 
 
958 aa  895    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1268  valyl-tRNA synthetase  48.08 
 
 
948 aa  889    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4355  valyl-tRNA synthetase  44.48 
 
 
881 aa  775    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4191  valyl-tRNA synthetase  44.37 
 
 
881 aa  775    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4202  valyl-tRNA synthetase  44.69 
 
 
881 aa  780    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0927  valyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
955 aa  802    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0785  valyl-tRNA synthetase  45.71 
 
 
921 aa  863    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0756  valyl-tRNA synthetase  45.82 
 
 
921 aa  864    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1086  valyl-tRNA synthetase  47.63 
 
 
948 aa  890    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1850  valyl-tRNA synthetase  44.23 
 
 
984 aa  809    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546477  normal  0.957317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3085  valyl-tRNA synthetase  44.15 
 
 
943 aa  791    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.405108 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1281  valyl-tRNA synthetase  44.08 
 
 
933 aa  755    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.202707  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0863  valyl-tRNA synthetase  44.64 
 
 
955 aa  778    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0577  valyl-tRNA synthetase  45.54 
 
 
912 aa  809    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113426  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1436  valyl-tRNA synthetase  60.84 
 
 
952 aa  1171    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.571959  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2982  valyl-tRNA synthetase  47.13 
 
 
1002 aa  756    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1846  valyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
955 aa  801    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344373  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1091  valyl-tRNA synthetase  47.47 
 
 
929 aa  871    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0986  valyl-tRNA synthetase  47.62 
 
 
948 aa  890    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1989  valyl-tRNA synthetase  54.29 
 
 
987 aa  1032    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2315  valyl-tRNA synthetase  48.32 
 
 
885 aa  859    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169749  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4585  valyl-tRNA synthetase  43.9 
 
 
955 aa  811    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0386  valyl-tRNA synthetase  40.98 
 
 
901 aa  679    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.673451 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2213  valyl-tRNA synthetase  45.44 
 
 
925 aa  756    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.198562  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2558  valyl-tRNA synthetase  45 
 
 
914 aa  756    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0956  valyl-tRNA synthetase  51.1 
 
 
887 aa  874    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2839  valyl-tRNA synthetase  46.05 
 
 
883 aa  796    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1503  valyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 
924 aa  872    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000330515  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4690  valyl-tRNA synthetase  44.48 
 
 
881 aa  775    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1775  valyl-tRNA synthetase  41.1 
 
 
918 aa  729    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.651419  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0587  valyl-tRNA synthetase  44.35 
 
 
909 aa  788    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0235992  normal  0.435222 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0742  valyl-tRNA synthetase  46.45 
 
 
926 aa  834    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.279651  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1796  valyl-tRNA synthetase  56.06 
 
 
879 aa  1020    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0532  valyl-tRNA synthetase  44.34 
 
 
880 aa  786    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000120164  normal  0.643444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2633  valyl-tRNA synthetase  44.06 
 
 
955 aa  801    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2390  valyl-tRNA synthetase  47.37 
 
 
1052 aa  799    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2892  valyl-tRNA synthetase  63.24 
 
 
972 aa  1201    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2846  valyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 
904 aa  923    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3477  valyl-tRNA synthetase  48.42 
 
 
1029 aa  939    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0964875  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2376  valyl-tRNA synthetase  43.79 
 
 
990 aa  789    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.171381  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1369  valyl-tRNA synthetase  44.82 
 
 
922 aa  806    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2570  valyl-tRNA synthetase  62.33 
 
 
952 aa  1177    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.252314  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0091  valyl-tRNA synthetase  44.59 
 
 
943 aa  796    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3721  valyl-tRNA synthetase  42.41 
 
 
973 aa  773    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0971795  normal  0.563267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1335  valyl-tRNA synthetase  44.3 
 
 
959 aa  801    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754534  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2867  valyl-tRNA synthetase  45.7 
 
 
968 aa  866    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2579  valyl-tRNA synthetase  63.35 
 
 
968 aa  1202    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0215604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2922  valyl-tRNA synthetase  45.74 
 
 
947 aa  837    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.611801  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1828  valyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
954 aa  1172    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2138  valyl-tRNA synthetase  44.31 
 
 
984 aa  813    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.571055  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2630  valyl-tRNA synthetase  43.69 
 
 
955 aa  769    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00324916  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0285  valyl-tRNA synthetase  43.63 
 
 
957 aa  817    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.147472  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0132  valyl-tRNA synthetase  41.66 
 
 
929 aa  709    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0431753 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1951  valyl-tRNA synthetase  40.92 
 
 
925 aa  674    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1706  valyl-tRNA synthetase  49.47 
 
 
1031 aa  942    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.987588 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0932  valyl-tRNA synthetase  50.3 
 
 
931 aa  905    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.919072  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0959  valyl-tRNA synthetase  43.64 
 
 
955 aa  796    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3558  valyl-tRNA synthetase  44.52 
 
 
883 aa  717    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.462597  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3564  valyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 
921 aa  872    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1571  valyl-tRNA synthetase  72.64 
 
 
926 aa  1405    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2175  valyl-tRNA synthetase  43.17 
 
 
880 aa  740    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1886  valyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 
880 aa  744    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1259  valyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 
948 aa  853    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3441  valyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 
911 aa  791    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1130  valyl-tRNA synthetase  47 
 
 
958 aa  895    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1201  valyl-tRNA synthetase  47 
 
 
958 aa  895    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.418789  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0555  valyl-tRNA synthetase  47.31 
 
 
917 aa  877    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00036551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0916  valyl-tRNA synthetase  45.34 
 
 
968 aa  862    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.276486  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1649  valyl-tRNA synthetase  42.42 
 
 
883 aa  724    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1928  valyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 
893 aa  1050    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1321  valyl-tRNA synthetase  43.85 
 
 
955 aa  799    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14440  valyl-tRNA synthetase  47.43 
 
 
950 aa  875    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2479  valyl-tRNA synthetase  42.6 
 
 
880 aa  733    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225877  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1392  valyl-tRNA synthetase  40.94 
 
 
902 aa  706    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0390871  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1219  valyl-tRNA synthetase  41.8 
 
 
879 aa  723    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0322  valyl-tRNA synthetase  41.51 
 
 
894 aa  711    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0513  valyl-tRNA synthetase  42.8 
 
 
883 aa  741    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1441  valyl-tRNA synthetase  43.64 
 
 
955 aa  796    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.215769  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0192  valyl-tRNA synthetase  47.3 
 
 
892 aa  841    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.209132  normal  0.584595 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1474  valyl-tRNA synthetase  50 
 
 
929 aa  924    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0304029  normal  0.195737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1131  valyl-tRNA synthetase  46.9 
 
 
958 aa  892    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00349082  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0741  valyl-tRNA synthetase  44.54 
 
 
888 aa  721    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0469934  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1580  valyl-tRNA synthetase  49.06 
 
 
886 aa  872    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2029  valyl-tRNA synthetase  40.74 
 
 
904 aa  675    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2331  valyl-tRNA synthetase  49.19 
 
 
1030 aa  904    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.748917  normal  0.908682 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0790  valyl-tRNA synthetase  47.45 
 
 
953 aa  903    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3631  valyl-tRNA synthetase  44.52 
 
 
883 aa  717    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0657894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>