More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1127 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
267 aa  522  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  75.1 
 
 
250 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.36 
 
 
280 aa  318  7.999999999999999e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
256 aa  222  4.9999999999999996e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4060  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.09 
 
 
256 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5517  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
256 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.16627  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21990  ABC transporter, inner membrane permease component  42.73 
 
 
273 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.23 
 
 
271 aa  169  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
277 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  41.95 
 
 
274 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
274 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  41.95 
 
 
274 aa  159  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  41.46 
 
 
274 aa  158  7e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  39.92 
 
 
279 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
264 aa  156  3e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
273 aa  156  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.97 
 
 
279 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
273 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
273 aa  155  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
273 aa  155  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
287 aa  152  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773955  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
288 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
279 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
289 aa  152  8e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 
277 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  38.4 
 
 
284 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  38.4 
 
 
284 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  38.4 
 
 
284 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 
277 aa  149  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.854714  normal  0.909107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
279 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
279 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.27 
 
 
252 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  34.78 
 
 
272 aa  148  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
285 aa  148  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0735  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  34.07 
 
 
273 aa  148  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.714635  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
253 aa  148  9e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.338733  normal  0.193625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.208956  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  37.73 
 
 
283 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  37.73 
 
 
253 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  37.73 
 
 
283 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  37.73 
 
 
253 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
295 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0466  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.15 
 
 
262 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  37.73 
 
 
285 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2218  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
290 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.484673 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  37.73 
 
 
283 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  36.02 
 
 
272 aa  143  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
264 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
264 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
281 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6545  ABC transporter permease  34.83 
 
 
269 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.276106 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
298 aa  143  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.30367  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  38.71 
 
 
275 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00321  hypothetical protein  38.71 
 
 
275 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  37.16 
 
 
252 aa  142  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  38.71 
 
 
275 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  37.87 
 
 
283 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
305 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
273 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
257 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  0.0991744 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  40.5 
 
 
273 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1692  putative ABC transporter membrane protein  36.41 
 
 
281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00465779  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  39.35 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
254 aa  139  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0391  taurine transporter subunit  36.33 
 
 
275 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3240  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0442  taurine transporter subunit  36.33 
 
 
275 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.44 
 
 
276 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.374556  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
259 aa  139  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
265 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.68 
 
 
266 aa  138  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
283 aa  139  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  34.7 
 
 
280 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
259 aa  138  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.832577  normal  0.34867 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
269 aa  138  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
269 aa  138  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
254 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
319 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
265 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
269 aa  137  1e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  38.78 
 
 
269 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.05 
 
 
261 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  38.07 
 
 
272 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
275 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0877464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0431  taurine transporter subunit  35.96 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.0607956 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0280  taurine transporter subunit  35.96 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18130  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  36.28 
 
 
283 aa  136  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
264 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6360  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  32.68 
 
 
267 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.821284  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>