207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1056 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1056  nitroreductase  100 
 
 
195 aa  396  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.545888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1843  nitroreductase  71.2 
 
 
194 aa  284  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.32071  normal  0.0306824 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2042  nitroreductase  69.07 
 
 
194 aa  284  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258273  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2220  nitroreductase family protein  63.92 
 
 
194 aa  274  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605376  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0266  nitroreductase  54.64 
 
 
187 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2674  nitroreductase  51.55 
 
 
194 aa  210  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1818  nitroreductase  52.75 
 
 
208 aa  194  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1061  nitroreductase  53.59 
 
 
208 aa  194  6e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.425769  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6294  nitroreductase  53.01 
 
 
187 aa  193  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167962  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2271  nitroreductase  54.64 
 
 
194 aa  188  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800886  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2152  nitroreductase  50.55 
 
 
195 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0450  nitroreductase  48.35 
 
 
187 aa  185  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.58966 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2317  nitroreductase  53.59 
 
 
197 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.844939  normal  0.193364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3262  nitroreductase  47.59 
 
 
191 aa  185  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.0279896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2592  nitroreductase  53.04 
 
 
195 aa  184  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1495  hypothetical protein  46.45 
 
 
187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0669321 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2036  nitroreductase  45.36 
 
 
187 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378927  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_004310  BR1069  nitroreductase family protein  49.45 
 
 
194 aa  181  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.600572  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1668  nitroreductase  45.6 
 
 
187 aa  179  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145589  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1033  nitroreductase family protein  48.9 
 
 
194 aa  178  4.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.680081  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3123  nitroreductase  50 
 
 
187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7206  nitroreductase  53.59 
 
 
187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347325  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3888  nitroreductase  50.3 
 
 
169 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3754  nitroreductase  44.92 
 
 
205 aa  169  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.951056  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2163  nitroreductase  49.7 
 
 
169 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0519328 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1635  nitroreductase  52.49 
 
 
187 aa  162  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.191312  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5206  hypothetical protein  42.54 
 
 
187 aa  162  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1011  nitroreductase  41.76 
 
 
212 aa  160  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0191  nitroreductase  46.63 
 
 
217 aa  157  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.104049  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0968  hypothetical protein  41.24 
 
 
191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0850  nitroreductase  41.24 
 
 
191 aa  150  8e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.811499  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0698  nitroreductase  46.24 
 
 
193 aa  148  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1800  nitroreductase  43.55 
 
 
208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0077  nitroreductase  43.96 
 
 
196 aa  145  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0953  nitroreductase  41.21 
 
 
193 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04578  nitroreductase family  44.51 
 
 
191 aa  140  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2466  nitroreductase  43.39 
 
 
192 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.294476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0809  hypothetical protein  43.39 
 
 
192 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3161  nitroreductase  40 
 
 
195 aa  132  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.497099  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2627  hypothetical protein  42.33 
 
 
216 aa  129  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.632412  normal  0.0266361 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0371  nitroreductase  40.43 
 
 
192 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.767422  normal  0.408673 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7221  nitroreductase  38.51 
 
 
221 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1763  nitroreductase  33.68 
 
 
190 aa  120  8e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0695  nitroreductase  42.55 
 
 
192 aa  114  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.264494  normal  0.0160033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4012  nitroreductase  33.51 
 
 
185 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147997  hitchhiker  0.000154736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1405  nitroreductase  33.51 
 
 
185 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000113316  normal  0.729658 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4506  nitroreductase  33.51 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3795  nitroreductase  34.04 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000177685 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2175  nitroreductase  43.09 
 
 
188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1923  nitroreductase family protein  33.51 
 
 
207 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1891  nitroreductase  34.94 
 
 
182 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2494  nitroreductase  33.88 
 
 
182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.838709  hitchhiker  0.00693244 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1682  hypothetical protein  38.65 
 
 
183 aa  108  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.5074  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2374  nitroreductase  33.33 
 
 
182 aa  108  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.611093  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2304  nitroreductase  33.33 
 
 
182 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0131618  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1802  nitroreductase family protein  32.45 
 
 
186 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649607  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3592  nitroreductase  31.91 
 
 
186 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0449801  normal  0.683239 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2020  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  104  9e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242439  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01734  predicted oxidoreductase  36.2 
 
 
183 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00353733  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1877  nitroreductase  36.2 
 
 
183 aa  104  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000380394  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1849  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  104  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000672951  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2708  nitroreductase family protein  36.14 
 
 
182 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1988  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00470911  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2485  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175131  normal  0.297695 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01722  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  104  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00796019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2478  nitroreductase  31.69 
 
 
182 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.981358  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1867  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  104  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0147803  decreased coverage  0.00000404862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1808  nitroreductase  31.69 
 
 
182 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1828  nitroreductase  34.05 
 
 
186 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1783  nitroreductase family protein  33.87 
 
 
207 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2050  nitroreductase family protein  33.87 
 
 
207 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1847  nitroreductase  31.69 
 
 
182 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0775  nitroreductase family protein  33.87 
 
 
207 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1833  nitroreductase  37.43 
 
 
182 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0967243  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1068  nitroreductase family protein  33.87 
 
 
207 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0671  nitroreductase family protein  33.87 
 
 
207 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2043  nitroreductase family protein  33.87 
 
 
207 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.144976  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1618  nitroreductase  33.51 
 
 
195 aa  102  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1354  nitroreductase  35.33 
 
 
186 aa  102  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000836569  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1426  hypothetical protein  35.58 
 
 
183 aa  102  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00297236  normal  0.808801 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1407  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0175478  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002916  protein ydjA  32.97 
 
 
182 aa  102  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1423  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.566409 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0762  nitroreductase family protein  33.33 
 
 
207 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2050  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.658191  normal  0.425687 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1879  hypothetical protein  37.72 
 
 
183 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000572902  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1665  nitroreductase  31.15 
 
 
182 aa  101  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2747  nitroreductase  35.58 
 
 
182 aa  101  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1390  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  101  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.184229  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1800  nitroreductase  31.15 
 
 
182 aa  101  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.493936  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0566  hypothetical protein  33.33 
 
 
182 aa  101  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.121072  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1095  nitroreductase  31.32 
 
 
219 aa  100  1e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.42931 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22710  hypothetical protein  37.25 
 
 
186 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4233  nitroreductase  31.91 
 
 
209 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.064349  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0173  nitroreductase  32.28 
 
 
191 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000256246 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1740  nitroreductase  32.07 
 
 
182 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3921  nitroreductase  33.33 
 
 
300 aa  99.4  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159011  normal  0.0804264 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2315  nitroreductase  36.2 
 
 
182 aa  99.4  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1919  hypothetical protein  36.6 
 
 
186 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2199  nitroreductase  32.43 
 
 
188 aa  99  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>