More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1037 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1862  L-serine dehydratase 1  85.87 
 
 		 467 aa  801    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0904594  normal  0.063682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2016  L-serine dehydratase 1  73.66 
 
 		 467 aa  691    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2612  L-serine dehydratase  80.94 
 
 		 467 aa  758    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0138144  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1175  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  75.16 
 
 		 467 aa  687    Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000212512  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2062  L-serine dehydratase 1  84.8 
 
 		 467 aa  798    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1367  L-serine ammonia-lyase  75.11 
 
 		 466 aa  698    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1037  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 466 aa  962    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1134  L-serine ammonia-lyase  75.16 
 
 		 467 aa  687    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000711201  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4265  L-serine ammonia-lyase  63.73 
 
 		 460 aa  591  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0316  L-serine ammonia-lyase  62.37 
 
 		 470 aa  571  1e-161  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1962  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  63.3 
 
 		 457 aa  569  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5008  L-serine dehydratase  64.33 
 
 		 470 aa  570  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.941789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0361  L-serine ammonia-lyase  63.09 
 
 		 459 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.739457  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8589  L-serine dehydratase 1  65.24 
 
 		 458 aa  556  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2005  L-serine dehydratase 1  62.88 
 
 		 459 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.233439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4132  L-serine dehydratase 1  62.23 
 
 		 460 aa  543  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465086  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0881  L-serine dehydratase 1  62.66 
 
 		 459 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  54.18 
 
 		 460 aa  509  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  54.74 
 
 		 473 aa  505  9.999999999999999e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  54.3 
 
 		 470 aa  501  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  53.22 
 
 		 468 aa  496  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  54.7 
 
 		 459 aa  492  9.999999999999999e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  53.65 
 
 		 458 aa  492  9.999999999999999e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  54.39 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  53.43 
 
 		 455 aa  489  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  54.09 
 
 		 467 aa  489  1e-137  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  54.39 
 
 		 462 aa  486  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  52.99 
 
 		 464 aa  485  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  53.33 
 
 		 457 aa  486  1e-136  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  53.43 
 
 		 458 aa  485  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3740  L-serine dehydratase 1  56.13 
 
 		 453 aa  485  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  54.39 
 
 		 462 aa  486  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  53.42 
 
 		 463 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  53 
 
 		 469 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0871  L-serine dehydratase 1  58.06 
 
 		 448 aa  483  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  52.35 
 
 		 463 aa  483  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  53.21 
 
 		 458 aa  481  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0819  L-serine dehydratase 1  54.94 
 
 		 452 aa  483  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101463  normal  0.657436 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  51.5 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  50.64 
 
 		 458 aa  482  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  53.6 
 
 		 460 aa  482  1e-135  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  53.43 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  52.79 
 
 		 458 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  55.13 
 
 		 457 aa  478  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  51.72 
 
 		 458 aa  481  1e-134  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  52.81 
 
 		 475 aa  479  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  53.3 
 
 		 462 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  51.83 
 
 		 458 aa  478  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  51.07 
 
 		 458 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  51.07 
 
 		 458 aa  478  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  51.07 
 
 		 458 aa  477  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  52.58 
 
 		 458 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  53.28 
 
 		 462 aa  475  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  50.43 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  53.86 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  50.64 
 
 		 458 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  50.21 
 
 		 458 aa  471  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  52.46 
 
 		 457 aa  471  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  52.58 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  49.79 
 
 		 458 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  52.36 
 
 		 458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  49.79 
 
 		 458 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3995  L-serine dehydratase 1  56.34 
 
 		 452 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.344017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  51.66 
 
 		 475 aa  471  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3389  L-serine dehydratase 1  55.17 
 
 		 448 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4035  L-serine dehydratase 1  56.56 
 
 		 453 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.218631 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  50.64 
 
 		 458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  49.79 
 
 		 458 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  51.07 
 
 		 458 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  52.14 
 
 		 458 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  49.79 
 
 		 458 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  52.46 
 
 		 458 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3280  L-serine dehydratase 1  51.18 
 
 		 460 aa  467  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.984034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  52.42 
 
 		 464 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  51.16 
 
 		 458 aa  467  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  51.05 
 
 		 458 aa  468  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  52.51 
 
 		 472 aa  468  9.999999999999999e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2483  L-serine dehydratase 1  55.91 
 
 		 450 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.743605 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  49.25 
 
 		 457 aa  467  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  52.75 
 
 		 490 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  50.53 
 
 		 458 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  52.33 
 
 		 504 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  52.54 
 
 		 504 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  52.54 
 
 		 545 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  51.35 
 
 		 472 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  52 
 
 		 464 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  53.08 
 
 		 458 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  52.35 
 
 		 458 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  52.03 
 
 		 460 aa  462  1e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  50.51 
 
 		 476 aa  464  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  52.55 
 
 		 485 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  53.83 
 
 		 462 aa  461  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  51.69 
 
 		 461 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  51.69 
 
 		 465 aa  459  9.999999999999999e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  52.02 
 
 		 462 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3522  Iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase single chain form  52.24 
 
 		 458 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  51.17 
 
 		 462 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  50.43 
 
 		 450 aa  459  9.999999999999999e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  51.61 
 
 		 458 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  50.96 
 
 		 462 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>