More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1019 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
330 aa  672  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  81.52 
 
 
329 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  81.16 
 
 
330 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  78.05 
 
 
330 aa  544  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  75.3 
 
 
326 aa  529  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  75.3 
 
 
326 aa  525  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  75.94 
 
 
318 aa  516  1e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  71.73 
 
 
327 aa  491  1e-138  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  64.22 
 
 
327 aa  455  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  55.52 
 
 
468 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  55.52 
 
 
468 aa  375  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  53.92 
 
 
501 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  54.13 
 
 
455 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  55.18 
 
 
458 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  53.82 
 
 
457 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  53.68 
 
 
446 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  53.5 
 
 
471 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  51.12 
 
 
364 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  54.13 
 
 
469 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  55.62 
 
 
412 aa  363  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  52.91 
 
 
444 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  52.89 
 
 
453 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  53.87 
 
 
411 aa  357  1e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  48.37 
 
 
350 aa  317  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  45.61 
 
 
349 aa  301  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  50.3 
 
 
330 aa  297  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  47.65 
 
 
325 aa  283  3e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.13 
 
 
436 aa  279  4e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.14 
 
 
330 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  47.92 
 
 
324 aa  265  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.36 
 
 
348 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.62 
 
 
330 aa  254  1e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.61 
 
 
368 aa  252  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.18 
 
 
354 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.71 
 
 
348 aa  247  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  43.89 
 
 
329 aa  243  2e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  41.62 
 
 
346 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  42.77 
 
 
348 aa  243  4e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.33 
 
 
346 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  41.33 
 
 
346 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  42.36 
 
 
405 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.05 
 
 
307 aa  200  3e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.36 
 
 
328 aa  182  5e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.27 
 
 
316 aa  178  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.31 
 
 
326 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.6 
 
 
332 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  34.74 
 
 
333 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  34.06 
 
 
333 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  1.47946e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  35.63 
 
 
323 aa  176  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  34.74 
 
 
333 aa  175  1e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.09 
 
 
318 aa  173  3e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.51 
 
 
327 aa  173  4e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  35.67 
 
 
319 aa  173  4e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.77 
 
 
320 aa  173  4e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.33 
 
 
318 aa  172  6e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.78 
 
 
346 aa  172  9e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  34.09 
 
 
318 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  35.35 
 
 
325 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.16 
 
 
329 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  33.75 
 
 
312 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  34.78 
 
 
362 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.65 
 
 
315 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.97 
 
 
329 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.90104e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.87 
 
 
329 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.87 
 
 
329 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.51583e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  35.35 
 
 
399 aa  169  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.12 
 
 
315 aa  169  6e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.09224e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.78 
 
 
318 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  35.58 
 
 
313 aa  169  8e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.69 
 
 
318 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
329 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  34.19 
 
 
318 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
329 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.34248e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  33.86 
 
 
319 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
364 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  35.76 
 
 
278 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  34.3 
 
 
319 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.44 
 
 
308 aa  167  3e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.55 
 
 
329 aa  166  3e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.19 
 
 
320 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.7 
 
 
318 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  4.64709e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
330 aa  166  7e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.75 
 
 
319 aa  166  7e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.73418e-10  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  33.75 
 
 
319 aa  166  7e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  5.57514e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.75 
 
 
319 aa  166  7e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.44551e-07  hitchhiker  9.16413e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  33.75 
 
 
319 aa  166  7e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.78536e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.75 
 
 
319 aa  166  7e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.72174e-21  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  33.75 
 
 
319 aa  166  7e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.99668e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.75 
 
 
319 aa  166  7e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.1451e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  35.95 
 
 
325 aa  165  1e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  33.79 
 
 
317 aa  165  1e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.64 
 
 
319 aa  165  1e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.20754e-06  hitchhiker  1.72116e-09 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.44 
 
 
319 aa  164  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.44921e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  32.1 
 
 
320 aa  164  2e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.33866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.52 
 
 
339 aa  164  2e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  34.54 
 
 
330 aa  164  2e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.35 
 
 
315 aa  163  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.35 
 
 
315 aa  163  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.44 
 
 
319 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.44 
 
 
319 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  1.78257e-07 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>