More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1016 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1016  small multidrug resistance protein  100 
 
 
104 aa  192  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0543961  normal  0.555667 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0982  small multidrug resistance protein  74.76 
 
 
105 aa  150  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.900184  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1679  small multidrug resistance protein  71.84 
 
 
104 aa  149  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.627389  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2526  small multidrug resistance protein  72.12 
 
 
104 aa  148  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.158974  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3160  small multidrug resistance protein  70.87 
 
 
104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1759  small multidrug resistance protein  75.49 
 
 
106 aa  144  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3195  small multidrug resistance protein  69.61 
 
 
122 aa  144  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.141243 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2336  small multidrug resistance protein  68.93 
 
 
104 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.155364  normal  0.542758 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1878  small multidrug resistance protein  72.55 
 
 
104 aa  139  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337942  normal  0.058805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2080  small multidrug resistance protein  71.57 
 
 
104 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235888  normal  0.293882 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2945  small multidrug resistance protein  64.08 
 
 
104 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46208  normal  0.904124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3646  small multidrug resistance protein  66.99 
 
 
104 aa  133  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3146  small multidrug resistance protein  63.73 
 
 
104 aa  130  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.169458  normal  0.0263424 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4732  small multidrug resistance protein  66.67 
 
 
107 aa  130  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00175948 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1701  small multidrug resistance protein  61.76 
 
 
105 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.218727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1256  small multidrug resistance protein  61.76 
 
 
105 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00359766 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1666  small multidrug resistance protein  61.76 
 
 
104 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0202268  normal  0.0201318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4019  small multidrug resistance protein  61.76 
 
 
105 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2446  small multidrug resistance protein  61.17 
 
 
105 aa  129  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0707  sugE protein  67.65 
 
 
106 aa  128  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.411222  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2320  small multidrug resistance protein  63.11 
 
 
106 aa  127  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.489873  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1298  small multidrug resistance protein  59.8 
 
 
105 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1574  small multidrug resistance protein  61.54 
 
 
106 aa  125  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2170  small multidrug resistance protein  63.37 
 
 
106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0085  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE1  62.75 
 
 
146 aa  125  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.161559 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0090  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE2  62.75 
 
 
146 aa  125  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.259737  normal  0.0421305 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2731  small multidrug resistance protein  62.14 
 
 
108 aa  124  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000850052  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21770  DMT family permease  59.8 
 
 
104 aa  124  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.932562  normal  0.189308 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1634  small multidrug resistance protein  60.78 
 
 
105 aa  123  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0656851 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04020  multidrug efflux system protein  62.75 
 
 
105 aa  123  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3842  small multidrug resistance protein  62.75 
 
 
155 aa  123  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4708  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  62.75 
 
 
105 aa  123  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03982  hypothetical protein  62.75 
 
 
105 aa  123  8.000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3903  small multidrug resistance protein  63.73 
 
 
112 aa  123  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5667  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  62.75 
 
 
105 aa  123  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0511297 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4392  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  62.75 
 
 
105 aa  123  8.000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4681  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  62.75 
 
 
105 aa  123  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3862  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  62.75 
 
 
105 aa  123  8.000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.131807 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1856  putative transporter  59.8 
 
 
104 aa  123  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101547  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4620  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  62.75 
 
 
105 aa  123  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0974286 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4068  small multidrug resistance protein  59.22 
 
 
111 aa  122  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0337  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  61.76 
 
 
105 aa  123  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  unclonable  0.00000205037 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1141  small multidrug resistance protein  59.8 
 
 
105 aa  122  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.564702  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0979  small multidrug resistance protein  62.14 
 
 
107 aa  121  3e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5837  quaternary ammonium compound-resistance protein sugE  58 
 
 
108 aa  121  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1965  small multidrug resistance protein  60.78 
 
 
104 aa  120  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3713  small multidrug resistance protein  55.34 
 
 
106 aa  119  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2478  small multidrug resistance protein  60.4 
 
 
104 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3671  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  61.76 
 
 
104 aa  118  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3817  small multidrug resistance protein  61.76 
 
 
153 aa  117  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.113303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4202  small multidrug resistance protein  57.28 
 
 
105 aa  117  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2235  small multidrug resistance protein  60.78 
 
 
106 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1231  small multidrug resistance protein  56.86 
 
 
106 aa  117  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.116721  normal  0.7202 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1502  small multidrug resistance protein  61.39 
 
 
109 aa  116  9.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4409  small multidrug resistance protein  58.82 
 
 
106 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2430  small multidrug resistance protein  58.25 
 
 
108 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0811704  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0420  small multidrug resistance protein  58 
 
 
104 aa  114  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1773  DMT superfamily multidrug efflux pump  58 
 
 
104 aa  114  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.251074  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4254  small multidrug resistance protein  57.84 
 
 
106 aa  114  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0796  small multidrug resistance protein  52 
 
 
107 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04008  SugE  58.25 
 
 
104 aa  113  7.999999999999999e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0730  small multidrug resistance protein  54 
 
 
107 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4387  small multidrug resistance protein  56.86 
 
 
106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2305  small multidrug resistance protein  56.86 
 
 
106 aa  111  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1722  small multidrug resistance protein  60.67 
 
 
104 aa  111  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1670  small multidrug resistance protein  56.86 
 
 
106 aa  111  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2027  small multidrug resistance protein  56.86 
 
 
105 aa  111  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.067086  normal  0.084051 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2282  small multidrug resistance protein  56.86 
 
 
106 aa  111  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.597092  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1608  small multidrug resistance protein  62.07 
 
 
104 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2843  small multidrug resistance protein  59.55 
 
 
104 aa  110  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1533  small multidrug resistance protein  59.55 
 
 
104 aa  110  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.447662  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1676  small multidrug resistance protein  60.67 
 
 
104 aa  110  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1276  small multidrug resistance protein  57 
 
 
107 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0361679  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1683  small multidrug resistance protein  62.07 
 
 
104 aa  110  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.656055  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2970  small multidrug resistance protein  59.55 
 
 
104 aa  110  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.82632  normal  0.546887 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1901  sugE protein  61.8 
 
 
104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1950  small multidrug resistance protein  53.92 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.498297  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5609  small multidrug resistance protein  54.9 
 
 
134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.329891  normal  0.920553 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5065  small multidrug resistance protein  53.92 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.929302  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2825  small multidrug resistance protein  59.55 
 
 
104 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3247  small multidrug efflux pump  57.84 
 
 
106 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848781  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0773  sugE protein  56.86 
 
 
105 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.757365  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0853  small multidrug resistance protein  54.9 
 
 
105 aa  108  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1313  small multidrug resistance protein  57.84 
 
 
106 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.177322 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0373  sugE protein  56.86 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1870  sugE protein  56.86 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.437905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1399  suppresses groEL, may be chaperone  56.86 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1005  sugE protein  53.92 
 
 
104 aa  108  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1257  SMR family multidrug efflux pump  56.86 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303472  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1090  sugE protein  56.86 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2320  small multidrug resistance protein  54.9 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.303478  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2198  small multidrug resistance protein  54.9 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0777  sugE protein  56.86 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590294  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1249  SMR family multidrug efflux pump  56.86 
 
 
106 aa  108  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0780  sugE protein  55.88 
 
 
105 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.243642  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0685  small multidrug resistance protein  52.94 
 
 
105 aa  107  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1027  sugE protein  56.86 
 
 
106 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2158  small multidrug resistance protein  52.94 
 
 
104 aa  107  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0996  small multidrug resistance protein  53.92 
 
 
106 aa  107  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.762024  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0415  small multidrug resistance protein  55.24 
 
 
108 aa  107  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000179992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>