More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0995 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0995  30S ribosomal protein S17  100 
 
 
78 aa  159  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0284701 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1849  30S ribosomal protein S17  89.74 
 
 
78 aa  148  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0814594  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1341  30S ribosomal protein S17  87.18 
 
 
79 aa  147  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.173733  normal  0.105866 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1439  30S ribosomal protein S17  87.18 
 
 
79 aa  147  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.329181  normal  0.13779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1965  30S ribosomal protein S17  79.49 
 
 
80 aa  136  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0487108  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1224  30S ribosomal protein S17  78.21 
 
 
80 aa  135  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1187  30S ribosomal protein S17  78.21 
 
 
80 aa  135  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.328591  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0707  30S ribosomal protein S17  78.38 
 
 
80 aa  127  7.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000487385  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0675  30S ribosomal protein S17  78.38 
 
 
80 aa  127  7.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101254  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1669  30S ribosomal protein S17  80 
 
 
80 aa  125  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0457334  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6017  30S ribosomal protein S17  77.33 
 
 
80 aa  123  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.462181  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0370  30S ribosomal protein S17  77.33 
 
 
80 aa  123  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2525  30S ribosomal protein S17  77.33 
 
 
80 aa  124  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0768  30S ribosomal protein S17  76 
 
 
82 aa  120  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.193836  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1688  30S ribosomal protein S17  72.73 
 
 
82 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000888762  hitchhiker  0.00000000386563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0571  30S ribosomal protein S17  71.05 
 
 
81 aa  116  9e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1786  30S ribosomal protein S17  69.23 
 
 
78 aa  115  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0432349  normal  0.0801565 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5061  30S ribosomal protein S17  72.73 
 
 
82 aa  116  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.723055 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3658  30S ribosomal protein S17  71.43 
 
 
82 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1373  30S ribosomal protein S17  71.43 
 
 
82 aa  114  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.241761  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1363  30S ribosomal protein S17  66.67 
 
 
80 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355182  normal  0.0197009 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0600  30S ribosomal protein S17  67.57 
 
 
76 aa  114  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3439  30S ribosomal protein S17  71.43 
 
 
82 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.510545  normal  0.502362 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1554  30S ribosomal protein S17  70.13 
 
 
82 aa  114  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0263  30S ribosomal protein S17  69.74 
 
 
76 aa  113  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.308255  normal  0.630615 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0294  30S ribosomal protein S17  66.67 
 
 
76 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2304  30S ribosomal protein S17  70.13 
 
 
82 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.000928394  normal  0.101475 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3175  30S ribosomal protein S17  70.13 
 
 
82 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.909718 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2227  30S ribosomal protein S17  68.42 
 
 
87 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.706142  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2679  30S ribosomal protein S17  67.57 
 
 
79 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.548519  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2745  ribosomal protein S17  65.38 
 
 
78 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0171881  normal  0.184511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2132  30S ribosomal protein S17  66.23 
 
 
88 aa  107  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.250662  normal  0.493518 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2171  30S ribosomal protein S17  64.94 
 
 
88 aa  107  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.275223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2449  30S ribosomal protein S17  64.94 
 
 
88 aa  107  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.345542  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0344  30S ribosomal protein S17  64.1 
 
 
86 aa  107  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.72971  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1917  30S ribosomal protein S17  64.1 
 
 
85 aa  105  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.189253  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1623  30S ribosomal protein S17  65.38 
 
 
79 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0968495  normal  0.305137 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0856  SSU ribosomal protein S17P  65.75 
 
 
83 aa  103  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349571  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2975  30S ribosomal protein S17  64.86 
 
 
92 aa  102  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1937  30S ribosomal protein S17  65.33 
 
 
90 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0430  SSU ribosomal protein S17P  66.2 
 
 
86 aa  94.7  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179877  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1301  30S ribosomal protein S17  62.16 
 
 
107 aa  93.6  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000654359  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2610  30S ribosomal protein S17  56 
 
 
97 aa  94  7e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000173593  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23111  30S ribosomal protein S17  63.38 
 
 
88 aa  91.3  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1385  30S ribosomal protein S17  60.81 
 
 
107 aa  90.5  8e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000761749  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2702  30S ribosomal protein S17  61.76 
 
 
89 aa  90.1  9e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0846  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
88 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.349116  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1258  30S ribosomal protein S17  68.92 
 
 
89 aa  88.2  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.406914  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08940  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
88 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299482  normal  0.0340675 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1964  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
95 aa  87.8  4e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.906045  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0367  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
98 aa  87.8  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2248  30S ribosomal protein S17  59.72 
 
 
88 aa  87.4  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000069797  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0776  ribosomal protein S17  57.75 
 
 
88 aa  87.8  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000337654  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0467  SSU ribosomal protein S17P  57.75 
 
 
87 aa  87.4  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0689  30S ribosomal protein S17  57.75 
 
 
82 aa  87.4  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.138415  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1120  30S ribosomal protein S17  60.27 
 
 
88 aa  87.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19941  30S ribosomal protein S17  60.27 
 
 
88 aa  87.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0506  ribosomal protein S17  56.94 
 
 
91 aa  87  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0458965  hitchhiker  0.000000000246265 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0336  ribosomal protein S17  56.94 
 
 
91 aa  87  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.131982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3059  30S ribosomal protein S17  61.97 
 
 
90 aa  86.7  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000184164  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1858  30S ribosomal protein S17  59.15 
 
 
94 aa  86.7  9e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.147715  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2831  30S ribosomal protein S17  61.97 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000151537  normal  0.471664 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3456  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000380443  decreased coverage  0.00396929 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1845  30S ribosomal protein S17  56.52 
 
 
120 aa  86.7  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  6.48409e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0288  30S ribosomal protein S17  61.43 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125562  hitchhiker  0.00000171329 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2750  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000100032  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0336  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000156672  normal  0.0197388 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0357  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000267511  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1129  30S ribosomal protein S17  58.67 
 
 
100 aa  86.3  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0049809  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16691  30S ribosomal protein S17  65.15 
 
 
88 aa  85.9  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0224  30S ribosomal protein S17  57.35 
 
 
88 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000443276  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1736  30S ribosomal protein S17  61.19 
 
 
86 aa  85.5  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000020777  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0088  30S ribosomal protein S17  56.94 
 
 
88 aa  85.5  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0650166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4740  30S ribosomal protein S17  59.15 
 
 
88 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0349479  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1355  30S ribosomal protein S17  57.75 
 
 
85 aa  84.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.132856  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1933  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000633723  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3795  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2623  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.7  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3767  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000138754  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0493  30S ribosomal protein S17  59.15 
 
 
88 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221769  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3487  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00115602  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3737  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000331818  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3160  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000677141  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2898  30S ribosomal protein S17  55.41 
 
 
97 aa  84.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2324  30S ribosomal protein S17  56.94 
 
 
89 aa  85.1  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000113865  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0669  30S ribosomal protein S17  58.33 
 
 
87 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0804541  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2637  30S ribosomal protein S17  56.94 
 
 
91 aa  84.3  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.107035  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0864  ribosomal protein S17  57.75 
 
 
83 aa  84.3  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.549145  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0193  30S ribosomal protein S17  52.11 
 
 
82 aa  84.3  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000114051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2451  30S ribosomal protein S17  58.82 
 
 
84 aa  84.3  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.20438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1344  SSU ribosomal protein S17P  62.16 
 
 
86 aa  84.3  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0736316 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0258  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84.3  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000603244  hitchhiker  0.00894491 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3170  30S ribosomal protein S17  59.15 
 
 
92 aa  84  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000175324  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3308  30S ribosomal protein S17  57.75 
 
 
92 aa  84  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000182432  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0463  30S ribosomal protein S17  57.75 
 
 
88 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.903355  hitchhiker  0.00000264542 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0329  30S ribosomal protein S17  52.78 
 
 
84 aa  84  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00017601  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0205  30S ribosomal protein S17  52 
 
 
82 aa  84  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000179685  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0323  30S ribosomal protein S17  60.56 
 
 
90 aa  84  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000666609  decreased coverage  0.00233353 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0496  30S ribosomal protein S17  57.75 
 
 
88 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000477154  normal  0.104043 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4161  30S ribosomal protein S17  52 
 
 
82 aa  84  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>