More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0988 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  100 
 
 		 97 aa  193  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  92.78 
 
 		 97 aa  179  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  89.69 
 
 		 97 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  89.69 
 
 		 97 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  86.6 
 
 		 97 aa  171  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  86.6 
 
 		 97 aa  171  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  86.6 
 
 		 97 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  83.51 
 
 		 97 aa  166  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  72.16 
 
 		 97 aa  149  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  72.16 
 
 		 97 aa  149  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  73.12 
 
 		 98 aa  136  8.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1251  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 		 100 aa  134  3.0000000000000003e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.781143  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  69.89 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1351  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 		 104 aa  133  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1356  ribosomal protein L25/L23  70.53 
 
 		 103 aa  133  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.385939  normal  0.0499735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  69.47 
 
 		 98 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0578  Ribosomal protein L25/L23  68.42 
 
 		 102 aa  131  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 99 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 99 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 99 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2816  50S ribosomal protein L23  69.47 
 
 		 102 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.947427  normal  0.439693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1681  50S ribosomal protein L23  68.42 
 
 		 102 aa  128  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0570438  hitchhiker  0.0000115816 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 99 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  69.47 
 
 		 98 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  68.42 
 
 		 98 aa  127  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  68.42 
 
 		 98 aa  127  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  68.42 
 
 		 98 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 98 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  70.65 
 
 		 98 aa  125  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  68.82 
 
 		 98 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  62.89 
 
 		 104 aa  124  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1547  50S ribosomal protein L23  64.21 
 
 		 98 aa  123  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1366  50S ribosomal protein L23  64.21 
 
 		 98 aa  122  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263915  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  62.11 
 
 		 99 aa  123  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  70.65 
 
 		 98 aa  122  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  65.26 
 
 		 98 aa  122  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 		 98 aa  121  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  60.82 
 
 		 111 aa  116  9e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  63.74 
 
 		 113 aa  113  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  58.7 
 
 		 104 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  56.32 
 
 		 97 aa  98.2  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  53.19 
 
 		 99 aa  96.7  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0363  50S ribosomal protein L23  64.13 
 
 		 98 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.674139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3642  50S ribosomal protein L23  57.61 
 
 		 104 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101067  hitchhiker  0.0000000000169859 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1718  50S ribosomal protein L23  64.13 
 
 		 98 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0786377  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0316  50S ribosomal protein L23  57.61 
 
 		 104 aa  96.7  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000511744  decreased coverage  0.00276856 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  55.91 
 
 		 97 aa  96.3  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  58.51 
 
 		 98 aa  92.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0329  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000104942  normal  0.0187974 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2630  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225404  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3802  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00374922  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0278  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301066  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3774  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518594  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3480  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000357625  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3449  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000244074  normal  0.012759 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1926  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000597608  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3066  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000181446  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2757  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300049  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0251  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000396316  normal  0.0882759 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2532  50S ribosomal protein L23  63.04 
 
 		 98 aa  92  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0269  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000217193  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3167  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145787  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3744  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000010751  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0350  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162065  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  52.13 
 
 		 100 aa  91.3  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  53.61 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  51.55 
 
 		 100 aa  88.2  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  51.55 
 
 		 100 aa  88.2  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 		 101 aa  88.2  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2948  50S ribosomal protein L23  52.17 
 
 		 104 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000296107  hitchhiker  0.000000753496 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3295  50S ribosomal protein L23  52.17 
 
 		 104 aa  87.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.00000000040814  hitchhiker  0.0000223362 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  53.76 
 
 		 99 aa  87.4  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3017  50S ribosomal protein L23  52.17 
 
 		 104 aa  87  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000878321  decreased coverage  0.0020306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3177  50S ribosomal protein L23  51.09 
 
 		 104 aa  87  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000279852  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3315  50S ribosomal protein L23  51.09 
 
 		 104 aa  87  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  51.65 
 
 		 94 aa  86.3  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  52.22 
 
 		 96 aa  86.7  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  48.35 
 
 		 101 aa  86.3  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  51.16 
 
 		 99 aa  85.5  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 		 95 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  56.18 
 
 		 100 aa  85.5  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5126  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 		 96 aa  85.1  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0321  50S ribosomal protein L23  48.45 
 
 		 100 aa  85.1  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.11411e-18  hitchhiker  0.000000647477 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 		 100 aa  84.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  47.13 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0758  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 		 99 aa  85.1  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156644  normal  0.0173378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  55.91 
 
 		 100 aa  85.1  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  52.33 
 
 		 96 aa  84.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  51.72 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  55.91 
 
 		 101 aa  84.3  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 		 98 aa  83.6  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4315  50S ribosomal protein L23  55.06 
 
 		 99 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000209174  unclonable  0.0000000000539649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  52.63 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  54.84 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  54.84 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0297  ribosomal L23 protein  47.31 
 
 		 98 aa  82.8  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000230523  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  54.84 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  54.84 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17631  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 		 100 aa  82  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  54.84 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>