More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0986 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 228 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  90.48 
 
 		 213 aa  396  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  79.37 
 
 		 237 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  79.37 
 
 		 237 aa  375  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  84.29 
 
 		 213 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  84.76 
 
 		 213 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  79.37 
 
 		 242 aa  371  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  78.54 
 
 		 238 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  74.89 
 
 		 251 aa  357  9e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  72.77 
 
 		 246 aa  350  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  72.77 
 
 		 246 aa  350  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  72.89 
 
 		 235 aa  343  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  69.78 
 
 		 239 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  69.2 
 
 		 279 aa  333  1e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  71.23 
 
 		 239 aa  329  2e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  69.6 
 
 		 245 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  69.96 
 
 		 241 aa  322  2e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  69.63 
 
 		 240 aa  321  6e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  69.78 
 
 		 240 aa  321  6e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  69.63 
 
 		 240 aa  321  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  69.33 
 
 		 241 aa  319  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  68.89 
 
 		 239 aa  318  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  68.49 
 
 		 290 aa  318  5e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  69.33 
 
 		 241 aa  315  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  68.16 
 
 		 246 aa  314  9e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  68 
 
 		 241 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  68.14 
 
 		 243 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  67.71 
 
 		 241 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  68.16 
 
 		 251 aa  310  9e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  66.82 
 
 		 247 aa  310  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  68 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  66.82 
 
 		 246 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  66.82 
 
 		 256 aa  309  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  66.37 
 
 		 246 aa  308  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  66.37 
 
 		 246 aa  308  4e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  62.5 
 
 		 245 aa  308  6.999999999999999e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  64.16 
 
 		 268 aa  306  2.0000000000000002e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  63.56 
 
 		 257 aa  303  1.0000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  62.22 
 
 		 317 aa  299  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  62.33 
 
 		 251 aa  293  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  59.11 
 
 		 227 aa  280  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  57.59 
 
 		 227 aa  276  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  51.4 
 
 		 214 aa  221  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  51.89 
 
 		 214 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  52.53 
 
 		 226 aa  210  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  48.29 
 
 		 308 aa  209  2e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0612  50S ribosomal protein L3  46.79 
 
 		 231 aa  209  2e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 214 aa  210  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  52.58 
 
 		 214 aa  208  5e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  51.42 
 
 		 214 aa  208  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 212 aa  206  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 216 aa  206  3e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  51.42 
 
 		 212 aa  205  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0409  50S ribosomal protein L3  45.87 
 
 		 231 aa  205  6e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.214097  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  52.17 
 
 		 209 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  51.2 
 
 		 218 aa  203  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 212 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 		 212 aa  202  5e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 		 209 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 		 212 aa  201  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000254045  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  49.53 
 
 		 215 aa  201  8e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 		 214 aa  201  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2372  ribosomal protein L3  50 
 
 		 211 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  47.17 
 
 		 212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000109318  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  49.3 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0681  50S ribosomal protein L3  44.14 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0111701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  49.08 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000263976  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2632  50S ribosomal protein L3  49.08 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.000000000488611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3776  50S ribosomal protein L3  49.08 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000325408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3478  50S ribosomal protein L3  49.08 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.00000000879138  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3804  50S ribosomal protein L3  49.08 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000896818  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  49.08 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000132844  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3746  50S ribosomal protein L3  49.08 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000021686  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 		 209 aa  198  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0278  50S ribosomal protein L3  48.18 
 
 		 224 aa  198  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  0.00000000129288 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0273  50S ribosomal protein L3  48.18 
 
 		 224 aa  198  6e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.0000000000366458  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 		 211 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 		 211 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  50 
 
 		 216 aa  197  9e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 		 211 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 		 211 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0323  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 214 aa  197  9e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000334047  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  51.21 
 
 		 209 aa  197  9e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  49.06 
 
 		 212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3068  50S ribosomal protein L3  48.62 
 
 		 219 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000718216  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3443  50S ribosomal protein L3  49.31 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000129848  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  50.95 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  48.37 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 224 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000698132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3317  50S ribosomal protein L3  47.64 
 
 		 214 aa  195  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000449005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 		 211 aa  194  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2950  50S ribosomal protein L3  47.64 
 
 		 217 aa  194  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000276942  decreased coverage  0.000000134206 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0266  ribosomal protein L3  48.57 
 
 		 210 aa  194  8.000000000000001e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  unclonable  0.0000000000356629  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  47.64 
 
 		 217 aa  194  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000538385  hitchhiker  0.0000807722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 		 212 aa  194  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0338  50S ribosomal protein L3  47.69 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274222  decreased coverage  0.000311926 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>