More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0975 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 232 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  88.31 
 
 		 231 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  89.87 
 
 		 233 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  88.11 
 
 		 233 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  83.19 
 
 		 232 aa  394  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  78.79 
 
 		 231 aa  371  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  77.92 
 
 		 231 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  80.97 
 
 		 229 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  80.18 
 
 		 229 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  79.65 
 
 		 229 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1944  50S ribosomal protein L1  82.53 
 
 		 233 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.160034  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1247  50S ribosomal protein L1  81.22 
 
 		 233 aa  362  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.123881  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1208  50S ribosomal protein L1  81.22 
 
 		 233 aa  362  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0365  50S ribosomal protein L1  78.02 
 
 		 235 aa  361  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.716572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  77.43 
 
 		 230 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1896  50S ribosomal protein L1  77.59 
 
 		 235 aa  358  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0132214  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  74.57 
 
 		 233 aa  357  7e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  78.02 
 
 		 232 aa  353  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3843  50S ribosomal protein L1  77.59 
 
 		 232 aa  351  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528602  normal  0.697118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1347  50S ribosomal protein L1  79.91 
 
 		 230 aa  347  1e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  71.98 
 
 		 232 aa  345  4e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0568  50S ribosomal protein L1  76.19 
 
 		 232 aa  344  7e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000788355  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5086  50S ribosomal protein L1  78.95 
 
 		 230 aa  343  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00155922  normal  0.872957 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1528  50S ribosomal protein L1  77.88 
 
 		 230 aa  342  2e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 		 232 aa  339  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 		 232 aa  339  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 		 232 aa  339  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  70.13 
 
 		 232 aa  339  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  72.84 
 
 		 232 aa  337  7e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  68.97 
 
 		 233 aa  334  5.999999999999999e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  69.91 
 
 		 231 aa  333  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  69.57 
 
 		 232 aa  330  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4368  50S ribosomal protein L1  75 
 
 		 232 aa  329  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3999  50S ribosomal protein L1  75 
 
 		 232 aa  329  2e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.981145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4480  50S ribosomal protein L1  75 
 
 		 232 aa  328  6e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0876536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  68.89 
 
 		 232 aa  323  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1955  50S ribosomal protein L1  68.14 
 
 		 230 aa  315  3e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0564  50S ribosomal protein L1  65.78 
 
 		 232 aa  312  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2698  50S ribosomal protein L1  71.55 
 
 		 233 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1441  50S ribosomal protein L1  64.81 
 
 		 232 aa  304  8.000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0252476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  61.47 
 
 		 234 aa  286  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  62.34 
 
 		 234 aa  286  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  61.06 
 
 		 231 aa  285  5e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0834  50S ribosomal protein L1  62.77 
 
 		 233 aa  285  5.999999999999999e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  60.61 
 
 		 234 aa  284  7e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  61.9 
 
 		 234 aa  284  8e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  61.9 
 
 		 234 aa  284  8e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 		 233 aa  281  6.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 		 232 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  60.53 
 
 		 233 aa  279  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 		 232 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  59.47 
 
 		 233 aa  280  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  59.73 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  60.09 
 
 		 233 aa  278  6e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  60.34 
 
 		 234 aa  278  7e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  58.87 
 
 		 232 aa  278  7e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  58.87 
 
 		 232 aa  278  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  58.87 
 
 		 231 aa  277  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3348  50S ribosomal protein L1  60.34 
 
 		 232 aa  276  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  58.44 
 
 		 231 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  58.44 
 
 		 231 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  274  8e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  274  8e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  274  8e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  274  9e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  58.33 
 
 		 233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  57.58 
 
 		 232 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4434  50S ribosomal protein L1  67.53 
 
 		 229 aa  271  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  60.81 
 
 		 230 aa  271  5.000000000000001e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  57.21 
 
 		 230 aa  271  5.000000000000001e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  57.66 
 
 		 230 aa  271  8.000000000000001e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1459  50S ribosomal protein L1  56.89 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000386293  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0525  50S ribosomal protein L1  56.89 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.546526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0506  50S ribosomal protein L1  56.89 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000573906  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0043  50S ribosomal protein L1  60.34 
 
 		 233 aa  270  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000236116  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  56.09 
 
 		 233 aa  270  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  59.91 
 
 		 232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  60.26 
 
 		 235 aa  268  4e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  57.14 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  57.58 
 
 		 235 aa  268  5e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0350  ribosomal protein L1  58.3 
 
 		 234 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0695995  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  55.9 
 
 		 231 aa  267  8.999999999999999e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  56.44 
 
 		 233 aa  267  1e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0837  50S ribosomal protein L1P  62.88 
 
 		 229 aa  267  1e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0423664  normal  0.0981496 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0039  50S ribosomal protein L1  58.62 
 
 		 233 aa  266  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00138059  hitchhiker  0.00000000000807787 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  56.52 
 
 		 232 aa  266  2e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2179  ribosomal protein L1  56.52 
 
 		 231 aa  266  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.965533 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  56.19 
 
 		 235 aa  265  2.9999999999999995e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  56.52 
 
 		 232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  56.9 
 
 		 237 aa  265  5.999999999999999e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4772  50S ribosomal protein L1  55.17 
 
 		 232 aa  264  7e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0687152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>