238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0706 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
282 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  59.44 
 
 
284 aa  325  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  58.39 
 
 
284 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  51.61 
 
 
279 aa  281  7.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.64 
 
 
288 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  48.73 
 
 
287 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  48.73 
 
 
287 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  46.67 
 
 
287 aa  242  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  45.96 
 
 
283 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  42.7 
 
 
285 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  43.88 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  37.41 
 
 
286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  41.07 
 
 
284 aa  195  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  41.07 
 
 
284 aa  195  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.93 
 
 
292 aa  186  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.56 
 
 
273 aa  174  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.94 
 
 
293 aa  171  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  47.32 
 
 
277 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.19 
 
 
294 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.88 
 
 
293 aa  161  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  36.52 
 
 
293 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.98 
 
 
293 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.17 
 
 
293 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.37 
 
 
293 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  35.79 
 
 
279 aa  146  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.31 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  32.53 
 
 
293 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  38.66 
 
 
261 aa  132  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  33.09 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.26 
 
 
255 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.26 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  36.26 
 
 
255 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.14 
 
 
238 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  35.58 
 
 
291 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  30.16 
 
 
268 aa  119  7e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.9 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.2 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.43 
 
 
373 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.54 
 
 
222 aa  102  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.15 
 
 
312 aa  102  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.51 
 
 
336 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.67 
 
 
241 aa  96.3  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  34.35 
 
 
248 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  32.33 
 
 
348 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  32.33 
 
 
348 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.37 
 
 
328 aa  94  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.33 
 
 
348 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.33 
 
 
348 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.33 
 
 
348 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  32.33 
 
 
348 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.9 
 
 
348 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  23.64 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  32.75 
 
 
348 aa  90.5  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.93 
 
 
354 aa  90.5  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.81 
 
 
328 aa  89.4  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  33.2 
 
 
306 aa  89  7e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  23.33 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.15 
 
 
344 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.47 
 
 
334 aa  87.4  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.15 
 
 
344 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  30.9 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  30.17 
 
 
349 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.74 
 
 
344 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.74 
 
 
344 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  30.8 
 
 
345 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.24 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  29.55 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.58 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  29.36 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  29.87 
 
 
346 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.78 
 
 
347 aa  82  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.33 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.34 
 
 
317 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  25.25 
 
 
321 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  25.25 
 
 
321 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  27.97 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  31.73 
 
 
275 aa  79.7  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 
322 aa  79.7  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2127  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.62 
 
 
298 aa  79.3  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  29.91 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.87 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  29.18 
 
 
346 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.24 
 
 
339 aa  77  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  29.58 
 
 
346 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.79 
 
 
354 aa  76.6  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  30.13 
 
 
361 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  27.9 
 
 
319 aa  75.5  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  30.3 
 
 
357 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.36 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  29.48 
 
 
314 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.49 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0811  putative global regulator  26.54 
 
 
326 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535495  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  27.89 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.83 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  27.6 
 
 
326 aa  72.4  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  26.54 
 
 
326 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  26.54 
 
 
326 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.63 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.06 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3225  putative global regulator  26.54 
 
 
326 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>