More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0565 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  100 
 
 		 202 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  79.08 
 
 		 208 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  77.94 
 
 		 211 aa  296  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  72.53 
 
 		 182 aa  247  7e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  57.37 
 
 		 194 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  57.53 
 
 		 201 aa  218  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  56.99 
 
 		 198 aa  215  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  50.26 
 
 		 194 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  50.26 
 
 		 194 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  48.69 
 
 		 194 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 190 aa  170  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  47.65 
 
 		 189 aa  158  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 195 aa  128  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  35.75 
 
 		 198 aa  127  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  36.41 
 
 		 196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 194 aa  125  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  37.23 
 
 		 194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  36.73 
 
 		 194 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  38.27 
 
 		 196 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  36.73 
 
 		 194 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 194 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 194 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 194 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 195 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 202 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  34.38 
 
 		 195 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 202 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  34.38 
 
 		 195 aa  123  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 195 aa  123  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  34.38 
 
 		 195 aa  123  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  34.38 
 
 		 195 aa  123  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 202 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  33.85 
 
 		 195 aa  121  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  34.38 
 
 		 195 aa  120  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  34.38 
 
 		 195 aa  120  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  35.42 
 
 		 195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  37.23 
 
 		 195 aa  119  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  33.85 
 
 		 218 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  36.9 
 
 		 197 aa  118  7.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  36.7 
 
 		 195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  31.96 
 
 		 198 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  34.2 
 
 		 199 aa  114  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  32.81 
 
 		 197 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  34.02 
 
 		 196 aa  112  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  33.33 
 
 		 197 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  33.33 
 
 		 197 aa  111  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  32.64 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  32.12 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  32.8 
 
 		 201 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  36.42 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  38.79 
 
 		 677 aa  106  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  32.62 
 
 		 194 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  35.57 
 
 		 196 aa  105  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  32.28 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  32.28 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  32.28 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  33.16 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  35.84 
 
 		 201 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  35.35 
 
 		 197 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  34.55 
 
 		 186 aa  102  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  35.35 
 
 		 197 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  32.12 
 
 		 196 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  33.91 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 196 aa  95.9  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  32.65 
 
 		 197 aa  93.2  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  32.37 
 
 		 202 aa  92.4  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 212 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  33.14 
 
 		 201 aa  89.4  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  31.21 
 
 		 201 aa  88.2  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  29.48 
 
 		 180 aa  87.4  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  30.46 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  37.8 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5271  transcriptional regulator, TetR family  26.12 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.869889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 245 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>