More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0188 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
277 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  69.68 
 
 
277 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.04 
 
 
277 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
283 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  43.75 
 
 
292 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
282 aa  205  6e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.02 
 
 
280 aa  203  3e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
283 aa  199  5e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  40.6 
 
 
283 aa  198  7e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
279 aa  198  7e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.736814  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.3 
 
 
278 aa  196  3e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.23 
 
 
280 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
277 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.062682  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  41.44 
 
 
283 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  40.91 
 
 
275 aa  192  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
279 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0887  sugar ABC transporter, permease protein  39.31 
 
 
280 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453961  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
278 aa  191  1e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
278 aa  191  1e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
306 aa  190  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
275 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 
316 aa  190  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.523457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
277 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
277 aa  187  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000244229  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
276 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.590535  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.52 
 
 
297 aa  186  3e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
277 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.275556  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
277 aa  186  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
277 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
274 aa  185  6e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
275 aa  184  9e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  41.92 
 
 
295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
276 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
278 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
276 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.18605  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
299 aa  181  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
297 aa  181  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
276 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
253 aa  180  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
282 aa  179  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.313327  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
299 aa  179  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
296 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.1 
 
 
289 aa  178  7e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0780045  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
296 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  35.18 
 
 
275 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1103  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.62 
 
 
283 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216355  normal  0.105298 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
292 aa  176  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0409709  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
277 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
275 aa  175  6e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
292 aa  175  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
286 aa  175  7e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  38.91 
 
 
291 aa  175  8e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  38.91 
 
 
291 aa  175  8e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
275 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.577285  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.173525 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
299 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0255144 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
288 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6239  ABC transporter membrane spanning protein (maltose)  39.16 
 
 
286 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
283 aa  172  5.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657095  normal  0.345018 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.64 
 
 
277 aa  172  5.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
283 aa  172  6.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.288724  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
285 aa  171  9e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
273 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00970334  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
281 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.02 
 
 
275 aa  171  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0542318  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
284 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
273 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
273 aa  170  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  35.74 
 
 
280 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
281 aa  170  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
316 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.64 
 
 
282 aa  170  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
295 aa  170  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
285 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210049  normal  0.0503947 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
281 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
281 aa  170  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
285 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
275 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
275 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.741227  normal  0.869108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
275 aa  169  6e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
280 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
279 aa  168  7e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.305839  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
285 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
280 aa  167  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248821  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
283 aa  167  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000390677  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0403  putative integral membrane transport protein  32.79 
 
 
279 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.489917  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
294 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.829969 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
281 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.965906  normal  0.767737 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
278 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.405999 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.917211  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>