More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0097 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0097  putative Chase2 sensor protein  100 
 
 
635 aa  1261    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3163  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  36.98 
 
 
643 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1969  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  31.87 
 
 
696 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0397866  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0034  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.78 
 
 
758 aa  190  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000015313  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0721  adenylate/guanylate cyclase  28.03 
 
 
729 aa  188  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164553  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3663  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  28.11 
 
 
723 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.93824  normal  0.384107 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2534  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  28.09 
 
 
764 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.263424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7152  adenylate/guanylate cyclase  28.19 
 
 
744 aa  186  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3090  putative Chase2 sensor protein  29.34 
 
 
614 aa  182  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3360  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  28.29 
 
 
723 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0302  putative Chase2 sensor protein  28.45 
 
 
670 aa  179  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3153  adenylate/guanylate cyclase  28.42 
 
 
759 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1763  putative Chase2 sensor protein  28.27 
 
 
725 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.544846  normal  0.0880592 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2346  CHASE2 domain-containing protein  27.55 
 
 
760 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.285183  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2619  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  28.21 
 
 
658 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0280  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  27.81 
 
 
656 aa  173  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0411  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  26.62 
 
 
694 aa  172  2e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0173822  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1112  adenylate/guanylate cyclase  26.03 
 
 
721 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2382  adenylate/guanylate cyclase  26.43 
 
 
752 aa  164  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1553  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  27.16 
 
 
754 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.333757 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0296  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  26.89 
 
 
672 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1894  putative Chase2 sensor protein  28.59 
 
 
729 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0276882  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1858  adenylate/guanylate cyclase  26.44 
 
 
734 aa  159  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.88873  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0929  adenylate/guanylate cyclase  25.16 
 
 
738 aa  157  7e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.144822  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2169  adenylate/guanylate cyclase  26.61 
 
 
756 aa  157  7e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0505849  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0932  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  33.63 
 
 
936 aa  154  4e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1674  adenylate/guanylate cyclase  27.13 
 
 
731 aa  153  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285397  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0983  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.67 
 
 
737 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1703  hypothetical protein  23.9 
 
 
758 aa  150  9e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2386  adenylate/guanylate cyclase  38.8 
 
 
681 aa  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3697  adenylate/guanylate cyclase  31.3 
 
 
696 aa  149  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.61471  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4085  adenylate/guanylate cyclase  28.5 
 
 
746 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1704  hypothetical protein  24.51 
 
 
758 aa  146  9e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0343  transmembrane sensor-like domain-containing protein  26.59 
 
 
638 aa  145  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0331  putative adenylate/guanylate cyclase  25.91 
 
 
641 aa  145  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2796  adenylate/guanylate cyclase  42.93 
 
 
447 aa  144  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1740  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.61 
 
 
753 aa  144  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.21931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5187  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  27.15 
 
 
758 aa  143  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2129  adenylate/guanylate cyclase  26.05 
 
 
741 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0231  putative adenylate/guanylate cyclase  28.97 
 
 
675 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0742762  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0353  adenylate/guanylate cyclase  36.65 
 
 
699 aa  141  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.213992 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4585  adenylate/guanylate cyclase  24.25 
 
 
744 aa  140  7.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0862409  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0668  putative adenylate/guanylate cyclase  25.33 
 
 
701 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00673986  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4698  adenylate/guanylate cyclase  26.82 
 
 
735 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5293  adenylate/guanylate cyclase  40.1 
 
 
421 aa  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0545376  normal  0.227088 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2371  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  26.3 
 
 
657 aa  135  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0177701 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1889  putative adenylate/guanylate cyclase  28.43 
 
 
645 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1205  adenylate/guanylate cyclase  37.63 
 
 
724 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000104961  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5657  adenylate/guanylate cyclase  44.15 
 
 
421 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517681  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1406  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  23.29 
 
 
757 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.9726 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4017  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  31.91 
 
 
701 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1344  adenylate/guanylate cyclase  24.71 
 
 
794 aa  126  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2543  adenylate/guanylate cyclase  32.84 
 
 
712 aa  125  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000118563  normal  0.086844 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0991  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  32.62 
 
 
703 aa  125  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.358146  normal  0.0115754 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2702  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  25.5 
 
 
656 aa  125  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00394792  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0108  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  36.84 
 
 
648 aa  124  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0450692  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5176  adenylate/guanylyl cyclase  38.07 
 
 
717 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263029  normal  0.588904 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0940  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  26.04 
 
 
597 aa  122  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.326683  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2802  adenylate/guanylate cyclase  32.03 
 
 
702 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.523853  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3462  putative adenylate/guanylate cyclase  40.53 
 
 
651 aa  120  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0057  putative Chase2 sensor protein  32.75 
 
 
650 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00712657 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1277  hypothetical protein  33.84 
 
 
701 aa  118  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0714  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  35.53 
 
 
637 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.17996  normal  0.926966 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0015  putative adenylate/guanylate cyclase  29.64 
 
 
284 aa  118  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.391867  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1276  hypothetical protein  35.87 
 
 
701 aa  118  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0831  adenylate/guanylate cyclase  33.62 
 
 
643 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1477  putative adenylate/guanylate cyclase  33.51 
 
 
903 aa  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.861008  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1218  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  22.7 
 
 
611 aa  117  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1077  adenylate cyclase  31.22 
 
 
513 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3621  putative adenylate/guanylate cyclase  28.74 
 
 
607 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3884  adenylate/guanylate cyclase  26.69 
 
 
667 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  31.48 
 
 
441 aa  111  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4565  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  31.45 
 
 
761 aa  111  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.593943  normal  0.183616 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1295  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  39.9 
 
 
584 aa  111  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  32.13 
 
 
431 aa  110  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1264  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  40.41 
 
 
584 aa  110  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0558  adenylate/guanylate cyclase  24.7 
 
 
665 aa  110  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.132478  normal  0.264577 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1908  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor and FHA domain  35.14 
 
 
518 aa  110  9.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.136997  normal  0.266082 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2024  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  26.07 
 
 
618 aa  110  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2510  putative Chase2 sensor protein  26.26 
 
 
753 aa  109  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0278578 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1100  putative adenylate/guanylate cyclase  29.79 
 
 
479 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1046  adenylate/guanylate cyclase  29.02 
 
 
726 aa  108  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000197957  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0091  adenylate/guanylate cyclase  34.21 
 
 
859 aa  107  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.101175 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1827  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  26.45 
 
 
618 aa  107  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.183401  hitchhiker  0.00645983 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2515  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  30.65 
 
 
650 aa  107  9e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.764918 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1658  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  38.89 
 
 
577 aa  106  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1643  adenylate/guanylate cyclase  38.55 
 
 
536 aa  105  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.292421  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3744  GAF/PAS/PAC sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  30.53 
 
 
858 aa  105  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1986  adenylate/guanylate cyclase  23.67 
 
 
643 aa  105  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4495  adenylate/guanylate cyclase  34.94 
 
 
532 aa  104  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3501  adenylate/guanylate cyclase with Chase sensor  26.76 
 
 
652 aa  104  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.703236  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2413  GAF/PAS/PAC sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  28.72 
 
 
861 aa  104  5e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0671  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  33.02 
 
 
500 aa  104  5e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0415363  normal  0.502054 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3049  adenylate/guanylate cyclase  33.64 
 
 
713 aa  104  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03401  hypothetical protein  27.27 
 
 
645 aa  104  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.689704 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0671  putative adenylate/guanylate cyclase  33.67 
 
 
593 aa  103  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.810132 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4645  adenylate/guanylate cyclase  31.25 
 
 
546 aa  103  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.98897  normal  0.0884819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8980  Adenylate cyclase family 3 (some protein contain HAMP domain)-like protein  38.89 
 
 
684 aa  102  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3412  adenylate/guanylate cyclase  31.46 
 
 
1207 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.210507 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0663  putative adenylate/guanylate cyclase  30.43 
 
 
632 aa  102  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.389437  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>