More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0084 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0084  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  100 
 
 
473 aa  938    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0352  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  54.11 
 
 
475 aa  488  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0315  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  50.11 
 
 
471 aa  420  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0304  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  48.31 
 
 
474 aa  411  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0335  putative mercuric reductase MerA  48.21 
 
 
470 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0257756  normal  0.865003 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2718  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  50.42 
 
 
470 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403702  normal  0.0190809 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0072  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  51.16 
 
 
470 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1057  putative mercuric reductase protein  50.21 
 
 
470 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.180423  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0645  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation protein  46.53 
 
 
472 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211768  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3385  putative mercuric reductase protein  47.38 
 
 
477 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329574  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1464  hypothetical protein  41.46 
 
 
714 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1519  hypothetical protein  41.24 
 
 
714 aa  364  2e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1463  mercuric reductase, putative  43.36 
 
 
486 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0144411  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4940  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  41.01 
 
 
472 aa  329  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.231582 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1956  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  43.4 
 
 
480 aa  326  7e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3348  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  39.32 
 
 
473 aa  322  7e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.602817  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1498  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  40.74 
 
 
488 aa  322  8e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000511741  hitchhiker  0.0000458564 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0936  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  39.49 
 
 
475 aa  322  9.000000000000001e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2549  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  44.52 
 
 
472 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0494976  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0963  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  39.49 
 
 
475 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.335815  normal  0.311479 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0751  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  41.63 
 
 
473 aa  320  5e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3049  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  41.15 
 
 
472 aa  309  6.999999999999999e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0397378  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1481  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  40.26 
 
 
494 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1118  mercuric reductase  39.25 
 
 
516 aa  301  1e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.583122  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1070  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  40.42 
 
 
482 aa  292  9e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1982  mercuric reductase  40.04 
 
 
507 aa  290  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3749  mercuric reductase  39.24 
 
 
510 aa  286  5e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1709  SNARE associated Golgi protein  40.13 
 
 
720 aa  286  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794028 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2535  mercuric reductase  40.21 
 
 
508 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1976  mercuric reductase  40.09 
 
 
515 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.121394  normal  0.267836 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0473  mercuric reductase  40.13 
 
 
507 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000001036 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2767  mercuric reductase, membrane-associated  36.06 
 
 
713 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.412379 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1239  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  38.65 
 
 
495 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.375161 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3653  mercuric reductase, membrane-associated  38.16 
 
 
704 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0190427  normal 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16069  predicted protein  33.66 
 
 
532 aa  267  2.9999999999999995e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.258027  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4668  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.99 
 
 
482 aa  266  5.999999999999999e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1598  mercuric reductase  37.97 
 
 
510 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1315  mercuric reductase  39.61 
 
 
505 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0457  mercuric reductase  38.32 
 
 
507 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3219  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  36.91 
 
 
712 aa  259  6e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0395  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  35.34 
 
 
713 aa  259  7e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3558  SNARE associated Golgi protein  38.29 
 
 
722 aa  259  8e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.626844  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0341  mercuric reductase  38.85 
 
 
513 aa  258  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.262154  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0309  mercuric reductase  38.64 
 
 
525 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2957  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  34.45 
 
 
717 aa  257  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1621  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation protein  36.85 
 
 
716 aa  256  6e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.143809  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4228  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.77 
 
 
482 aa  256  6e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0193  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  39.87 
 
 
705 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.475163  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0176  SNARE associated Golgi protein  33.47 
 
 
716 aa  252  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2431  mercuric reductase  36.69 
 
 
509 aa  251  2e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01787  mercuric reductase (Hg(II) reductase)  33.33 
 
 
717 aa  251  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1429  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  35.43 
 
 
515 aa  250  3e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.905339  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0898  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  38.77 
 
 
508 aa  250  4e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00115945 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0664  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.62 
 
 
489 aa  249  9e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000150999  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0589  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dihydrolipoamide dehydrogenase (E3) component and related enzyme  35.16 
 
 
738 aa  249  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0977  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  34.8 
 
 
722 aa  248  1e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0805308 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2701  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  36.06 
 
 
717 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.418324  normal  0.488956 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1392  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.15 
 
 
722 aa  247  3e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0732  mercuric reductase, putative  33.05 
 
 
489 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000844078  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0145  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  38.03 
 
 
746 aa  237  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0784754  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2088  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.42 
 
 
484 aa  236  7e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4961  mercuric reductase  34.3 
 
 
460 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_638  mercuric reductase-like protein  32.7 
 
 
499 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000028153  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4533  mercuric reductase  32.31 
 
 
546 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6515  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  37.76 
 
 
520 aa  229  6e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2206  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38 
 
 
459 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.041685  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1254  mercuric reductase  31.6 
 
 
546 aa  226  5.0000000000000005e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2023  mercuric reductase  31.6 
 
 
546 aa  226  6e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2683  mercuric reductase MerA  34.57 
 
 
475 aa  221  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3132  mercuric reductase  33.26 
 
 
504 aa  221  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.209744  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0177  mercuric reductase MerA  32.46 
 
 
469 aa  219  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0802  alpha keto acid dehydrogenase complex, E3 component, lipoamide dehydrogenase  33.85 
 
 
449 aa  218  2e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2903  mercuric reductase  35.94 
 
 
767 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4997  mercuric reductase  34.01 
 
 
459 aa  218  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1148  mercuric reductase  36.57 
 
 
457 aa  217  2.9999999999999998e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0182955 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3623  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  35.89 
 
 
456 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0259828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1270  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  35.06 
 
 
460 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.751643  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2180  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.96 
 
 
585 aa  216  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000695519  hitchhiker  0.00000000000000384983 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0840  mercuric reductase  32.35 
 
 
459 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.909893 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3897  mercuric reductase  33.93 
 
 
459 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.423332 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4011  mercuric reductase  33.93 
 
 
459 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0854657  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3185  mercuric reductase  33.77 
 
 
546 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3160  mercuric reductase  35.46 
 
 
745 aa  213  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2327  acetoin dehydrogenase, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  32.37 
 
 
450 aa  211  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1248  mercuric reductase  31.32 
 
 
460 aa  211  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0590144  normal  0.359043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3669  mercuric reductase  36.49 
 
 
459 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0331  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.46 
 
 
473 aa  211  3e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3059  mercuric reductase  32.73 
 
 
460 aa  210  5e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0658861 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6744  mercuric reductase  32.73 
 
 
453 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.520469  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3712  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
470 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0955  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.41 
 
 
470 aa  208  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.205743  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3468  mercuric reductase  32.28 
 
 
457 aa  208  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.211907  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1168  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
470 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4072  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
470 aa  207  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3880  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
470 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2992  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.17 
 
 
459 aa  207  3e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3204  mercuric reductase  31.4 
 
 
459 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.337711 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3984  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
470 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4181  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
470 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.321449  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3142  mercuric reductase  31.4 
 
 
459 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>