113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0080 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  100 
 
 		 132 aa  264  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  71.88 
 
 		 133 aa  186  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  69.53 
 
 		 133 aa  184  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  70 
 
 		 129 aa  162  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  58.47 
 
 		 145 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  58.47 
 
 		 145 aa  122  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  52.63 
 
 		 121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1362  ribonuclease P  58.56 
 
 		 141 aa  101  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0375  ribonuclease P  60.78 
 
 		 120 aa  89.4  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.174091  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  56.34 
 
 		 227 aa  71.6  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  39.02 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  40.94 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  42.17 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7325  ribonuclease P protein component  41.94 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0068  ribonuclease P protein component  44.55 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  40 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  49.43 
 
 		 149 aa  62  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  43.68 
 
 		 148 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5080  ribonuclease P protein component  38.4 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.479331 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3337  ribonuclease P protein  42.74 
 
 		 174 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0684  ribonuclease P protein component  48.04 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  44.76 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0637  ribonuclease P protein component  46.9 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150092  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  43.81 
 
 		 137 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  43.81 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3075  ribonuclease P protein  44.12 
 
 		 111 aa  57.4  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.194424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0818  ribonuclease P protein component  51.76 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3704  ribonuclease P protein component  44.9 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  42.17 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  43.28 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  37.89 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  46.88 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  31.31 
 
 		 115 aa  54.7  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  38.95 
 
 		 240 aa  53.5  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  42.05 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  41.98 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  33.33 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  43.75 
 
 		 189 aa  52.4  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  33.33 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  31.63 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  30.61 
 
 		 115 aa  50.8  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  30.61 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  30.61 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  30.61 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  30.61 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  30.61 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  34.62 
 
 		 111 aa  50.8  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0925  ribonuclease P protein component  40.96 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000841875  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  42.68 
 
 		 126 aa  50.4  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000213724  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1922  ribonuclease P protein component  50 
 
 		 187 aa  50.8  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.239501  normal  0.549748 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  30.61 
 
 		 115 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  30.3 
 
 		 115 aa  50.4  0.000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  46.88 
 
 		 116 aa  50.4  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_913  RNase P protein component  40.96 
 
 		 126 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000601305  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  41.46 
 
 		 115 aa  50.1  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000200185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0890  ribonuclease P protein component  42.86 
 
 		 180 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0029715 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  37.18 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  43.86 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  36.26 
 
 		 162 aa  48.5  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0356  ribonuclease P protein component  46.46 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274871  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2631  ribonuclease P protein component  44.04 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.88975  normal  0.0705179 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  31.63 
 
 		 121 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2352  ribonuclease P protein component  44.04 
 
 		 165 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.125747 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  41.75 
 
 		 114 aa  47.4  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  33.78 
 
 		 116 aa  47  0.00009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1042  ribonuclease P protein component  51.06 
 
 		 120 aa  46.2  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00401916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0766  ribonuclease P protein component  33.67 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000948284  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  41.24 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5949  ribonuclease P protein component  40.48 
 
 		 132 aa  46.2  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5414  ribonuclease P protein component  40.24 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4960  ribonuclease P protein component  31.63 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123477  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3378  ribonuclease P protein component  37.1 
 
 		 125 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  30.12 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000299838  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  47.83 
 
 		 110 aa  44.3  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0129  ribonuclease P  37.65 
 
 		 117 aa  44.3  0.0005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  38.67 
 
 		 119 aa  44.7  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1256  ribonuclease P protein component  36.56 
 
 		 115 aa  44.7  0.0005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.00000000286956  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  30.77 
 
 		 109 aa  44.3  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  31.33 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  41.43 
 
 		 116 aa  43.9  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2996  ribonuclease P  30.84 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000822394  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2673  ribonuclease P  30.84 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00724132  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2309  ribonuclease P protein component  42.2 
 
 		 169 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.820892  normal  0.100774 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0584  hypothetical protein  34.78 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000000877288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2396  ribonuclease P protein component  35.63 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000617506  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2576  RNase P protein component  40 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  36 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  36 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000157593  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14200  ribonuclease P protein component  32.91 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0439  hypothetical protein  32.08 
 
 		 119 aa  42  0.003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00442765  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  31.25 
 
 		 116 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  33.66 
 
 		 123 aa  41.6  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4101  ribonuclease P  31.86 
 
 		 127 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4171  ribonuclease P protein component  36.47 
 
 		 136 aa  41.2  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00326173  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2595  ribonuclease P protein component  45.65 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  37.33 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3851  ribonuclease P protein component  31 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.747889 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5412  ribonuclease P  45.76 
 
 		 118 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  32.91 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>