More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0067 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  70.64 
 
 
659 aa  861    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
626 aa  1267    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  62.71 
 
 
706 aa  653    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  71.34 
 
 
651 aa  868    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  63.89 
 
 
673 aa  801    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0850  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.89 
 
 
730 aa  649    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00336665  normal  0.272992 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2893  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.22 
 
 
764 aa  627  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0135  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.68 
 
 
793 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.776582  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.35 
 
 
787 aa  622  1e-177  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.88 
 
 
687 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0590  DEAD/DEAH box helicase-like  58.3 
 
 
710 aa  613  9.999999999999999e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331406 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.06 
 
 
644 aa  593  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113541  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1485  ATP-dependent RNA helicase  64.23 
 
 
602 aa  591  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16789  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0120  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.92 
 
 
626 aa  592  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.352683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0124  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  55.74 
 
 
626 aa  588  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.232236  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1589  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.2 
 
 
609 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.82 
 
 
545 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2184  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52 
 
 
776 aa  571  1e-161  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.383881 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4919  putative DEAD-box cold-shock protein, ATP-independent RNA helicase  51.95 
 
 
656 aa  571  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.730754  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0876  DEAD/DEAH box helicase-like  51.19 
 
 
659 aa  571  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  50.39 
 
 
691 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.59 
 
 
593 aa  568  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172046 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.01 
 
 
545 aa  568  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.528462  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4525  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.08 
 
 
691 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  49.61 
 
 
679 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1119  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.68 
 
 
596 aa  553  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.538016 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1386  DEAD/DEAH box helicase  53.69 
 
 
677 aa  550  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.49 
 
 
583 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.112042 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4450  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.14 
 
 
568 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.181916 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1844  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.1 
 
 
574 aa  535  1e-151  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.360564  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4914  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.95 
 
 
568 aa  537  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0260  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.04 
 
 
577 aa  535  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2913  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.26 
 
 
585 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.898805  normal  0.138469 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2584  DEAD/DEAH box helicase-like  51.55 
 
 
590 aa  521  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.780763  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1832  DEAD/DEAH box helicase-like protein  52.73 
 
 
610 aa  520  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00214348  normal  0.596692 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.86 
 
 
567 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.323707  normal  0.0708927 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.25 
 
 
505 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.295607 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3142  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.58 
 
 
565 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3243  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.58 
 
 
565 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.629149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3044  DEAD/DEAH box helicase-like  50.68 
 
 
565 aa  462  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4213  DEAD/DEAH box helicase-like  62.18 
 
 
340 aa  340  4e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.985867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.71 
 
 
558 aa  296  6e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000225477  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.68 
 
 
527 aa  272  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471221  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1182  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.17 
 
 
541 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00431867  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1650  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.61 
 
 
528 aa  268  2.9999999999999995e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1389  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  31.61 
 
 
528 aa  268  2.9999999999999995e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000667125  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  32.33 
 
 
562 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.59 
 
 
527 aa  264  3e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00215503  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2267  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.29 
 
 
561 aa  264  4e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.74 
 
 
529 aa  262  1e-68  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.75 
 
 
627 aa  262  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2250  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.53 
 
 
574 aa  261  3e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.460178  normal  0.714612 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0368  ATP-independent RNA helicase  34.91 
 
 
561 aa  260  5.0000000000000005e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  30.73 
 
 
637 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1629  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.21 
 
 
538 aa  259  9e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.343673  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  30.96 
 
 
664 aa  259  9e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  30.96 
 
 
664 aa  259  9e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3619  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  32.08 
 
 
557 aa  259  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  30.96 
 
 
664 aa  259  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28600  DNA/RNA helicase, superfamily II  35.69 
 
 
570 aa  259  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.219312 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3020  ATP-dependent RNA helicase DbpA  40.05 
 
 
465 aa  257  4e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.93907  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.09 
 
 
634 aa  257  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.79 
 
 
560 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.31662  normal  0.276111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.5 
 
 
559 aa  257  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.91 
 
 
640 aa  256  8e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  30.29 
 
 
601 aa  256  8e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.18 
 
 
640 aa  256  8e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.76 
 
 
640 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.55 
 
 
653 aa  256  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3987  DEAD/DEAH box helicase-like  32.26 
 
 
557 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.76 
 
 
640 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14060  DNA/RNA helicase, superfamily II  34.56 
 
 
669 aa  256  1.0000000000000001e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.76 
 
 
640 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.55 
 
 
559 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.55 
 
 
559 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0328  cold-shock inducible ATP-independent RNA helicase  33.91 
 
 
583 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011259  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.73 
 
 
624 aa  254  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.88 
 
 
622 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.91 
 
 
619 aa  254  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1921  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.98 
 
 
532 aa  254  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000118371  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2820  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.05 
 
 
556 aa  254  4.0000000000000004e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00179058  normal  0.0521879 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.88 
 
 
622 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.52 
 
 
559 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.09 
 
 
550 aa  253  7e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109819  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2144  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.33 
 
 
560 aa  253  9.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.101709  normal  0.616746 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2746  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.38 
 
 
678 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633229  normal  0.123801 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.15 
 
 
594 aa  253  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  42.32 
 
 
533 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.47 
 
 
694 aa  252  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3753  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.45 
 
 
908 aa  252  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.237591  normal  0.30492 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0202  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.07 
 
 
590 aa  251  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.940477  normal  0.073291 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.99 
 
 
629 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.99 
 
 
629 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.99 
 
 
629 aa  251  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.28 
 
 
584 aa  251  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.465149  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.97 
 
 
597 aa  251  4e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  31.97 
 
 
623 aa  250  5e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0145  ATP-dependent RNA helicase  35.31 
 
 
579 aa  250  5e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432053  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.22 
 
 
467 aa  250  6e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.53 
 
 
602 aa  250  6e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>