More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0054 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  100 
 
 		 174 aa  350  7e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  82.35 
 
 		 171 aa  301  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  81.18 
 
 		 171 aa  298  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  77.99 
 
 		 176 aa  269  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  70.11 
 
 		 187 aa  267  5.9999999999999995e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  70.11 
 
 		 187 aa  267  5.9999999999999995e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  71.68 
 
 		 177 aa  256  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  70.59 
 
 		 175 aa  254  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  67.25 
 
 		 171 aa  239  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  60.95 
 
 		 172 aa  231  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  63.74 
 
 		 171 aa  230  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  61.93 
 
 		 193 aa  226  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  63.07 
 
 		 175 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  62.57 
 
 		 171 aa  225  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  62.57 
 
 		 171 aa  225  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  59.54 
 
 		 182 aa  220  8e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  61.4 
 
 		 175 aa  219  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  61.93 
 
 		 175 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  60.82 
 
 		 187 aa  217  6e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  61.36 
 
 		 175 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  61.36 
 
 		 175 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4240  peptide deformylase  63.01 
 
 		 173 aa  216  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003685 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  60.59 
 
 		 196 aa  214  5e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  60.92 
 
 		 175 aa  214  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  63.01 
 
 		 173 aa  213  8e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  56.82 
 
 		 177 aa  209  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  61.94 
 
 		 173 aa  206  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  57.74 
 
 		 174 aa  199  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  55.43 
 
 		 180 aa  199  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  51.34 
 
 		 188 aa  194  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  52.02 
 
 		 177 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  52.02 
 
 		 177 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  53.25 
 
 		 187 aa  192  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  52.94 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  55.69 
 
 		 174 aa  191  5e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  50.87 
 
 		 174 aa  190  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  55.49 
 
 		 178 aa  186  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  52.38 
 
 		 172 aa  182  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  51.18 
 
 		 168 aa  182  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  53.76 
 
 		 172 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  49.41 
 
 		 168 aa  181  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  50.29 
 
 		 173 aa  180  8.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  50.3 
 
 		 168 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  53.85 
 
 		 173 aa  176  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  49.7 
 
 		 168 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  48.24 
 
 		 168 aa  176  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  49.41 
 
 		 168 aa  176  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  51.83 
 
 		 167 aa  176  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  53.75 
 
 		 170 aa  175  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  48.82 
 
 		 168 aa  175  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  48.24 
 
 		 168 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  50.3 
 
 		 176 aa  173  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  51.5 
 
 		 170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  50.88 
 
 		 177 aa  171  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  47.65 
 
 		 168 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  47.65 
 
 		 168 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  50.59 
 
 		 170 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  48.55 
 
 		 169 aa  171  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  50.3 
 
 		 184 aa  171  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  50.3 
 
 		 169 aa  170  7.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  47.9 
 
 		 171 aa  170  7.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  50.89 
 
 		 170 aa  170  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  48.55 
 
 		 171 aa  169  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  49.7 
 
 		 184 aa  169  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  47.06 
 
 		 168 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  49.7 
 
 		 167 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  50.91 
 
 		 167 aa  169  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  50 
 
 		 170 aa  169  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  49.71 
 
 		 188 aa  167  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  48.5 
 
 		 170 aa  167  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  48.5 
 
 		 170 aa  167  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0346  peptide deformylase  48.19 
 
 		 179 aa  166  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0716574  normal  0.0241659 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  46.43 
 
 		 171 aa  166  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0043  peptide deformylase  43.72 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.715813  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  47.65 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  46.71 
 
 		 171 aa  166  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  48.78 
 
 		 168 aa  166  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0073  peptide deformylase  44.32 
 
 		 188 aa  164  4e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0078  peptide deformylase  48.17 
 
 		 167 aa  165  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_002978  WD0165  peptide deformylase  44.57 
 
 		 179 aa  163  1.0000000000000001e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  47.06 
 
 		 169 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  48.26 
 
 		 170 aa  163  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  48.26 
 
 		 170 aa  163  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0762  peptide deformylase  47.06 
 
 		 185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100795  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  49.1 
 
 		 169 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  49.71 
 
 		 169 aa  162  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  49.38 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0768  peptide deformylase  48.82 
 
 		 185 aa  161  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0336972  normal  0.920717 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  48.82 
 
 		 167 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0195  peptide deformylase  50.31 
 
 		 178 aa  160  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  47.31 
 
 		 173 aa  160  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  47.9 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  49.06 
 
 		 169 aa  159  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0762  peptide deformylase  46.47 
 
 		 185 aa  159  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.458132  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04055  peptide deformylase  54.29 
 
 		 152 aa  159  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  48.85 
 
 		 173 aa  159  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  44.91 
 
 		 171 aa  157  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  47.4 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  46.34 
 
 		 168 aa  157  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  46.95 
 
 		 167 aa  157  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>