250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0031 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR0144  PII uridylyl-transferase  65.22 
 
 
934 aa  1241    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0594  PII uridylyl-transferase  56.2 
 
 
933 aa  1029    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0284  PII uridylyl-transferase  57.53 
 
 
969 aa  1039    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.610069  normal  0.0372398 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0133  PII uridylyl-transferase  55.63 
 
 
925 aa  995    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.633689  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1811  PII uridylyl-transferase  44.6 
 
 
930 aa  711    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0469  PII uridylyl-transferase  44.72 
 
 
930 aa  713    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0882544 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0031  PII uridylyl-transferase  100 
 
 
949 aa  1938    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000404003 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  48.19 
 
 
936 aa  812    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3127  PII uridylyl-transferase  52.48 
 
 
953 aa  905    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0032  PII uridylyl-transferase  55.37 
 
 
932 aa  1004    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.968292  normal  0.957944 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0682  PII uridylyl-transferase  45.32 
 
 
912 aa  763    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0897  PII uridylyl-transferase  42.23 
 
 
914 aa  692    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.88473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0342  PII uridylyl-transferase  55.18 
 
 
931 aa  1041    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52528  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  54.04 
 
 
928 aa  966    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0157  PII uridylyl-transferase  65.76 
 
 
934 aa  1248    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0116  PII uridylyl-transferase  55.6 
 
 
933 aa  1030    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  54.04 
 
 
928 aa  966    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0226  PII uridylyl-transferase  55.73 
 
 
931 aa  1015    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.952956  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  54.11 
 
 
1029 aa  960    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0446  PII uridylyl-transferase  45.3 
 
 
893 aa  728    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2787  PII uridylyl-transferase  47.64 
 
 
935 aa  776    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565994  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0139  PII uridylyl-transferase  65.11 
 
 
934 aa  1240    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0030  PII uridylyl-transferase  73.88 
 
 
968 aa  1395    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.892083 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4033  PII uridylyl-transferase  64.6 
 
 
912 aa  1129    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23625  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0009  PII uridylyl-transferase  45.72 
 
 
941 aa  711    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  54.37 
 
 
928 aa  972    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0914  PII uridylyl-transferase  41.8 
 
 
938 aa  640    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  53.77 
 
 
936 aa  956    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3956  PII uridylyl-transferase  43.65 
 
 
936 aa  700    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.619091  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0424  PII uridylyl-transferase  69.42 
 
 
941 aa  1325    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7648  PII uridylyl-transferase  56.39 
 
 
931 aa  1032    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285774 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0045  PII uridylyl-transferase  74.09 
 
 
968 aa  1412    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3543  PII uridylyl-transferase  54.95 
 
 
935 aa  971    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.654766 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2833  PII uridylyl-transferase  43.12 
 
 
943 aa  732    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.141519  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3602  PII uridylyl-transferase  54.82 
 
 
931 aa  1005    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2799  PII uridylyl-transferase  53.16 
 
 
937 aa  921    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0458  PII uridylyl-transferase  44.6 
 
 
930 aa  711    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0418586  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0300  PII uridylyl-transferase  39.85 
 
 
989 aa  594  1e-168  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.940535  normal  0.172702 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3022  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  41.25 
 
 
936 aa  572  1e-161  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1411  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  35.23 
 
 
924 aa  526  1e-148  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1820  protein-P-II uridylyltransferase, putative  34.49 
 
 
902 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.074397  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1426  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  34.15 
 
 
899 aa  480  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.918297  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2333  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.04 
 
 
894 aa  465  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1877  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.56 
 
 
894 aa  466  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  34.19 
 
 
900 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  34.3 
 
 
900 aa  452  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  34.3 
 
 
900 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2691  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.88 
 
 
900 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.79049  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  33.96 
 
 
900 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2384  metal dependent phosphohydrolase  33.22 
 
 
898 aa  443  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  33.6 
 
 
900 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  33.26 
 
 
900 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  35.1 
 
 
893 aa  437  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  33.33 
 
 
900 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1512  protein-P-II uridylyltransferase  33.83 
 
 
906 aa  435  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  32.52 
 
 
899 aa  436  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  32.3 
 
 
900 aa  432  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  34.46 
 
 
899 aa  429  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2633  PII uridylyl-transferase  34.35 
 
 
887 aa  427  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.107014  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  33.37 
 
 
899 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1343  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.45 
 
 
905 aa  427  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  34.14 
 
 
898 aa  426  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2766  (protein-PII) uridylyltransferase  48.2 
 
 
487 aa  424  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.66342  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  33.64 
 
 
859 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  33.29 
 
 
892 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1255  PII uridylyl-transferase  33.61 
 
 
858 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0751944  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  33.76 
 
 
859 aa  416  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1340  PII uridylyl-transferase  33.22 
 
 
862 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2253  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.37 
 
 
930 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1276  PII uridylyl-transferase  33.29 
 
 
862 aa  411  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.111517  normal  0.077343 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1433  PII uridylyl-transferase  33.37 
 
 
857 aa  412  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000939305 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2112  metal dependent phosphohydrolase  34.19 
 
 
927 aa  412  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0838808  normal  0.131108 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.26 
 
 
930 aa  409  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191815  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1340  PII uridylyl-transferase  33.45 
 
 
859 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490148  normal  0.451762 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  33.41 
 
 
856 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6056  PII uridylyl-transferase  32.95 
 
 
858 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.399672  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2041  PII uridylyl-transferase  32.95 
 
 
858 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.442689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2054  PII uridylyl-transferase  33.26 
 
 
858 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2021  PII uridylyl-transferase  32.95 
 
 
858 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0574  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.53 
 
 
864 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.342423  normal  0.895428 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1923  PII uridylyl-transferase  33.26 
 
 
858 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.289399 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3101  PII uridylyl-transferase  32.4 
 
 
885 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.429175  normal  0.244748 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2025  PII uridylyl-transferase  33.18 
 
 
858 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2496  PII uridylyl-transferase  33.41 
 
 
858 aa  405  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0815155  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  32.59 
 
 
894 aa  405  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2180  PII uridylyl-transferase  34.96 
 
 
858 aa  401  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.234625  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1557  PII uridylyl-transferase  33.18 
 
 
858 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1331  PII uridylyl-transferase  33.29 
 
 
858 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.118754  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  33.41 
 
 
898 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2585  PII uridylyl-transferase  33.29 
 
 
858 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5331  PII uridylyl-transferase  32.94 
 
 
858 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345474  normal  0.597237 
 
 
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NC_007760  Adeh_1692  metal dependent phosphohydrolase  33.68 
 
 
930 aa  402  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.427674  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A2059  PII uridylyl-transferase  33.29 
 
 
858 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222746  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A3252  PII uridylyl-transferase  33.29 
 
 
858 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.131607  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  32.86 
 
 
890 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_2439  PII uridylyl-transferase  33.29 
 
 
858 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  33.09 
 
 
877 aa  399  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  33.72 
 
 
893 aa  398  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007347  Reut_A1883  PII uridylyl-transferase  32.59 
 
 
869 aa  398  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.779236  n/a   
 
 
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NC_003295  RSc1402  PII uridylyl-transferase  33.02 
 
 
861 aa  395  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
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