More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0030 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008347  Mmar10_3021  DNA mismatch repair protein MutS  53.8 
 
 
897 aa  845  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0528  DNA mismatch repair protein MutS  61.8 
 
 
911 aa  1018  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0799066  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7642  DNA mismatch repair protein MutS  59.78 
 
 
910 aa  1000  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.532158 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3541  DNA mismatch repair protein MutS  57.93 
 
 
929 aa  908  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0142  DNA mismatch repair protein MutS  72.25 
 
 
898 aa  1277  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2761  DNA mismatch repair protein MutS  49.04 
 
 
904 aa  715  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572948  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0159  DNA mismatch repair protein MutS  72.38 
 
 
910 aa  1288  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3599  DNA mismatch repair protein MutS  60.61 
 
 
908 aa  984  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0035  DNA mismatch repair protein MutS  60.95 
 
 
921 aa  986  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1424  DNA mismatch repair protein MutS  43.08 
 
 
872 aa  644  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  1.38373e-07  normal  0.619301 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3466  DNA mismatch repair protein MutS  57.87 
 
 
877 aa  912  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1218  DNA mismatch repair protein MutS  56.45 
 
 
875 aa  882  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.318661  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4282  DNA mismatch repair protein MutS  59.4 
 
 
916 aa  949  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3293  DNA mismatch repair protein MutS  49.04 
 
 
858 aa  733  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0310827  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0824  DNA mismatch repair protein MutS  44.38 
 
 
804 aa  714  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0209  DNA mismatch repair protein MutS  55.19 
 
 
877 aa  862  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.784326 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4031  DNA mismatch repair protein MutS  71.48 
 
 
881 aa  1230  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137829  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1449  DNA mismatch repair protein MutS  43.6 
 
 
868 aa  650  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  1.77149e-05  normal  0.302427 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2791  DNA mismatch repair protein MutS  48.47 
 
 
864 aa  719  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2875  DNA mismatch repair protein MutS  56.63 
 
 
879 aa  926  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.928835 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0827  DNA mismatch repair protein MutS  57.67 
 
 
878 aa  909  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133627  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0614  DNA mismatch repair protein MutS  60.89 
 
 
907 aa  1036  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0321  DNA mismatch repair protein MutS  60.9 
 
 
923 aa  1004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.784021  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1299  DNA mismatch repair protein MutS  61.98 
 
 
914 aa  1149  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.141225  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0030  DNA mismatch repair protein MutS  100 
 
 
915 aa  1833  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  3.55609e-05 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2879  DNA mismatch repair protein MutS  56.45 
 
 
880 aa  883  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0363  DNA mismatch repair protein MutS  61.04 
 
 
882 aa  1029  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2655  DNA mismatch repair protein MutS  57.4 
 
 
876 aa  886  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.607224  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0008  DNA mismatch repair protein MutS  52.42 
 
 
904 aa  840  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0299  DNA mismatch repair protein MutS  48.25 
 
 
873 aa  661  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.391446  normal  0.153174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4649  DNA mismatch repair protein MutS  59.4 
 
 
916 aa  950  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.427089 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0047  DNA mismatch repair protein MutS  80.59 
 
 
908 aa  1449  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1263  DNA mismatch repair protein MutS  54.3 
 
 
919 aa  889  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0902404 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0423  DNA mismatch repair protein MutS  75.57 
 
 
883 aa  1324  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7101  DNA mismatch repair protein MutS  60.23 
 
 
929 aa  923  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0513  DNA mismatch repair protein MutS  61.96 
 
 
907 aa  1035  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1822  DNA mismatch repair protein MutS  42.97 
 
 
871 aa  641  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0116284  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6533  DNA mismatch repair protein MutS  58.62 
 
 
962 aa  917  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.948742  normal  0.317969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2326  DNA mismatch repair protein MutS  57.43 
 
 
925 aa  890  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.160487 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4799  DNA mismatch repair protein MutS  59.57 
 
 
896 aa  956  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.720607 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0260  DNA mismatch repair protein MutS  44.42 
 
 
804 aa  724  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.76262  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0032  DNA mismatch repair protein MutS  81.5 
 
 
880 aa  1430  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.317103 
 
 
-
 
NC_004310  BR0147  DNA mismatch repair protein MutS  72.14 
 
 
910 aa  1276  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0490  DNA mismatch repair protein MutS  61.73 
 
 
888 aa  1027  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0190  DNA mismatch repair protein MutS  44.62 
 
 
820 aa  729  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0621  DNA mismatch repair protein MutS  58.46 
 
 
905 aa  912  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.720679  normal  0.722964 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0335  DNA mismatch repair protein MutS  42.33 
 
 
815 aa  630  1e-179  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.213975  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1145  DNA mismatch repair protein MutS  42.02 
 
 
872 aa  628  1e-178  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0777  DNA mismatch repair protein MutS  38.9 
 
 
870 aa  614  1e-174  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.235285  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2381  DNA mismatch repair protein MutS  41.13 
 
 
932 aa  612  1e-174  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2495  DNA mismatch repair protein MutS  41.52 
 
 
869 aa  613  1e-174  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2697  DNA mismatch repair protein MutS  42.62 
 
 
882 aa  612  1e-174  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60859  normal  0.57313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1064  DNA mismatch repair protein MutS  40.91 
 
 
870 aa  612  1e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1697  DNA mismatch repair protein MutS  39.85 
 
 
873 aa  607  1e-172  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.189946  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4057  DNA mismatch repair protein MutS  40.35 
 
 
891 aa  602  1e-171  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.101447  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002517  DNA mismatch repair protein MutS  40.4 
 
 
853 aa  601  1e-170  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.919799  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0974  DNA mismatch repair protein  41.18 
 
 
859 aa  602  1e-170  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1495  DNA mismatch repair protein MutS  40.04 
 
 
900 aa  601  1e-170  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2386  DNA mismatch repair protein MutS  41.1 
 
 
872 aa  601  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.143678  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1496  DNA mismatch repair protein MutS  38.76 
 
 
869 aa  600  1e-170  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.241092  hitchhiker  3.95311e-05 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0913  DNA mismatch repair protein MutS  44.31 
 
 
882 aa  600  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1704  DNA mismatch repair protein MutS  39.04 
 
 
887 aa  597  1e-169  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.470624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2957  DNA mismatch repair protein MutS  41.33 
 
 
854 aa  592  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3751  DNA mismatch repair protein MutS  43.62 
 
 
855 aa  593  1e-168  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03515  DNA mismatch repair protein MutS  40.31 
 
 
853 aa  595  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1698  DNA mismatch repair protein MutS  47.11 
 
 
882 aa  590  1e-167  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1510  DNA mismatch repair protein MutS  39.23 
 
 
870 aa  590  1e-167  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01093e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0005  DNA mismatch repair protein MutS  39.53 
 
 
856 aa  589  1e-167  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0833  DNA mismatch repair protein MutS  41.43 
 
 
851 aa  592  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3383  DNA mismatch repair protein MutS  39.82 
 
 
856 aa  592  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.130934  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0632  DNA mismatch repair protein MutS  39.06 
 
 
855 aa  590  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0530533  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0063  DNA mismatch repair protein MutS  39.49 
 
 
862 aa  587  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1146  DNA mismatch repair protein MutS  41.18 
 
 
858 aa  587  1e-166  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0730  DNA mismatch repair protein MutS  41.24 
 
 
889 aa  584  1e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0653  DNA mismatch repair protein MutS  39.91 
 
 
881 aa  583  1e-165  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3337  DNA mismatch repair protein MutS  41.29 
 
 
854 aa  584  1e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1126  DNA mismatch repair protein MutS  40.17 
 
 
881 aa  580  1e-164  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0124737  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2247  DNA mismatch repair protein MutS  44.61 
 
 
882 aa  581  1e-164  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.136567  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1282  DNA mismatch repair protein MutS  42.32 
 
 
862 aa  582  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03081  DNA mismatch repair protein(MutS)  39.31 
 
 
863 aa  579  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0964  DNA mismatch repair protein MutS  40.78 
 
 
854 aa  581  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0854968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3142  DNA mismatch repair protein MutS  41.18 
 
 
852 aa  581  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3424  DNA mismatch repair protein MutS  40.02 
 
 
851 aa  581  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2157  DNA mismatch repair protein MutS  46.99 
 
 
882 aa  579  1e-164  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.404203  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0956  DNA mismatch repair protein MutS  40.02 
 
 
851 aa  577  1e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2743  DNA mismatch repair protein MutS  36 
 
 
868 aa  578  1e-163  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1619  DNA mismatch repair protein MutS  41.38 
 
 
897 aa  577  1e-163  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.510747 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2107  DNA mismatch repair protein MutS  44.18 
 
 
882 aa  576  1e-163  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0317076 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2421  DNA mismatch repair protein MutS  37.06 
 
 
895 aa  577  1e-163  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1166  DNA mismatch repair protein MutS  41.6 
 
 
863 aa  576  1e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3292  DNA mismatch repair protein MutS  40.02 
 
 
851 aa  578  1e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1256  DNA mismatch repair protein MutS  39.14 
 
 
887 aa  577  1e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.280018  hitchhiker  0.00178613 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1485  DNA mismatch repair protein MutS  41.32 
 
 
878 aa  574  1e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3341  DNA mismatch repair protein MutS  39.57 
 
 
858 aa  574  1e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.285192  unclonable  4.11572e-08 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3422  DNA mismatch repair protein MutS  40.35 
 
 
880 aa  573  1e-162  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0998408  normal  0.0667766 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1171  DNA mismatch repair protein MutS  37.18 
 
 
910 aa  572  1e-162  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3226  DNA mismatch repair protein MutS  40.53 
 
 
892 aa  575  1e-162  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0008  DNA mismatch repair protein MutS  34.83 
 
 
848 aa  574  1e-162  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1194  DNA mismatch repair protein MutS  40.22 
 
 
859 aa  574  1e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0935  DNA mismatch repair protein MutS  41 
 
 
874 aa  573  1e-162  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.547997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>