30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0018 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0018  hypothetical protein  100 
 
 
222 aa  452  1e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0061  protein of unknown function DUF1239  51.6 
 
 
221 aa  225  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0408  hypothetical protein  52.26 
 
 
221 aa  218  4e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47995  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0045  protein of unknown function DUF1239  53.08 
 
 
221 aa  210  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.140568 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3670  hypothetical protein  35.15 
 
 
235 aa  129  4e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0155  hypothetical protein  36.27 
 
 
217 aa  128  7e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0167  hypothetical protein  35.03 
 
 
237 aa  128  8e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0150  hypothetical protein  36.27 
 
 
255 aa  127  1e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.211696  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1370  hypothetical protein  30.69 
 
 
214 aa  119  5e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0418  hypothetical protein  31.98 
 
 
244 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0178  hypothetical protein  29.08 
 
 
258 aa  106  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0526761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0124  hypothetical protein  29.8 
 
 
233 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0169027  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0658  hypothetical protein  29.23 
 
 
243 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.27994 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0175  hypothetical protein  30.24 
 
 
256 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0067  hypothetical protein  30.41 
 
 
306 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.690329  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0048  protein of unknown function DUF1239  27.36 
 
 
246 aa  95.9  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0172  hypothetical protein  28.06 
 
 
230 aa  94.7  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.980945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2498  hypothetical protein  29.17 
 
 
252 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.238493  normal  0.312198 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2721  protein of unknown function DUF1239  29.17 
 
 
252 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.533074  normal  0.0594287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5274  hypothetical protein  28.5 
 
 
245 aa  92  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.357303  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5923  protein of unknown function DUF1239  29.03 
 
 
240 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0156  protein of unknown function DUF1239  27.18 
 
 
250 aa  85.5  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.535072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0571  hypothetical protein  25.76 
 
 
241 aa  83.2  3e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2426  protein of unknown function DUF1239  26.09 
 
 
253 aa  80.9  1e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.289708  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5468  hypothetical protein  28.27 
 
 
239 aa  80.9  1e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.131274  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0195  hypothetical protein  27.18 
 
 
239 aa  63.2  3e-09  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.296411  normal  0.846633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1691  hypothetical protein  24.34 
 
 
206 aa  57.4  2e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1671  hypothetical protein  23.76 
 
 
246 aa  45.8  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.593803  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2342  hypothetical protein  22.45 
 
 
219 aa  43.1  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.25534 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0108  hypothetical protein  27.27 
 
 
237 aa  42.4  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.760602 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>